叶适反对"自用兵以外无他画"的单纯用兵观点，但是，他并不根本反对用兵；相反，要完成报仇雪耻、恢复故土的大业，总是要通过用兵来完成的。因此，他对军事问题的研究是相当深入的，他所提出的兵制改革的方案和军事战略思想，是相当完备并且大部是切合实际的，可以说，这是叶适思想中最精彩的一部分。
（一）分兵变法的思想
对南宋军政的**状况，叶适有个总的评论："养兵以自困，多兵以自祸，不用兵以自败，未有甚于本朝者也。"（《兵总论二》，《水心别集》卷十一）"虽有百万之兵，而不免自贬为至弱之国"。（《厢禁军弓手士兵》，同上，卷十二）兵多是南宋财政困难的重要原因之一。"为天下之大害，十分之九以供之，而犹不足者，兵是也。"（《廷对》，同上，卷九）叶适特别揭露了绍兴十一年高宗、秦桧收兵权后，军政的**状况：虽然，以秦桧之虑不及远也，不止以屈辱为安，而直以今之所措置为大功，疲尽南方之财力以养此四大兵，惴惴然常有不足之患，桧犹坐视而不恤也。桧久于其位，老疾而死，后来者习见而不复知，但以为当然。故朝廷以四大兵为命而困民财，四都副统制因之而侵刻兵食，内臣贵倖因之而握制将权，璐弊相承，无甚于此。而况不战既久，老成消耗，新补惰偷，堪战之兵十无四五，气势懦弱。（《四屯驻大兵》，同上，卷十二）
四大屯驻兵如此懦弱无战斗力，是"今日之深患"，因此，叶适向孝宗皇帝惊呼：今奈何尽耗（国家之财）于三十万之疲卒，袭五六十年之积弊，以为庸将、腐阉卖鬻富贵之地，则陛下之远业，将安所托乎？陛下诚奋然欲大有为于天下，掳不可掩抑之素志，以谋夫不同覆载者之深仇，必自是始。（同上）
这就是说，要完成恢复大业，必须从改革军政的积弊开始，叶适坚决反对当时士大夫中那种"恃兵之固，制兵之善，可因而不可改，可增而不可损"的因循守旧的陈腐观念，而主张对兵制进行改革。他向孝宗皇帝建议："臣愿陛下审虑定计，以分四者之兵而变今之法"（《兵总论一》，《水心别集》卷十一）。这里说的"四者之兵"，是指边兵、宿卫兵、屯驻兵、州郡兵四种。当时实行的是募兵制，四种兵都由召募而集，并且一律由国家供应给养。
叶适指出这种兵制的弊害是：四者皆募，而竭国力以养之，是徒知募而供其衣食耳，此所以竭国力而不足以养百万之兵也。力则已困，用则不可，故进不可战，退不可守，百人跳梁则一方震动，而夷狄之侵侮无时而可禁也。（同上）
针对此弊，叶适认为应该"分四者之兵而变今之法"，即改变单纯的募兵制及一律由国家供应给养的制度，而对四种兵采取不同的集兵和供给制度。具体来说：①边兵"因其地，练其民，不待内地之兵食而固徼塞也"，实际上是用屯田和训练边郡民兵（对此后面还要论及）来解决；②宿卫兵"因郡邑所近之民，教成而番上，与募士杂，国廪其半而不全养也"，也就是募兵和训练民兵相结合的办法；③屯驻兵作为国家的主力部队，"悉用募士而教其精锐，全养之而已"；④州郡兵则"以州郡之人守而不以州郡之力养之也"（其养法后面介绍）。实行这种"分兵"法，只有屯驻兵和宿卫兵之一半是由募兵制来集兵并由国家供应给养，其他都由民兵来代替，这就可以大大减轻国家的财政负担。叶适认为，采取这样的改革措施，"法行制定，财不足以为大忧而兵可用矣。"（同上）
除了采用"分兵"法以改供应制度外，叶适还有"精兵"的主张，要求把各种兵的人数都精简下来，做到"兵以少而后强"。他说："不减宿卫、屯驻之兵，则国力不宽；不减厢、禁、弓手、士兵，则州郡之力不宽。"（《厢禁军弓手士兵》，《水心别集》卷十二）他认为，要做到"兵以少而后强"，主要是减少"特养"之兵。他说："古人之兵，以宿师为拙，以聚屯为病，不敢别异于民而特养之，虽特养之，不多数也。"（《应诏条奏六事》，《水心别集》卷十五）他回顾宋太祖时，"国用亦足，兵威亦强"，是由于"所蓄之兵锐而不众，所用之将专而不疑"；后来"兵威不振，国用转急"，是由于"所蓄之兵冗而不尽锐，所用之将众而不自专"。因此，他认为，要"修太祖之烈"，一方面要"使明良忠智之士久于其任"亦即"将专"，一方面要"汰疲冗之兵"，亦即"精兵"。他主张，宿卫、屯驻兵减去一半以上。
他认为，以前所谓"欲一当百"、"欲一当十"的说法都不对。他说：姑得以一当一，则精兵也。夫一人得一人之用，则固已十四五万人矣，用之必死，谁敢敌者！??夫用兵者，用其气也，多兵以自困，气先索耳。（《终论二》，《水心别集》卷十五）
至于州县兵，他主张"厢、禁军、弓手、士兵皆散"，而以民兵代之；"自三等以上，籍其家一人为兵，蠲其税役；大州二千人而止，下州八百人而止。州县各为之所，将校率其州人；秋冬而教，春夏则否，有警呼召，不用常法。然其为兵也，必在州县四方三十里之近家者"（同上）。这样，两方面的冗兵都加以裁减，方能达到"上宽朝廷，下宽州县"的目的。总之，只有定兵制，减兵额，"减州县之供，以苏息穷民"，然后"厉其兵使必斗，厉其将使不惧"，才能达到兵以少而后强，"一再当虏而胜负决矣"（《四屯驻大兵》，《水心别集》卷十二），恢复大业才有成功的希望。
（二）"由募还农"的思想
叶适的兵制改革思想，除了前述分兵以改变供应制度和精兵的主张外，还有更为根本的想法，就是"由募还农"。前者是兵制改革的着手处，后者是兵制改革的落脚点。这两方面是紧密相连、不可分割的。
叶适考察了历史上兵与农的关系，并由兵农关系的变化来议论历史上兵制的变化，他把府兵制和募兵制的产生和替代，放在兵农的合与分的背景下来考察，认为府兵制是在兵农分离的情况下产生的，而在府兵制产生之前，有一个兵农未尝相离的历史时代。因此，他不同意那种把"寓兵于农"同府兵制等同起来的观点。他说："每观后世之论，皆谓当寓兵于农，故其称府兵，以为得先王之遗意"，其实不然，"历考战国秦汉之后至未立府兵之前，兵农本未尝相离，何待寓也！"府兵之制，实始于北朝，宇文泰、苏绰"始令兵农各籍，不相牵缀，既隶府额，长征莫返，而居者晏然不知，缘此国富兵强"；隋文帝"因之平一宇内，??徒以兵农判而为二故也"。因此，"府兵成于周隋"，而唐高祖、太宗不过"遵其旧法行之耳"。到唐高宗、玄宗时，府兵制浸坏，转而"一切募士"。"兵农已分，法久而坏，齐民云布，孰可征发！以畏动之意，求愿从之名，虽至百万，无不用募，何足怪矣！"募兵制代替府兵制，势所必然。一直沿袭到南宋，积弊之深，已如前述。鉴于历史上的沿革，总结其经验教训，针对当前兵制之弊，叶适提出了"由募还农"的设想。他说：若以天下奉一君而人人不免为兵，不复任养兵之责，则圣人固所不为；若以天下奉一君，而养兵至于百万，独任其责而不能供，则庸人知其不可。今自守其州县者，兵须地着，给田力耕；千里之内，番上宿卫，已有诸御前兵，不可轻改，因其地分募乐耕者以渐归本；边关捍御，尽须耕作，人自为战：三说参用，由募还农，大费既省，守可以固，战可以克；不必慨慕府兵，追羡井田，误离为合，徇空谈而忘实用矣。圣人复起，不能易也。（《唐书二》，《习学记言序目》卷三十九）
这里所说的"三说参用"，与前述"分四者之兵而变今之法"大体相同，但是这里提出"由募还农"，使"变今之法"更为明确，落到实处，可看作叶适的晚年定论。这个"由募还农"的主张，是克服募兵制积弊的一个出路，但并非完全恢复过去的府兵制，更不是空谈井田制，而是从当前实际出发，提出了"寓兵于农"的办法，以免除当时募兵制下冗兵坐食使国家财竭而兵弱的弊端。叶适的这个设想，显然是受了他的老师陈傅良的启发，特别是陈傅良认为"寓兵于农"的长处，在于"民有常兵而无常征之劳，国有常备而无聚食之费"（《历代兵制》卷二）的论述，很能切中当时之弊，促使了叶适提出"由募还农"的主张。当然，即使是募兵制，叶适也并不是主张完全废弃不用，"番上宿卫，已有诸御前兵，不可轻改"，这样，国家的主力部队得以保留，只是要减少数量，增强素质，从而提高战斗力。由此可见，叶适的兵制改革思想是比较切合实际的。
叶适不是仅仅提出"由募还农"的设想，还有一系列具体措施，其中包括屯田、训练民兵，由"以田养兵"来代替"以税养兵"等。关于屯田，是把两淮、沿汉等边郡因战乱而流离失所的百姓，聚集起来，政府给以一定的资助，使他们去耕种因战乱而荒废的土地。屯田又与建立堡坞、依山阻水结寨而建立防御体系结合起来，使屯田之民"春夏散耕，秋冬入保"，以收兵民共守之效。因此，"今之屯田，与昔不同"，并非照搬古时屯田之常论。
叶适不但在理论上做了阐述，而且在开禧三年江淮制置使任内专门措置屯田，实践了他的方案。屯田又与训练民兵相结合。叶适说："古者以民为兵，不以兵为民。"（《上殿札子》，《水心别集》卷十五）在两淮措置屯田时，也对训练民兵作了策划，计划编练民兵十万，并发给适当的武器。当然，按叶适的设想，编练民兵不限于边郡，内地州郡也应该如此，这是减少州郡之兵的一个办法（已如前述）。训练民兵的方案，显然