对董仲舒历史地位的评价，除了要对其一生的重要事绩及其在历史上的作用作出盖棺论定之外，对其在学术思想史上的地位亦需作出评价，其中包括他在当时学术界的地位、贡献以及某些重要学术观点在各自学术史中的地位。在前面的论述中，有的已作了详细的阐述，如"性三品"说的开山祖和古代进化历史观的拓荒者，在这里就不再重述，有些则需作必要的补充和概述。主要讲以下四个问题。
（一）开一代经学之风的《公羊春秋》大师
董仲舒作为汉代的第一大儒，主要以治《公羊春秋》开一代经学之风而闻名于世。
据《史记·儒林列传》载，董仲舒"以治《春秋》，孝景时为博士。"又说："言《春秋》于齐、鲁自胡母生，于赵自董仲舒。"后来曾做了汉朝宰相的公孙弘曾从学于胡母生，但他治《春秋》亦"不如仲舒"。时瑕丘江公治《谷梁春秋》，"与仲舒并。"武帝曾令江公"与仲舒议"，即与仲舒当庭辩论。当时由于江公讷于口，不敌仲舒。故此武帝"卒用董生"，并"尊公羊家"，诏太子受《公羊春秋》①。这个故事《史记》亦有简略记载。故此《史记·儒林列传》称："汉兴至于五世之间，唯董仲舒名为明于《春秋》，其传公羊氏也。"由此表明，董仲舒作为汉代《公羊春秋》的大师，是当之无愧的。
董仲舒之成为汉代的大儒，《公羊春秋》的大师，主要就在于他首推阴阳，错纵五行，广纳博采，以"微言大义"的形式来解《春秋》经，从而构筑了一套新的儒学体系。特别是他又提出"罢黜百家，独尊儒术"的创议，把注经与选士、任贤结合起来，从此便结束了先秦的子学时代，开创了一个以治经、解经为治学方式的经学时代。在西汉，首先盛行起来的是今文经学，到西汉后期，随着先秦古文经的发现，古文经学又盛行起来，直至东汉末，郑玄才把今、古经学融而为一。魏晋南北朝时期，经学又分为南北两派，即"南学"和"北学"。至唐，孔颖达奉命编定《五经正义》，以作为科举考试和取士的必读书及依据。到宋明时期，儒学发展为理学，以阐述经籍的义理为主。后来到了清朝的乾嘉时期，学者们继承古文经学的传统，注重训沽考据，又形成了所谓"乾嘉学派"。清朝中叶以后，今文经学又开始复兴，特别是随着变法维新的兴起，《公羊春秋》亦盛极一时。直至五四运动时期，新的革命阶级打出科学、民主的旗帜，彻底批判了封建**制度和旧的封建礼教，特别是当时还发动了"打倒孔家店"的运动，从此之后，经学才最终退出历史舞台。由此可见，由董仲舒所开创的经学对中国古代文化影响之久远和深刻，他不愧为经学的创始人和一代经学大师。
① 《汉书·儒林传》。
（二）先秦诸子的真正综合
在谈到董仲舒的生平时我们就曾指出，他之能成为儒学大师，不仅在于他专精于儒家经典，而且还由于他广泛吸取了先秦诸子百家之学，把它们纳入了其新儒学体系，使之有机结合起来，实现了所谓真正的综合，而不是外在的、机械的、简单相加或凑合。
我们所说董仲舒是汉代的第一大儒，并不只是由于他提出了"独尊儒术"的倡议，从根本上说在于他提出的理论体系核心是孔、孟的儒学。作为儒学创始人的孔子，其所创立儒学的核心是仁。"仁"不但是施政的原则，而且具有道德意义，最后还具有哲学上的人本涵义。这可以用以下六个字予以表述："爱人"、"克己"、"人也"。孟子之成为孔子之后的名儒，亦在于他继承和发挥了孔子的仁学。经过董仲舒改造了的儒学，不论其吸收了多少先秦诸子的思想，但始终没有丢掉仁学这个核心。无论是"天人感应"，还是"三纲"、"五常"，以及取法于天的王道论，其中心所贯穿的都是"仁"学。所以，仁德思想也是董氏儒学的核心。
阴阳、五行作为董仲舒新儒学体系的构架，显然是从阴阳家、五行家吸收来的思想。正因为董氏新儒学以阴阳、五行为构架，所以这一新儒学体系的大部分内容，如自然神论，"天人感应"，"变而有常"的天道，取法于天的王道，待教而善的人性，乃至养生之术等，都与阴阳、五行相联系。在此特别应该提出的是，作为新儒学核心的"三纲"、"五常"和仁政、德治，其理论的载体不是别的，正是按照一定规律运行的阴阳和五行，由此可见其结合的紧密程度。
黄老道术是在西汉前期居于官方统治地位的思想，因此，董仲舒也从多方面吸收了道家的思想，这不仅表现于他关于阴阳刑德的思想，而且还表现于人君必需效法于天的藏形贵神，虚静无为，居无为之位，行不言之教，以臣言为声，以臣事为形的君道，以及表现于对老子"以不求夺，以不问问"的权谋的运用，最后，还表现于以"爱气"为主的养身术。从这里也不难看出，其所吸收的道家思想，也不是孤立的、外在的，而是与其有关君道的思想融为一体的。
唯一法术是亡秦的指导思想。汉继秦总结亡秦的教训，认为最重要的就是它的任刑不任德。董仲舒所上《天人策》提出的重要改革主张，就是改变秦的严刑峻法，实行德治。不过，他不主张完全废弃刑罚，而是主张威德并用，德主刑辅。这样他就又吸收了法家的思想。首先是法家的君尊臣卑思想，他认为，"君不名恶，臣不名善"，功出于臣，名必归于君；其次是法家的赏罚分明的思想，"有功则赏，有罪则罚"，功多赏显，罪多罚重；最后是法家的法术势思想，他认为人君必须具有"禁制"之权，以保其"能制"之势，君必务致民令有所好，"然后可得而劝"，又使有所恶，"然后可得而畏"，这样亦就"可得而制"了。这些显然正是他的王道思想的不可或缺的内容。
儒学在先秦虽曾厄于墨，但墨学与儒学在先秦曾并称显学，两者自然有相通者，因此，董仲舒从墨家吸收营养就毫不奇怪了。董仲舒思想中的墨家思想成分，计有以下几条：第一，董仲舒提出的"以人随君，以君随天"，以及"事天"思想，显然正与墨家的"尚同"思想一致；第二，董仲舒的"天常以爱利为意，以养长为事"，与墨子的"天志"相通；第三，董仲舒的郊祀、祭天、祭祖又与墨子的"明鬼"相连；第四，董仲舒的"博爱亡私"、"泛爱群生"及"至于鸟兽昆虫莫不爱"，无疑同墨子的"兼爱"说一致；第五，董仲舒的"任贤"也正是墨子的"尚贤"主张；第六，董仲舒所谓春秋无义战，又同于墨子的"非攻"。以上就是董仲舒从墨学中吸取来的思想，但他显然也不是从墨学中简单拿来，而是化成了他的儒学的有机成分。
名辨家的思想成分，不但体现于董仲舒在解释《公羊春秋》上所独创的辞指论，而且亦见于其深察名号的认识论。我们知道，综合诸子百家思想的倾向，早在战国的中后期便已开始了。儒家的集大成者苟子、法家的集大成者韩非，以及作为战国时期众多儒士集体创作的《易传》，都表现了这种倾向，吸收了不少其他诸家的思想，但他们终究未能把诸子百家的精华融于一炉。后来，在秦统一中国的过程中所出现的《吕氏春秋》，以及在西汉前期出现的《淮南子》，亦都力求将诸子百家融为一家，但可惜也未实现真正综合诸子百家的思想，而只是机械地、外在地包容进了他们的著作。真正把先秦诸子百家融合为一体的是董仲舒的新儒学。虽然他号称汉代的大儒，但他实际上是以儒学力核心，广泛吸取了诸子百家之长，熔铸成了一个新的有机体系。也正是因此，他所创立的儒学才能为汉代的统治者所采纳，使之居于统治思想的王座，并有效地为封建统治阶级服务。否则，如果还是固守先秦时期作为诸子百家一个门派的儒学思想，这样的儒术是绝对不会久居封建社会统治思想王座之上的。
（三）"天人合一"说发展的中间环节
这里说的是"天人感应"论在"天人合一"思想发展史中的地位。
从"天人感应"论的由来我们知道，董仲舒的"天人感应"思想有着深刻的历史渊源和思想根源。早在董仲舒提出系统的"天人感应"论之前，就已有了天、人互相感应和灾异、符瑞的思想。这主要表现于《国语》、《中庸》以及《易传》、《吕氏春秋》的有关部分。这一思想从萌发到形成经历了几百年的时间，过程虽然漫长，然其思想脉络却有着一致性、连续性。但这种"天人感应"说仅仅是在中国有着深远影响的"天人合一"思想的一个阶段，在它之前和在它之后还各有一个阶段，所以它只是承前启后的一个中间环节。
在"天人感应"之前的"天人合一"思想很复杂，但也有共同点，这就是"天命论"。这种"天命论"的出现，当然必须是在人类具有了天帝或天神的观念之后才产生的。这是在我国的远古时代，即从五帝到夏王朝期间实现了从原始宗教到阶级社会宗教的转变、并经"蒸馏"而使天神从地上升到天上，变成凌驾于人类之上、主宰人的命运的上帝之时才完成的。据说此前神人混杂，只是到颛顼帝才"绝地天通"，①从而把天、人分开。但是在此