天汉三年（前98），司马迁四十八岁。这是《太初历》颁布后的第七年，他埋头撰述《史记》的工作进入了**，正当"草创未就"之时，突然飞来了横祸，受李陵案的株连被下狱受腐刑。这场灾祸使司马迁蒙受人间的奇耻大辱而导致了重大的思想转变，直接影响到《史记》的写作。司马迁抒愤寄托，强烈地表达他的是非观点和爱恨感情，从而升华了《史记》的主题。因此，对李陵之祸的前因后果，以及司马迁受祸后的心态，都需要作全面深入的探讨，才能说明司马迁立场、思想的转变，以及怎样发愤著书。
1.受祸始末。
司马迁受祸始末，在《汉书·李陵传》和司马迁《报任安书》中①，都有着详细的载述。
李陵是名将李广的孙子，少为建章监，骑射技术有乃祖李广之风，谦虚下士，甚得战士心。天汉二年五月汉武帝下达了出击匈奴的动员令。秋九月，贰师将军李广利率三万骑兵出酒泉，击匈奴右贤王于天山。李陵为策应偏师，率五千步卒出居延，北行三十天，直达浚稽山（约在今蒙古高原图拉河与鄂尔浑河间），吸引单于的注意力，保证贰师将军的出击。李陵的担子很重，汉武帝派老将路博德率领骑兵一万为他的后援。李陵长驱直入，到达目的地后派陈步乐回朝廷报告。汉武帝十分高兴，朝中请大臣无不举杯祝贺。正在这时，孤军深入的李陵却遭到匈奴单于亲自率领的重兵包围。匈奴骑兵从三万增加到八万，集倾国之力穷追李陵不舍。李陵且战且退，经过了十几天的激战，汉兵歼敌一万多，但终因寡不敌众，粮尽矢绝，在离边塞仅有一百多里的地方，李陵全军覆没，投降了匈奴。老将路博德耻力李陵后援，汉武帝让他别出西河，使得李陵孤军奋战而无救，这是汉武帝调度失计演出的悲剧。贰师将军李广利是一个庸才，因为他是汉武帝宠姬李夫人的哥哥，所以汉武帝把重兵交给他。贰师本是大宛的都城。太初年间，李广利兵征大宛，拜为贰师将军，封海西侯。李广利凭恃皇亲国戚专宠，纯粹是一个庸将。天汉二年出征匈奴，汉武帝想让他立功增封，但这个庸将率领的三万骑兵未遇匈奴主力，却打得大败亏输，损兵折将而返。汉武帝刚喝了群臣的庆功酒，突闻两路兵败，大大扫了帝王之尊的颜面，因此食不甘味，听朝不怡。阿议逢迎之徒，猜中了汉武帝的心事，讳言贰师之败，全委过于李陵。同是一个李陵，打了胜仗，朝臣们"奉觞上寿"；李陵败降，朝臣们落井下石而"媒蘖其短"。更有甚者，同是败军之将，李陵十恶不赦，贰师却若无其事。司马迁认为，这是不正常的风气，公道、良心、正义到哪里去了？他对李陵的遭遇充满了同情，对阿谀逢迎的朝臣们充满了愤慨。当汉武帝召问司马迁的时候，他便以自己对汉武帝的"拳拳之忠"坦率地说了他的看法。司马迁说：李陵事亲孝，与士信，一向怀着报国之心。他只领了五千步兵，吸引了匈奴全国的力量，杀敌一万多，虽然战败降敌，其功可以抵过，我看李陵并非真心降敌，他是活下来想找机会回报汉朝的①。
起初，汉武帝接受了司马迁的意见，他久久地沉思，领悟到上了老将路博德的当，没有派兵救援李陵，于是"遣使劳陵余军得脱者"，还派因杆将① 《史通》卷八《人物》。
① 李陵事附《汉书》卷五十四《李广传》中。司马迁《报任安书》载《汉书》卷六十二《司马迁传》中。军公孙敖深入匈奴迎李陵。公孙敖在边境候望李陵一年多，没有建功，借捕获的俘虏之口谎报"李陵教单于兵以备汉"，武帝大怒，族灭了李陵一家。实际教练匈奴兵的是另一个降将李绪，而不是李陵。李陵家被族，李陵成了可耻的叛徒，李氏一门蒙受恶名，司马迁受株连被判"诬罔"罪而蒙受腐刑。按汉律，"诬罔"罪是"大不敬"的欺君之罪，量刑是大辟死罪。《汉书·武帝纪》载，"乐通侯栾大坐诬罔要斩"。栾大是方士，他的神仙骗术被揭穿，以"诬罔"罪被杀头。在一般情况下，可以有两种办法免死。一是入钱五十万赎死。《汉书·武帝纪》载，太始二年九月，"募死罪入赎钱五十万减死一等"。在对匈奴的战争中，将军李广、张骞、公孙敖等人，都曾因种种原因触犯军法论死，赎为庶人。二是景帝时所颁法令："死罪欲腐者许之。"①司马迁因为"家贫，货赂不足以自赎"，于是只有在死与腐刑二者之间作选择。不过以腐刑代死罪，并不由犯死刑者单方面的"欲"来决定，它还要执法者"许之"。《汉书·张汤传》载，张安世兄张贺幸于卫太子，"太子败，宾客皆诛，安世为贺上书，得下蚕食"。征和二年巫蛊案，犯死者成千上万，只有张贺一人幸免，以腐刑代死，因有张安世为言。张贺与司马迁是同时代人，受刑时间也相隔不久。西汉自景帝颁布以腐刑代死的律令以来，终汉武帝之世，士大夫犯死罪而改宫刑的记载，也只有司马迁与张贺两例。汉武帝欲置人于死地，既不可赎，也不可腐。如元光二年（前133），马邑之谋，汉军伏击匈奴。由于单于警觉，没有中伏。大行王恢奉命深入敌后拦击匈奴辎重，他见匈奴主力退回，自己所部三万人寡不敌众，当机立断撤退了汉兵。汉武帝认为王恢本为首谋，而不能主动出击，于是论罪下狱。尽管丞相田颛和王太后出面营救，汉武帝仍不赦免，王恢自杀狱中。由此看来，汉武帝尚没有置司马迁于死地的意思，所以才听其以腐刑代死。可是汉武帝却不彻底赦免司马迁，听其以腐刑代死，必欲折其心气而后快，显示绝对君权的威严，难怪司马迁要发出"明主不深晓"的怨言了。
腐刑，即宫刑，起源很早，传说夏商时代就有了。《汉书·刑法志》载，西周有"宫罪五百"，说明宫刑律令已十分严密。颜师古注："宫，淫刑也，男子割腐，妇人幽闭。"这说明宫刑原本是用来惩治淫刑的。犯淫行罪，卑鄙下流而为人所不齿。虽然成千上万的宫廷宦官，以及士大夫受宫刑并非淫行，但他们最羞辱而神秘的一体被割除，在形式上与犯淫行受宫刑是一样的。《报任安书》列举历代宦官，尽管为人主所亲近，但"刑余之人"却为士大夫所不齿，这就不难理解了。封建时代的士大夫为了保持名节，不要说受腐刑，公堂对簿都受不了，如李广、萧望之等人的自杀就是例证。司马迁断言，尽管人情都有"贪生恶死，念亲戚，顾妻子"的习性，但"激于义理者不然"，即便是"臧获婢妾犹能引决"，何况立言著述的堂堂太史令呢！司马迁陷入了极度艰难的生与死，荣与辱的抉择之中，所受痛苦的熬煎，是难以用笔墨形容的。
司马迁在生与死的沉痛思考和严酷抉择中，悟出了人生的真正价值，提出了震撼千古的至理名言："人固有一死，或重于泰山，或轻于鸿毛，用之所趣异也。"如果人的一生，不能对社会作出贡献待后人评说，而仅仅以一死来对黑暗进行抗争，岂不是"若九牛亡一毛，与蝼蚁何异！"司马迁在《孔子世家》和《伯夷列传》中，引圣人孔子之言说："君子疾没世而名不称焉。"① 这里是串述，原文见《报任安书》。
他在《太史公自序》中记载了父亲司马谈的临终遗言："且夫孝，始于事亲，中于事君，终于立身，扬名于后世，以显父母，此孝之大者也。"立身扬名为孝道的最高准则，这是司马迁借父亲之口提出的新颖见解。这见解标志着司马迁在生与死的抉择中形成了以立名为核心的荣辱观。《史记》未完成，名还未立，因此他的身躯和生命是属于《史记》的，也是属于父亲和自己的理想的，他不能去死而要坚