藏在心底。
沉默是需要付出代价的。达尔文得了重病，病痛折磨着他的身心。有几个星期，他饱受高烧、寒冷和呕吐的折磨。身体状况的恶化可能有两个原因：一是在巴西曾遭受过毒虫叮咬；另一则是精神压力极大的双重生活。达尔文曾是一名充满活力的探险者，现在却是个连在自家院子里散步都觉得困难的病人。
19世纪40年代的大部分日子里，达尔文都不得不逃避深锁在自己脑海中的那个秘密。他的进化论对于这个世界来说太难以承受了，有可能会毁了他的声誉和家庭。病弱的身体使达尔文每天只能工作几个小时。他将有限的时间用在探索自然界的所有细枝末节上，光是分析海底甲壳动物就耗费了8年时间。那段日子，他的家里就像一个海底甲壳动物的世界。由于病痛只能在家里工作的达尔文并没有与外界隔绝。他同海员们、传教士和自然学家都保持着联系，希望他们可以为他带来远方的动植物标本以及新的科学信息。无论身体状况如何，他每天坚持写信，在信中询问别的科学家是在何处发现某件动植物标本的。
在家里，达尔文完全依靠贤惠妻子的照顾。艾玛扮演了护士和卫兵的角色，替达尔文挡住了许多不速之客。当达尔文工作累了，她就为他朗读或弹奏钢琴。他们一共有10个孩子，有7个活到了成年。在那个很讲究父辈尊严的年代，达尔文算得上是一个慈爱的父亲，对孩子们有很深的感情，再忙也会抽空关心他们的兴趣，并和他们一块玩耍。他与大女儿安妮在情感上尤为亲密。安妮是一个漂亮而欢快的孩子，经常陪伴着达尔文。她的活力和快乐总是感染着周围的一切，达尔文非常爱这个女儿，并觉得自己在年迈时能得到她的照顾。当他工作时，安妮是唯一能在书房里玩耍的孩子。但9岁时，安妮的精神状态开始下滑，连续几个月身体日趋虚弱。达尔文发疯似的找来一个又一个医学专家。然而一切都无济于事。1851年的复活节，达尔文在病榻边眼睁睁看着安妮离开了人世。他知道不可能有什么复活的神话，女儿的死让他对一个公正、圣洁的世界的信仰彻底毁灭了。
达尔文重又开始了停滞多年的工作，他用数年的时间著书并进行修改，准备公开自己的进化论。直到1858年，一件意想不到的事进一步刺激了他。一位英国自然学家爱尔弗雷德·威利斯提出了物种进化和自然选择的相同观点，而他等了20年却没有发表。因此，达尔文下定决心要以革命性的观点来征服大众。他开始了长达13个月的疯狂写作。尽管知道著作会威胁到自己的名誉和孩子们的前途，更会为虔诚的爱妻带来无法想象的痛苦，但是他已经无法搁下手中的笔。按进化论的说法，人类在遥远的过去只不过是一种没有高尚灵魂的动物，这是基督教所无法认同的，没有灵魂就没有追求美好生活的动力，就没有天堂和地狱，就没有恩赐与惩罚。在努力完成自己的著作时，达尔文感到自己正在遭受罪恶的煎熬，也感到了肩上承受着全世界的重量。20年来他一直在与自己的命运搏斗，在与自己的双重生活搏斗，现在他的沉默结束了。