流传的《史记》版本有多种。 1958 年商务印书馆出版贺次君《史记书录》，详载《史记》重要版本六十余种，有唐以前的《史记》抄本，有宋元明刊本。为省篇幅，这里不多引录，只介绍几种通行读本。
宋刊黄善夫本《史记集解索隐正义》一百三十卷南宋庆元二年（1196 年）建安黄善夫刊本。现存三家注合刻本以此本为最古最全。有涵芬楼影印本行世。1922 年商务影印的二十四史百衲本，第一部《史记》即采用黄善夫本。明刊本《史记评林》一百三十卷明吴兴凌稚隆辑校，万历四年（1576 年）刊本。凌稚隆，字以栋、号磊泉，乌程人。是书取三家注合刻本，而辑录诸家评论《史记》之说，名为《史记评林》。首有王世贞序，次茅坤序。凌氏以黄善夫系统的柯维熊本为底本，而以宋本数本校勘，对于《史记》原文参差抵悟疑不能决者，以小字注异文于《史》文之旁，可称精审。凌氏除辑录各家的史评之外，又将司马迁作《史记》时援引之《诗》、《书》、《左传》、《国语》、《世本》、《战国策》、《吕氏春秋》、《楚汉春秋》诸书，其载之未详者，井录其全文于上栏。又将先秦诸子及《风俗通》、《白虎通》、《越绝书》、《说苑》、《新序》、《论衡》、《韩诗外传》等，于《史记》多有互相发明者，亦摘录于上栏，后之学者参互审勘，不劳钩稽群册之烦。凌氏所辑评论，网罗繁富，为后来诸家评林所取资。明崇祯元年（1628 年）陈仁锡刊刻《史记评林》为后出之善本。陈氏评论，多得司马迁微意，尤其对于每篇体例，俱能揭其大旨，故为晚明学者所重。陈本流行后，凌氏原刊本已不多见。今有清光绪十年（1884 年）湖南湘阴刘鸿年翻刻本。
清殿本《史记集解索隐正义》一百三十卷清乾隆四年（1739 年）武英殿校刊本，通称殿本，为清官刊二十四史殿本之一。此本以明北监刘应秋本为底本，参用宋本校勘而成。尚书张照为总校，当时著名学者陈浩、齐召南、孙人龙、杭世骏等参与其事，故于史文及三家注校正者甚多。每篇之末附《考证》，既有前人旧说，亦有张、齐、杭诸人考辨之语。此本为清代精校精刊本，流布最广。
张文虎校本《史记集解索隐正义》一百三十卷清同治九年（1870 年）金陵书局刊，清唐仁寿、张文虎校本。此本唐、张二氏博取宋、元、明诸善本汇校汇考，又采择梁玉绳《史记志疑》、王念孙《读书杂志》、钱大听《史记考异》等书成果，详为校勘，考其异同，精审采择，世称善本。
中华书局点校本《史记》一百三十卷此本1959 年初版，分为十册，现已多次重印。每次重印都订正一些错误。点校本以金陵书局张文虎校本为底本，对《史记》原文及"三家注"作了全新的断句、标点和分段整理，是最便阅读的读本。此本有两大特点。第一，分段精善。一般是每事一段。但为了避免琐碎，凡事情简易、文字短小者，数事合为一段。反之，一个大事件，文字很长，则按事件发展的波澜分成若干段。如《项羽本纪》的"鸿门宴"一节就分为四段。分段精善，使史事内容条理清晰，线索分明。第二，技术处理合理。为了使段落之间眉目清楚，根据段与段之间的不同联系做了不同的技术处理。凡大段之间空一行。二人以上合传，关系密切的叙完一人事迹接续另一人事迹时空一行；关系不密切的，人物之间空两行；附传人物为一组，之间不空行。正文中的大段引文如《秦始皇本纪》和《陈涉世家》所引《过秦论》，以及后人增补的文字如《张丞相列传》、《郦生陆贾列传》所附增窜文字均另起行，低二格以示标帜。年表部分，在书眉上标注了西历纪年，阅读和考证都十分方便。点校者对于已断定的增删文字也作了有标帜的技术处理。删去的字用圆括小号字排，增添的字用方括标排，以避免武断。三家注则用小号字分条排列于各段正文之后，标注号码照应。《史记》经过这样的整理以后，具有很高的学术价值，不仅给广大读者提供了精善的读本，也给专门研究者提供了完善的引证本。
日泷川资言《史记会注考证》《考证》成书刊行于本世纪三十年代（1934年日本东方文化学院排印），是继三家注之后的一次集大成的整理。《考证》以金陵书局《史记》为底本，引录三家注以来有关研治《史记》资料及注家一百二十余种典籍，上起盛唐，下迄近代，囊括中日名著（其中中国典籍百零几种，日人著作二十余种），别择缀辑于注文中，时加审辨说明，会革一千二百年来诸家之说于一编，与《史记》原文，以及三家注合排，为研究者提供了极大的方便。《考证》资料丰富，辑录了《正义》佚文一千二百余条，补入注中。可能有一部分并非《正义》原文，但大部分应是可靠的。《考证》还对《史记》所采旧典，凡能考据的，一一注出，方便研究者溯本求源，比勘研究。《考证》对史实、文字、词语进行的考辨，颇多精语。对地名，往往注以今地，便于披阅。这些都是《考证》的特点。《考证》也有严重的缺点，特别是对资料的搜集遗漏较多，大约只吸收了唐以来《史记》研究三分之一的成果。例如黄震、鲍彪、吴师道、张鹏
雷学淇等人说法就未罗致。
对于金石文字和近人论著的采摘尤为疏略。此外，在摘引资料和训古方面也有不少疏失。为了补正《考证》，日人水泽利忠在五十年代撰《史记会注考证校补》，印行于世。《校补》尤重校勘，广罗众本，是一部值得重视的《史记》校勘书，与《考证》相辅相成。 1986 年，上海古籍出版社将两书重新影印为十六开本，题名《史记会注考证附校补》面世，至便翻阅。
马持盈《史记今注》本书1979 年台湾商务印书馆出版，全书六册。今注明白晓畅地疏解原文，其特点是注译结合