07年初，微软再次抛出橄榄枝，希望对用友进行战略性投资，但被王文京委婉拒绝。
王文京告诉央视的记者，“我们开始讨论这个问题的话应该是在05年左右，也就是说两三年前开始讨论这个问题，包括微软，包括其他一些欧美国际公司也曾经给我们抛过这种信息，甚至探讨过，你愿不愿意出售你的股权，愿不愿意把你的公司卖给他们，他们来整体收购。”
王文京为什么要对微软说不？
尽管收购不成，战略性投资谈判破裂，用友对资本层面的合作要求也接连回绝，微软却还是铁了心要携手用友。两年后，用友和微软的手终于真正的握在了一起。用友成为了微软在全球第12家、同时也是亚洲的唯一一家全球独立软件开发商合作伙伴。
2007年11月6日，微软CEO鲍尔默访问中国，期间曾造访用友，王文京之后证实，其时已经达成了合作意向。随后微软与用友之间一直在就此事的细节进行商谈，直到宣布。
此间，微软大中华区开发合作部高层对外透露，对微软来说，用友是家很有名的公司，甚至在一些产品上“都打败了微软”，而且之前双方已经合作了很多年，因此，这一合作计划选定为用友。
2008年2月27日，用友正式对外宣布成为了微软首家全球独立软件开发商合作伙伴 (Global ISV)，这也是微软在中国的第8家全球战略合作伙伴。
当天，王文京详细讲述了合作中的细节。值得注意是，据他透露，合作并不涉及微软注资用友等资本合作事宜。
王文京表示，双方的紧密程度会进一步加强，在软件运作方面也会有具体的项目展开，“用友很多产品都聚焦在微软的技术上，现在不光能得到很好的支持，还可以共享微软的技术方案，也会选择合适的领域展开创新，在计划展开之前，这是不可能的事情。”