“专门”课程；二为由学校发给成绩证书，转学他校；三为外出就业，“一听其便”。
专门科分系，是在普通科学习之后，计划于1927年开始设立。学校所设的“专门”课程，目的在训练学生未来职业或学术专精的能力，以免重蹈“自由选科制泛滥无归之故辙”。持有专门科毕业文凭的人，才可参加清华留美公费考试。
但是，学生在入学普通科后，认为所学“不文不理”，无以致用，学习年限又长，与国内一般大学也不相衔接，不少人纷纷退学。于是校方在1926年取消普通科，把大学部改成四年制的正规大学；将原来普通科学习的内容改为“普通训练”，时间压缩至一年。
早在1920年代初，清华教授汪鸾翔曾经发表过《我对于国文改良的意见》 的长文讨论国文教育问题，但是该文没有引起当时的学校当局重视。曹云祥掌校后，清华的国文教育才逐步得到重视。
1922年9月26日下午4时，曹云祥在工字厅举行“师生茶会”，面约中等科的全体学生。会上，曹云祥对中英文的问题多所谈及，他认为，学生英文用力过多，功课过忙，中文用力少，未能彻底改良，有违初愿。他希望学生学习要中英文并重。
对于清华的国文教学，《清华周刊》集中争辩过，王造时在《劈头一个问题——提高清华国文程度》一文中，首先揭露清华的学生对中文系教员诸多不恭敬之处，同时，批评校方对待中文教员招待之恶“更是说来伤心，道来痛哭”。他痛心疾首于这样的恶性循环：学生方面轻视国文教员——轻视国文功课——不读国文书籍——不通祖国文字——与祖国断绝联系——成为外国人；教员方面被轻视——灰心教授——潦草教授——贻误青年——伤及社会。“我们若是不回国做事还可说，我们若是不用中国的钱还有理；既是要回国做事，又要用中国的钱，那么老老实实，对于中文总须并重。”