所谓"发愤"，就是指一个人身处逆境而其志不屈，更加激扬奋发而有所作为。司马迁发愤著书，有两方面的内容。第一，忍辱发奋，从沉痛中奋起，用更加坚韧的毅力来完成传世之作。第二，揭露和抨击统治者的荒淫和横暴，同情社会的下层人民，歌颂敢于反抗、敢于斗争的历史人物，把个人的不平和愤懑，宣泄在对历史人物的褒贬上，述往事，思来者，升华了《史记》的主题，这是加害于司马迁的统治者们非始料所及的。
司马迁受腐刑在天汉三年十二月，出狱大约在天汉四年二、三月。受腐刑后需要在蚕室静养一百日。《盐铁论·周秦篇》："今无行之人，一旦下蚕室，创未廖，宿卫人主，出入宫殿，由得受奉禄，食太官享赐，身以尊荣，妻子获其饶。"这情况大约就是指司马迁。这年司马迁四十九岁，出狱后被用为中书令。
中书令本由宦官充任，此职是皇帝身边机要秘书长官，侍从左右，出纳章奏，位卑而权重，被朝野目为"尊宠任职"。司马迁因受腐刑得此官，他认为是人生极大的耻辱。从身体上说，"大质已亏缺"，失去了人的尊严；从心态上说，与宦官为伍，被视为无行之人。而且在传统的孝悌伦理观念中，还要辱及祖宗。《孝经》开宗明义，第一章孔子语曾子曰："身体发肤，受之父母，不敢毁伤，孝之始也。"孟子说："不孝有三，无后为大。"①所以古人把髡刑剃发也视为耻辱之刑，更何况腐刑乃殄灭不育之刑，它比杀头更要折磨人的心灵。所以，司马迁视为奇辱，不仅"重为乡党戮笑"，而"污辱先人，亦何面目复上父母之丘墓乎？"他在《报任安书》中凄怆满怀地诉说他的痛苦："太上不辱先，其次不辱身，其次不辱理色，其次不辱辞令，其次诎体受辱，其次易服受辱，其次关木索被垂楚受辱，其次剔毛发婴金铁受辱，其次毁肌肤断支体受辱，最下腐刑极矣。"司马迁一气排列了十种耻辱，这都是人世间的极大不幸，而"最下腐刑极矣"。一个"最"字，还要加一个"极"字，可以说把耻辱写到了极点。它使司马迁陷入了欲生不得欲死不能的痛苦境地，"是以肠一日而九回，居则忽忽若有所亡，出则不知所如往。每念斯耻，汗未尝不发背沾衣也。"在这种心境下，给予司马迁以生的力量，唯有那无声的立言事业还未完成。因此司马迁说："所以隐忍苟活，函粪土之中而不辞者，恨私心有所不尽，鄙没世而文采不表于后也。"封建**社会的世态炎凉、人情冷暖与权势浮沉密切关联，人处逆境才能有亲身体会。司马迁身受腐刑，体味三重，人主的喜怒无常，便意味着人臣的祸福莫测。**主义的荼毒，擦亮了司马迁的眼睛，使他看清了"明主"这一绝对君权的残忍本质，深深认识到过去"以求亲媚于主上"是"大谬不然"，于是一反常态，表现了对国事、世事的冷漠。太始四年（前93），司马迁已五十三岁，任中书令已五年，他除了埋头撰述《史记》外，在政治上没有什么作为。这时，司马迁的好友益州刺史任安，心中沉不住气了，他觉得要给司马迁以鼓励，给他写了一封信，教以"慎于接物，推贤进士"。任安的信，好似一石击起千层浪，它把司马迁积滞在心中的郁闷引发出来，爆发在回信《报任安书》中。在这封信中，司马迁把他对世情的感慨，对人生的悲愤，对**君王的认识，对理想事业的追求，尽情地倾吐出来，如泣如① 《汉书》卷二十三《刑法志》。
诉，慷慨悲凉，理正而辞严，具有很强的感染力。两千多年来，成为脍炙人口的名篇。
《汉书·艺文志》载，司马迁有赋八篇，今存仅《全汉文》辑有《悲士不遇赋》一篇。从内容看，这篇赋也是司马迁受刑以后悲叹生不逢时的作品，可与《报任安书》相互补充。在赋中，司马迁指斥天道微暗，美恶难分，"理不可据，智不可恃"，他内心充满了矛盾和痛苦。一方面消极厌世，"委之自然，终归一矣"，认为人总是要死的，追求功利有什么意义，还不如听之自然，"无造福先，无触祸始"。一方面坚持理想，"没世无闻，古人惟耻，朝闻夕死，熟云其否"，显然是又要追步孔子，死而后己。司马迁矛盾的思想状态，正是他求生不得，求死不能的生动写照。既然宫刑是人生最大耻辱，为了人的气节尊严，就应早早自裁结束耻辱；但为了实现著述理想，立名后世，必须坚强地活下去；可是活下去，又遭世俗非议，等于继续受辱，即"负下未易居，下流多谤议"，这种既觉得应该死而又不能去死的思想纽结，折磨得司马迁神不守舍，多次想到去自杀。最后司马迁抉择了隐忍立名的自新之路。也就是说功名重于名节。当一个人功名已就，或者以死可以立功名时，就要毫不犹豫地去死节；当一个人才能未尽，功名未立，