万历十二年（1584）七月，汤显祖启程往南京就任太常博士。正七品小官。这个职务主管祭把礼乐，很少有公务可办。
汤显祖带着新娶的妻子傅氏一同南下。他在山东阳谷县某一农村，离船投宿。淳朴而好客的主人在茅檐下设酒款待。他询问人情风俗，偶然插讲几句书上的道理。在浓密的树荫下，与主人娓娓清谈，和蝉鸣、樵歌显得十分调和。妇女和孩子远远地在旁边窥看。他们觉得奇怪，来的官客既无马匹，又无随从，连冠带都不齐备。既不厌老酒薄，也不嫌鸡肉冷。他听了他们的话宽衣解带，更加无拘无束。附近一带很像江南家乡的风光，不免引起一点淡淡的哀愁。
有一次在路上，居停主人的孩子手拿一对雏雀。它们啾啾哀鸣，好像小小的生命会随时离开那悸动着的身躯。那是当母鸟不在时，孩子从斗拱上抓下来的。汤显祖代它们乞求解放。回答说，巢破了，母鸟已经飞开，放了它们也逃不过猛禽的馋嘴。小不点儿的东西放不到桌面上来请客，只好喂猫罢了。汤显祖想了许久，把它们交托给新夫人。她用秫稭编成鸟笼，下面用嫩枝细叶作铺垫，喂水又喂小米。将来养大了，放出去让它们自由翱翔。
运河上二千几百里的旅程，从《阳谷主人饮》《雀儿行》等诗看来，汤显祖的心情宁静而又恬适。
中秋前五日，他在南京太常寺报到，三日后又往国子监谒孔。这才算正式到差。
"才情偏爱六朝诗"。①没有什么地方比南京更使汤显祖喜爱了。山明水秀，处处是引发思古之幽情的六朝遗迹。尔虞我诈的朝廷和他隔远了，他可以静下心来阅读和写作。在南京这样的人文荟萃之区，他和各地诗人作家的接触机会也更多了。
远离朝廷，并不意味着远离政治。自从成祖迁都北京以后，明朝在陪都南京仍旧设有中央六部的官僚机构。很少处理实际政务，往往形同虚设。有一部分闲官由此感到失意，由失意而不满，可能以比较清醒的态度对朝政提出指责和批评。他们当中有一部分人原来就因为被歧视，甚或受轻微处分而调到南京，或者在处分之后受到宽大而又不立即召用才安插到此地。这些人当中有魏允贞、李三才和邹元标。这时统治集团内部一种不满现实的舆论力量正在形成。主要由一些正直的言官和少壮派组成。南京是他们的活动中心。汤显祖的同乡前辈刑部尚书舒化大概得悉汤的意向，写信告诫他多和老成人接近。汤显祖回答道："诸言者诚好事，中多少壮。盖少壮多下位，与物论近，与老成更历之论远。相与党游，而执政之游绝??明公以诸言事者多恶少，正恐诸言事者闻之，又未肯以诸大臣为善老耳。"《答舒司寇》语气委婉，表面上似乎超然中立，他的态度是明朗的。
第二年，在北京吏部供职的前临川知县司汝霖给汤显祖捎来一封信。他说，只要汤显祖不那么执拗，跟执政通一下气，加上他的怂恿，那就可以提拔到吏部去当官。可感激的是故人的好意，不可改变的是自己的意志，而多① 见《诗文集》卷七《初入秣陵不见帅生，有怀太学时作》。
年故交竟这样不了解人则使他有些生气。汤显祖回答说，他不能离开南京，有如鱼不能离开水。他说南京离家顺风只有五日水程，每月有信札来回，而在北方一百多天不通信是常事，做儿子的不知道父母消息。他说妻子死了两年，儿子一个八岁，一个六岁，天气冷热，饮食增减，都得自己操心。北京公事多，哪有工夫照管。他说即使在北京做六品郎官，一年薪俸四万文，去了房租柴米，再雇两个当差，养一匹马代步，这一来就不下七万，哪能维持得了。在南方，人伕酒米都从家里带来，不用很多化费。他说自己身体虚弱，如果到时候没得吃，不能睡，就会一连几天害病。在北方，上朝或拜客，都得一去大半天，连吃饭也顾不上。又不容易买到道地药材。向长官去告借，次数多了，人家会讨厌的。加以公事煎迫，哪能静下心思睡一个好觉。他说南方天气炎热，荫处好休息。南方多雨天，正好没有人来客往。在北方就是风砂满面，张不开眼，开不得口，也得出门拜客；冰厚六尺，雪高三丈，也得摸黑去上朝。吸的是煤气，睡的是煤坑。加以从小受不得秽气，看见道路上不干不净的，就会头昏脑胀。最糟糕的是春暖时候，阴沟里腥臭触鼻，苍蝇扑面，弄得疾疫流行，不论身体强弱，都无可逃避。南方窗明几净，景物宜人。虽然蚊声，不得耳根清净，只要烟火一薰，帐子一挂，也就安然无事了。做官的人北京有的是，何必一定找我"??这封信使人想起嵇康的著名《绝交书》。虽然汤显祖还不像魏晋人那样孤高，信里娓娓而谈，有如亲切的对话，然而不容误会，这里没有商量的余地。他并不对北方抱有成见，也不是偏爱南京，他所厌恶的是明朝北京的那一群官僚。司汝霖的来信很可能出于上级的授意，而汤显祖的拒绝使得执政想拉拢他的最后一次尝试也失败了。
万历十四年（1568）夏天，罗汝芳由南昌过杭州，来到南京讲学。起先，罗汝芳不过和汤显祖等门生故旧在城西永庆寺聚首。在茂密的竹林下，凉风习习，他们纵谈精微的性命之理。后来南京国子监祭酒赵志皋召集师生数百人，邀请罗汝芳到鸡鸣寺开讲，规模就大了。这是二十年来汤显祖和罗汝芳的第一次，也许也是最后一次会见。
汤显祖在南京和"气义之士"的交游，他对执政的不合作态度，他的目空一切的批评指画，用泰州学派的眼光看来，就像汤显祖一度所承认的那样，"蹈厉靡衍，几失其性"（《秀才说》）。罗汝芳质问他道："子与天下士日泮涣悲歌，意何为者？究竟于性命何如？何时可了？"汤显祖仿佛觉得自己确实是错了，晚上想起来几乎不能入睡。他在理论上差不多是默默无言地认输，在实践上他却作出不同的回答。他的政治活动和文学事业都超出老师教义所赞许的范围。
另一方面，罗汝芳经常标举的"赤子之心"，和同时代李贽的"童心说"实质相同，不过没有像后者那样深刻地加以阐述。童心、赤子之心，有如法国启蒙主义思想家卢骚的"回返自然"，都是对中世纪伦理道德的程度不等的否定，曲折地表达了人民对自由的真诚渴望。有人间罗汝芳：王阳明说"莫谓天机非嗜欲，须知万物是我身"，这句话应当怎样理解？罗汝芳回答："万物皆是吾身，则嗜欲岂出无机外那??若其初，志气在心性上透彻安顿，则天机以发嗜欲，嗜欲莫非天机也。若志气少差，未免躯壳着脚，虽强从嗜欲以认天机，而天机莫非