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《物种起源》发表后的20年间世界发生了重大的变化。尽管仍有人反对达尔文的观点，但讨论这一命题已不再受人嘲笑。达尔文成了一位受人尊敬的长者，并被剑桥大学授予荣誉学位，此时距他离开剑桥大学已有50年了。他的灵魂重又回归宁静，可与妻子艾玛之间信仰上的冲突却依然没法解决。艾玛坚信人可以在天堂获得永生，但每当想起她和达尔文将不能在天堂里共度美好时光时便十分悲伤。
1882年，73岁的达尔文心脏病突发。在生命的最后几天里，贤惠的妻子给了他无微不至的照顾。他是在艾玛怀中去世的。弥留之际，他一直反复说着希望他们能永远在一起，但他知道在艾玛的信仰中她会获得永生，而他不会。
达尔文的去世引发了一个难题，即将他葬于何处。当威斯敏斯特大教堂希望达尔文的遗体能够葬在那里时，全家人感到异常惊讶。大教堂需要达尔文，胜过达尔文需要大教堂，因为达尔文为英帝国赢得了知识和科学王国中的新领地，英帝国依然将这位反叛者列为自己的优秀子民。1882年4月26日，英国上流社会的精英们聚集到威斯敏斯特大教堂的墓地，看着达尔文的遗体被安葬在牛顿身边。一位向基督教权威挑战的反叛者，最终将在圣洁之地获得永生。
在达尔文死后的一个多世纪里，《物种起源》一书以29种语言被印刷了400余次。他的理论唤起了人们对自然力量的认识，也永远改变了人们对这个世界的观点。