（一）无神论倾向
刘因的一些诗文中表现出明显的无神论思想倾向。如：碣石来海际，西南奄全燕。
中有学仙台，燕平欲升天。
燕平骨已朽，遗台犹相传。
虽复生青松，岁久摧为烟。??使无不足信，信有亦可怜。
大块如洪炉，金石难久坚。
天地会有尽，何物为神仙？①诗中对燕平学仙成神这一迷信传说取明确的否定态度，进而，他想追寻世界的起源问题，但觉得假设为"无"或归结为"有"都不尽妥当。他认为，大自然就像个大洪炉，一切都在这个洪炉里销铄生成。发展变化。。连天地都有穷尽的时候，至于说什么神仙就更加荒诞不经了。中国哲学，从荀子、王充，到张载、朱熹，具有悠久的无神论传统，刘因的思想是对这一优良传统的继承。
对于自然界的形成和变化原因，刘因有时拿"万物相为用"加以解释：有大如天地，日夜常乾乾。
有小如缕蚁，营营谁使然？??万物相为用，错综盈两间。??森然气分内，既有不可镌。
蝮蛇谁宥之，生生亦能延。
安有人道尊，湮灭独不传？
乾乾以为师，余者一听天。全诗立意在于为"君子终日乾乾"的人生观进行论证。他把天地间的一切都看成是生生不息、相互为用的。认为万物的生灭是个自然的过程，并非有什么造物主的有意安排。这里，可以清楚地看到刘禹锡、邵雍等对他的影响。它们与神学目的论是对立的。
刘因还曾明确地对所谓鬼神的灵妙作用给予否定。如说："龙祠岳庙尽冠巾，雨露何关土木身"②中国神庙中的神像全系人身，它们是民间的雕塑家们依照现实生活中人的样子塑造的，龙王祠、山神庙等等都是如此。旧时老百姓常向这些神像祈雨求福，这种风俗由来已久。刘因对此不以为然，他虽然承认"天"，但绝不承认风雨等自然现象与这些泥塑木雕的"神"有关，而认为风雹雨露等全是天地自然造化本身的事。在鬼神迷信相当普遍的古代，刘因的这种自然主义态度还是比较清醒的。
他还对秦皇汉武等帝王迷信神仙追求长生的行为进行嘲讽，如：千古谁传海上山，坐令人主厌尘寰。
蓬莱果有神仙在，应悔虚名落世间。朝游易水侧，步上燕台荒。
燕王好神仙，不见金银堂。
江山古神器，海色围苍茫。
① 五古（燕平学仙台），《静修先生集）卷六，页九七① 五古《有大如天地》，《静修先生集》卷六，页一○○。
② 七绝（写真诗卷），（静修先生集）卷一，页二一二① 七绝《仙人图》，（静修先生集）卷一，页二一一。
哀哉王风颓，日化争夺场。刘因曾对许多自然问题发生兴趣，提出独特的见解或疑问。他在一首诗中写道：前日中秋节，今宵月方圆。
人间欢赏竟③，此际吾独观。
吾观意有在，高歌问青天：苍苍非正色，而况此婵娟？
去我当远近，相值果正偏？
径圆知几许，附丽或空悬？
既疑纨扇如，复昧左右旋。
有食定何物，中黑胡为然？这里显然有屈原《天问》的影子。他关于月亮的问题提得很好，但限于当时的自然科学水平，却不能做出满意的正确的回答。全诗最后只是以幻想结尾：何当凌倒景，迫视如弄丸。
一法万古惑，如生天地先。
吾观意在此，余光何足怜。
刘因还有一篇奇文《告峨山龙揪文》，是为祷雨而作。开篇说：一邦之望，有峨惟山。山之精深，聚而渊泉。
山川惟形，有神栖之，云雷雨露，神实司之。今是邦之凶旱极矣，岂神之灵坐视而不恤哉？这是说，峨山有神，主管着云雷雨露，但现在天大旱，神竟然坐视不管。这与前文讲的"雨露何关土木身"的意思正相矛盾。但刘因毕竟还有一些清醒的认识，说：盖雨汤之数出于天，非神之所得而专也；雨旸之咎由于人，非神之所得而释也。是以使神涵蓄灵润、虽欲发之而不得也。就意味着，天数、人孽，神都无可奈何，对于水旱灾害也就无能为力。既然如此，那还何必求神降雨呢？刘因接着提出他的想法：虽然，山川之神，受命于天而主佑下民者也。今欲佑之而不得矣，则当为之请命于天。昭昭在上，安有不从？由是言之，神虽欲无责，乌得而无责也？②这里，他有条件地接受了世俗迷信，并且纳鬼神于封建纲常系统，虽然讲得一本正经，毕竟是荒唐无稽的。不过，刘因自有他的高明之处：文章接着把山川之神和淫昏之鬼相区别，认为对前者应崇信，对后者应屏黜，并把这看作是关系到。"人情世教"的大事。如致祷于正神而得雨，便能收到正面的良好社会效果；不然，则将使邪惑之俗愈演愈烈。他说：且小民至愚，穷且极矣，而无所归诚，则惟淫昏之鬼是求。夫淫昏之鬼，乃神之所当屏黜；而下民之衷，亦神之所当诱相也。今气运已穷矣，穷则必通。或天降之雨，则小民必归功于淫昏之鬼，而感信愈笃，孰能禁之？今是邦之大夫致祷于神，则是祷其所当祷矣。既祷其所当祷，而当祷之神能随其② 《和拟古》之四，《静修先生集》卷一，页二四六。
③ "竟"，畿辅本作"景"，据四部本、四库本《静修集》改。
① 五古（八月十六日望），（静修先生集）卷六，页一○四。
② 《告峨山龙湫文》，（静修先生集）卷五，页八六。
① 《告峨山龙湫文》，《静修先生集》卷五，页八六。
② 《告峨山龙湫文》，《静修先生集》卷五，页八六。
祷而应之以雨，使既足而又周浃焉，庶小民之愚，知天地之间，自有名山大川之正神，实能阖辟阴阳而神妙造化，而境内吏民之所当敬修其坛壝，洁其牲币而事之，而向之所谓淫昏之鬼者，真不足信也。如是，则人情世教，或自此而变之，则神之惠又不但一雨而已矣。如其不然，则是云雷之泽，神其不司之；旱干之虐，神实不恤之；天命之职，可怠而旷之；邪惑之俗，可助而成之。又何望焉，又何望焉？敢告。从该文的宗旨说，当然还是祈神降雨，其世界观无疑属于唯心主义有神论。不过，他将"山川之正神"与"淫昏之鬼"相区别，甚至对神也进行教训，毕竟表现了他的特识。而且，这种崇信上天及正神的思想，在早期儒家创始人那里，本就以神道设教的形式存在；在长期封建社会中，许多杰出的唯物主义思想家，如荀子、王充、范缜、张载等，在阐述其无神论思想时，也都不同程度地保留了神道设教的成分。刘因这里所云，也是从对民众的教化和对民俗的引导的角度提出问题并进行论证的。其理论价值固然不高，但透过它，对于把握那个时代的思想水平则有一定认识意义。刘因还写过一篇颇具浓重神话色彩的诗：苍星彗明河，三月丽朱方。
两月忽散落，一月留中央。
下有五星连，西近东少张。
仰而东北隅，流星坠彩芒。
谁令月有瘿，飘摇及吾窗。
须臾日东生，有星环四方。
一星当日中，伫视摇晶光。
自北忽西旋，老阳