刘因在关于宇宙人生之究竟问题的探讨中，常表现出天人合一的思想。
天人合一是中国传统哲学的重要观念，得到大多数哲学家尤其是宋明理学家的肯定和宣扬。天人合一的内容比较复杂，从比较原始的君权神授。天谴天瑞说，到比较粗糙的天人相类、人副天数、天人感应说，再到比较精致的性天相通、天人相参说，都属于它的范围。而由于中国古代对于"天"的理解具有模糊性，"天人合一"的含义也就带有多元性，既有人与自然相统一的意思，又有命定。主宰的天与人交互影响的意思。①它的发展，从思想进程说，有一定的阶段性；但从社会实际说，又有一定的并存性（在精致阶段仍存在粗糙乃至原始的形式）。元代是理学在全国普及的时期，也是中国传统文化在全国推广的时期。既然是普及和推广，其精微性和成熟性就难免不足。刘因生活的元初尤其如此。刘因的天人合一思想正是表现了一定的并存性，天人合一观念的几种形式在他的作品中都有所反映。
① 参见李泽厚：《试论中国的智慧），《中国古代思想史论》，第318～319 页。
（一）天人相类
他写过一篇《读药书漫记》，就表达了天人相类的思想。他认为，人和物"盖其源一也"，这个"源"就是"气"。人与各种药材都是禀气而生，某种药材与人体的某一部分（如骨肉筋脉等）从外形到内在性质同属一类，因此，该药便能治疗与它有着同类关系的某种病。"如饮药者以枯木腐骨荡为齑粉，相错合以饮之，而亦各随其气类而之焉。"进而，他引先儒之语说："木，味酸，木根立地中，似骨，故骨以酸养之。金，味辛，金之缠合异物，似筋，故筋以辛养之。咸，水也，似脉。苦，火也，似气。甘，土也，似肉。其形固已与类矣，而其气安得不与之流通也？推而言之，其吉凶之于善恶亦类也。"②这就叫做"气运变迁皆以类，阴阳对待不相无。"①说人与物同出一源，因而有其相类似。相感通之处，虽有些牵强，倒还算言之成理；进而把它们与善恶吉凶相比附，则不免陷入神秘主义。这里，不难看出董仲舒式的天人相类说的影子。不过其所谓"天"既然指"气"，并没有主宰义，这又使它倾向自然主义。
在另一篇文章中，刘因提出人之心与物之气之间存在相 互影响的关系。他说："心之机一动，而气亦随之。"反过来，气的运动也可以影响人的心："迫火而汗，近冰而慄，物之气能动人也。"进而他认为，"物之气"和"人之气"之间也存在相互影响的关系："惟物之遇夫人之气也亦然。"然后他举了两个例子，一是他自己经历的：人不扑打老鼠，老鼠也就不怕人；一是他父亲讲的：群蜂近人，凡是扑打蜂的人都被螫，其父"独不动，而蜂亦不迫焉"。于是，他思考出其间的道理是："盖人之气不暴于外，则物之来不激之而去，其来也如相忘。物之去不激之而来，其去也亦如相忘。盖安静慈祥之气与物无竞，而物亦莫之撄（迫近。触犯）也"。②文中所举的两件事，如果就其本身加以研究，对于认识鼠蜂的习性或许有意义，但刘因由此引出的是人生观道德观的认识："平吾之心也，易吾之气也，万物之来，不但一蜂鼠而已也。"这就是说，人总会遭遇到种种不同的事物，重要的是应该"不动心"。刘因讲的具体事例是值得咀嚼的，对于理解天人合一也有启发意义；但其最后的"不动心"的结论，却没有太强的说服力。
② 《读药书漫记二条》，《静修先生集》卷一，页一九。
① 七律（恶乌），《静修先生集》卷九，页一六一② 《驯鼠记》，《静修先生集》卷二，页三九。
（二）天人谐调
天人相类只是天人合一观念中较低层、较粗糙的形式。高于它的是天人谐调的思想。《中庸》所谓"赞天地之化育"，"与天地参"；（易传）所谓"与天地合其德，与日月合其明"（《乾·文言》）"裁成天地之道，辅相天地之宜"（《泰·象辞）），"范围天地之化而不过，曲成万物而不遗"（《系辞》上），皆属此类。刘因也有此类思想，他在《阴符经集注序》中写道：予读《阴符经》，"观天之道，执天之行，尽矣"，此言其体之白天而人者也。"天有五贼，见之者昌"，即"观天之道"也；"五贼在心，施行于天，宇宙在乎手，万化生乎身"，即"执天之行"也，此言其用之自人而天也。"天性，人也。人心，机也。立天之道。以定人也"，此则言圣人之兼体用，以天道立人极者也。"天发杀机，龙蛇起陆"，则非天性矣；"人发杀机，天地反覆"，则非为人心矣；"天人合发，万化定基"，则又"立天之道，以定人"者也。夫苟不以道定焉，则天人判而二，以道定焉，则天人合而一。二之，则机过而相悻；一之，则机定而化行。化行，则天地位，万物育，而君臣父子各得乎天理而止其所矣。"①《阴符经》，是道教经典，旧题黄帝撰，不可信。其作者还有西周吕望（姜太公），北魏寇谦之。唐李筌等说。传本有大公、范蠡、鬼谷子、张良、诸葛亮、李筌六家注。原文只有三百多字，分三章，百言演道（神仙抱一之道），百言演法（富国安民之法），百言演术（强兵战胜之术）。是一部揉合了儒、道、兵。法。阴阳、纵横各家思想的作品。朱高对它颇有兴趣，认为，此书时有精语，非深于道者不能作，为之作《考异》一卷①。（四库提要）根据李签说，解释该书的书名意思是："阴，暗也；符，合也。天机暗合于行事之机，故曰阴符。"②并以为，"书虽晚出，而深于理致，故文士多为注释"③。
刘因对《阴符经》的第一章（演道章一百二十字）最重视，他采用引证加发挥的方式，引一句经文，加一段评论，从而表达自己对经的理解和他的哲学思想。文中讲的天道，主要指自然规律（也有某些神秘意味）；人道则指社会制度。伦理规范，政治措施等。刘因认为，这二者是合一的。一致的。天道是人之行事必须遵循的至理，又是人事最终成败的关键。人性由天道所决定，人心又是人性的枢机，只有做到人心、人事暗合于天道，才能成功。从本体上讲，天道是人道的根本，即自天而人；从作用上说，必须用人道去符合天道，即自人而天。圣人根据天道来确立人道，是天道的体现者和人道的完成者，所以说圣人是兼体用的。无论是自然还是社会，违反了天人合一的原则，就会出乱子；实现了天人合一的原则，一切就都会有良好的秩序。刘因的这些说法，表明了他为解释天人关系所做的努力。他主张的天道不可违反说，具有一定的合理因素；他强调的"执天之行"说，也没有忽视人的主观能动作用；但他以人事比附自然，突出圣人的作用，则不免有些牵强。该文的后半篇，体例同前（仍然引一段经文，加一段发挥），继续阐发① 《阴符经考异》，四库全书影印本第1055 册，第11 页