万历十七年（1589），汤显祖升任南京礼部祠祭司主事。四十岁才做到六品官，上进的道路并不平坦，但毕竟是升上一级了，仿佛初春的天气也为他而提早回暖。他特地去朝拜明朝开国皇帝朱元璋的陵墓。他的《迁祠部拜孝陵》诗说："臣心似江水，长钟陵云。"哪知昏庸的皇帝朱翊钧懒得设朝，连升授官面谢的仪式也被免除，朝廷越来越不像话了。
继山西、陕西、河南及南直隶、浙江等省两年灾荒之后，这年夏天，南直隶、浙江又遇到严重的旱灾。最富庶的太湖沿岸变成赤地千里。沿边湖水干涸了，露出大片开裂的土地。
南京的池、井和河道都枯竭了。一家人买水就得百来文钱一天。汤显祖身患肺病，受不了酷热，告假搬到燕子矶外弘济寺去避暑。看见门口滔滔的长江水，似乎舒畅得多了。他没有忘怀整个城市在闹水荒，家家户户都在受难。他在《六月苦旱渴，偶就弘济寺得江水饮》诗中表达了他的愿望："安得取水龙，倾城此囊括。"饥荒与死亡的阴影在明朝统治下的全国各地徘徊。灾荒引起的惊心怵目的人民苦难成为两年后汤显祖上奏《论辅臣科臣疏》的动机之一。
万历十八年（1590）六月，蒙古火落赤部侵犯桃州（今青海省西宁市），副总兵李联芳兵败阵亡。七月，火落赤部深入到河州（甘肃省临夏县），临桃总兵官刘承嗣又吃了败仗。自从隆庆四年（1570）明朝以封官爵、纳财物向蒙古贵族求得和平，二十年来边境无事。一旦警报传来，朝野震惊。匆忙召开御前会议，商讨对策。首相申时行一则说："如今虏王过河是被火落赤勾引，多为抢番，又恐中国救护，故声言内犯"，化大事为小事，隐瞒事态的严重性。再则说："以故洮河之战，我兵与虏虽互有胜败，然虏终不敢深入，今已出境遁去"，竟以失败为胜利。汤显祖的同乡友人山西道御史万国钦在九月上章揭发申时行"欺君误国"，哪知受到惩罚的反而是万国钦，降一级为剑州判官。
统治者不采取措施发愤图强，只是一味羁糜，屈辱求和，汤显祖为此写了几首时事讽刺诗：朔塞歌二首之一独上偏头笑一回，娘娘滩上绣旗开。金珠不施从军妇，顺义夫人眼里来。河 州连峰万顷接重台，阵洒龙门战血开。积石东头悬旗入，洮河西畔打鹰来。吊西宁帅峡石千兵死战场，将军不敢治金疮。筹边自有和戎使，阁道无劳问破羌。他在南京读到万国钦的奏章，立刻写信声援。万国钦路过南京，他又写诗赠别。"倍有金缯去，毫无善马来。市和虚内币，买爵富中台"（《万侍御赴判剑州，过金陵有赠》）。名义是马市，是款贡，实际是犒赏，是对蒙古贵族的贿赂。"买爵富中台"，就是万国钦奏疏中所说："时行受辽将王国勋等数千万金，无事则为之援引，有事则为之庇护。而兵部侍郎许从谦以三千金贿时行，又为吴时来转托，乃有是转（指升兵部侍郎）。"这时汤显祖在南京的同乡友人南京国子监司业刘应秋及别的官员多人先后上章斥责申时行。汤显祖和万国钦、刘应秋态度一致。
汤显祖一再受到执政的压抑，迟迟未能考取进士。出仕后，他曾寄希望于执政的子弟从中干预，以调和少壮派和元老大臣的矛盾。元老大臣希望他改弦易辙，而他们自己则不作丝毫改变。这促使汤显祖日益和他们疏远，以至成为他们的对立面。万历十七年，南京广东道御史王藩臣不通过他的上级右都御史耿