1859年11月，50岁的达尔文出版了《物种起源》一书，发表了物种进化和物种起源理论，立刻引起了轰动。第一批印刷的1250册当天便售罄。达尔文在书中说，人类与猴子拥有一个共同的祖先，但后来分别走上了不同的进化道路。对英国王室来说，人类是从低等动物进化而来的理论显然是难以接受的。因此，达尔文和其理论遭到了曲解和嘲笑，在一组漫画中，他被比作浑身是毛的大猩猩。
圣公会是英国的官方教会，而达尔文的理论却在暗示教会的存在是多余的，甚至似乎在说教会是欺世盗名的，这严重威胁着当时的社会支柱。因此，达尔文主义者和神造论主义者之间爆发了激烈的争论。达尔文在寓所里经历着这场暴风雨，并在幕后寻求着科学界精英们对自己理论的支持。他充分意识到公共关系的价值，努力将十几位科学界的权威人物转变为进化论者。公众舆论逐渐转向了他这一边。20年的细致分析使他积聚了大量无可辩驳的证据，任何一个开明人士都无法漠视这些事实，甚至有些教士认为是上帝设计了地球上的生灵，后来它们又进化了。
1871年达尔文又发表了《人类起源》，第一次将人类的祖先同低等动物联系在一起。令他惊奇的是，人们对这本书的反应已经没有对《物种起源》的反应那么强烈。短短十几年后，他的观点成了主流。由于卸去了肩头的重负，达尔文的健康状况也戏剧性地快速好转起来。30多年来的各种病症全都消失了，他开始精力充沛地趴在院子里的地上研究起爬虫的生活习性