任何认识论总是其本体论的贯彻，董仲舒的认识论也不例外。因此，在董仲舒宇宙论上的不同观点，必然导致对其认识论的不同理解。以往之所以在董仲舒认识论上发生严重的分歧，其缘由就在于此。以往的分歧主要是以下两种观点：一种以侯外庐等著《中国思想通史》为代表，认为董仲舒的认识论以"主观的比附为方法"，以"密察神秘的本体"为目的，为"儒学庸俗化的典型"。多数人持此种观点。另一种以李民为代表，认为董仲舒的认识论为"朴素唯物主义的"并具有"自发的辩证法思想"。这两种观点显然都抓住了董仲舒认识论的某些重要特点，但又都失之于们颇。我认为，董仲舒的认识论乃是其自然神论的贯彻，因而正如其自然神论自身存在有不可克服的矛盾那样，他的认识论也蕴含着许多矛盾，既有不少合理的成分，但又充满神秘主义的东西。对此，既不应以其合理成分而看不到其总体上的神秘主义，也不应以其神秘主义淹没其合理的东西。