1836年，“猎犬号”在经过长达5年的海上航行后终于回到了英格兰。航行开始时，达尔文还是一个刚刚跨出校门的年轻学生；航行结束后，他已经是一个27岁的充满自信的年轻人了。他战胜了没完没了的晕船，躲过了土著人的威胁，出色地完成了一个自然学家的任务。这次旅行之中他发现了1500种动物的化石、4000种动物表皮和骨头的标本，其中有许多欧洲人都是第一次了解。英国科学界的精英们力邀这位杰出的年轻人加入他们的圈子，达尔文很快成了生态学界的重要人物。而生态学家是编写世界自然史的主要力量，达尔文又被推到了这项重要科学工作的最中心。
进化论当时已经完全统治了达尔文的思想。他坚信物种是可以改变的。现在他又开始探索一个更大的秘密，即物种是以何种规则进化的。在座落于英国乡间的自家后院里，达尔文潜心研究和观察饲养马匹和鸽子的人是如何调教动物，使它们具备理想的习性的。同时他在思考自然界是否也有同样的能力呢？1838年他的理论终于有了一个清晰的框架：自然竞争导致了物种变化，只有那些生理特征最适合环境的动物才能繁衍下去，简言之，即“适者生存”。
1839年，达尔文出版了《“猎犬号”航海记》，生动地描绘了他的科学探险活动，十分畅销。这本书同他在剑桥读书时给予他无穷想象的那些书有着异曲同工之妙，表明了他的科学观点，并为他赢得了很高的声誉。这时，达尔文已经30岁了，但他却一直在结婚还是不结婚之间徘徊。他希望能有陪伴在自己身边的贤妻和可爱的孩子，可又担心家庭生活会占去自己太多的时间。最终，向往有一个温暖家庭的他还是选择了结婚。按传统观念，贵族必须与贵族通婚，经常是在表亲之间通婚。达尔文的表妹艾玛·威杰伍德文静优雅，受过良好的教育，且是威杰伍德陶器王朝的继承人。达尔文觉得艾玛身上有着贤妻良母的天性，正是他要找的类型；而艾玛则为达尔文敏感的性格所倾倒，迫不及待地答应了达尔文的求婚。由于两人的家庭都十分富有，达尔文根本不必担心生计。但有一件事却威胁着他们的幸福。艾玛是个天主教徒，她担心达尔文的自由思想会使他日益远离教会以及天主教的信仰，也担心由于缺乏信仰达尔文死后会入地狱而她则要去天堂，两人将不得不分离。达尔文因此陷入了无法解决的两难境地，他十分爱艾玛，但又不能假装相信天主教。最后，两人只能将这一矛盾埋藏在心底。同年，他们结婚了，并从伦敦移居偏僻的英国乡间。达尔文气派的房产为他提供了一个能够专心追求自己理想的场所。
1842年，达尔文写了一篇长达35页的论文，阐述了进化论的框架。但他没有公开，而是把这篇论文藏在一个信封里交给了艾玛，叮嘱她假如他突然死去一定要将其发表。每前进一步，达尔文都十分担忧，因为他很早就知道他的理论必将会引发生物学的一场革命。在那个年代，一个人如果教授进化论等于把自己放在异端的位置上，被视作危险人物，这是一位受人尊敬的年轻绅士最不愿看到的。达尔文别无选择，他只能将自己的理论埋