南宋的学术是逐渐繁荣起来的。在南宋初，还是处于战争时期，政治不稳定，经济遭破坏，人民颠沛流离，知识分子同样缺乏安定的治学环境，学术发展的条件不充分。当时虽有程颐的弟子尹焞、杨时等在传播程氏道学，杨时教授于东南，影响尤大，但基本上是承前启后，还谈不上发展。胡安国之子胡宏首开湖湘学派，亦传程氏之学，胡安国的《春秋传》为理学之下刊经典。张九成以禅理阐述理学思想，朱震传象数之学，撰《汉上易传》为象数学名著。但总的来说，此时还是一个学术相对沉寂的时期。此时的学术上的斗争，与政治和朝廷人事关系交织在一起，单线进行：围绕着推崇与禁止程氏学的问题，有两次崇程氏学和两次禁程氏学，前者在赵鼎任宰相时，后者在赵鼎罢相之后。
南宋初崇程氏学，是北宋"元祐党禁"后的一种反弹。徽宗崇宁二年（公元1102 年）在奸相蔡京的主持下，立"元祐党籍"，士人九十八人列入党籍，受到罢斥，并刻石立碑，示不复用，史称"元祐党禁"。道学家程颐也被列入党籍，其学术被斥为"邪说"，遭到禁止。靖康之变后，随着蔡京父子的败亡，元祐党禁渐弛。南宋高宗绍兴元年（公元1131 年）下诏褒赠程颐为直龙图阁，为其恢复名誉。但在这个褒赠程颐的制词中，对当时"窃其名以自售"的"浮伪之徒"有所斥责，以示区别。在此之后，赵鼎两次出任宰相，都尊崇程颐之学。"鼎素重伊川程颐之学，元祐党籍子孙，多所擢用。"（《建炎以来系年要录》卷八十六）"赵忠简为相，尹和靖（焞）以布衣入讲，士大夫多称托伊川门人进用。??时号'伊川三魂'：鼎为'尊魂'，（王）
居正为'强魂'，杨时为'还魂'，言时死而道犹行也。"（《建炎以来朝野杂记》甲集卷八）这当中也有真假混杂的现象。"赵鼎素尊程颐之学，一时学者，皆聚于朝。然鼎不及见颐，故有伪称伊川门人以求进者，亦蒙擢用。"（《建炎以来系年要录》卷八十八）这种现象，自然为主张禁止程颐之学者提供了口实。所以，在赵鼎两次罢相之后，出现了两次禁程颐之学的事件，一次是在张浚独任宰相时，一次是在秦桧独任宰相时。这两次禁程颐之学又有所不同，前者禁得并不彻底，而且也允许不同意见进行辩论；后一次才是彻底的禁。
绍兴六年（公元1136 年）十二月，赵鼎第一次罢相.其后就发生了关于程颐之学的争论。其中有三种意见，以陈公辅、胡安国、吕祉三人为代表。
左司谏陈公辅上疏，指责"在朝廷之臣"（实指赵鼎），"辄以私意取程颐之说，谓之伊川学，相率从之。是以趋时竞进、饰作沽名之徒，翕然胥效，倡为大言，谓：'尧、舜、文、武之道，传之仲尼，仲尼传之孟轲，孟轲传之程颐，颐死无传焉。'狂言怪语，淫说鄙喻，曰：'此伊川之文。'幅巾大袖，高视阔步，曰：'此伊川之行也。''能师伊川之文，行伊川之行，则为贤士大夫，舍此皆非也。'"在这里陈公辅不但批评了程颐之徒，而且批评了程颐之学本身，特别是道学家们的"道统"论。陈公辅还进一步指出："臣谓使颐尚在，能了国家事乎？取颐之学，令学者师焉，非独营私植党，复有党同之弊，如蔡京之绍述。且将见浅俗僻陋之习，终至惑天下后世矣。"因此，他要求将"群臣中有为此学"者，"皆屏绝之"。对这个奏疏，宰相张浚代批旨说："士大夫之学，宜以孔、孟为师，庶几言行相称，可济时用。"（《建炎以来系年要录》卷一百七；又见《道命录》卷三）这就是说，有孔、孟之学就行了，不必讲什么程氏之学。这个以高宗的名义发布的旨意，是支持陈公辅奏疏的。
陈公辅这个奏疏公布之后，提举万寿观兼侍读胡安国立即上疏反驳。他说："孔、孟之道久矣，自程颐始发明之，而后其道可学。而至今使学者师孔、盂，而禁不得从颐之学，是入室不由户也。"胡安国这里首先辩护的，正是"道统"论；这里不但批驳了陈公辅，而且驳了圣旨。他还称颂了程氏兄弟及邵雍、张载，"皆以道德名世，公卿大夫所钦慕而师尊之"，要求"下礼官讨论故事，加此四人封爵，载在祀典"，并且"裒其遗书，以羽翼六经，使邪说不得作，而道术定矣。"（同上书，卷一百八；又见《道命录》卷三）
都督府（时张浚开都督府于建康）参议军事吕祉的意见，与陈公辅、胡安国各有不同。他上疏认为，六经加上《中庸》七篇，"自汉室至本朝，上所教，下所学，鸿儒硕学，端亮闳伟之士，接武于时，何尝不由此道？岂特程颐而后传也。"可见他是不同意"道统"说的。但是，他对程颐还是有所肯定的，"臣窃详程颐之学，大抵宗子思《中庸》篇，以为入德之要。《中庸》曰：'君子之中庸时中。'程颐之所以得也。"吕祉着重指责的是那些"近世小人"，他们看到程颐之学稍传，其徒杨时"名动一时"，于是就"变巾易服，更相汲引，以列于朝。则曰："此伊川之学也。'其恶直丑正，欲挤排之，则又为之说曰：'此王氏之学，非吾徒也。'号为伊川之学者，类非有守之士，考其素行，盍小人之所不为。"例如，瑞安（今浙江省瑞安县）
知县李处廉，"专事货赂，交结权贵，取程颐文