学术界一般认为，《史记》为私修之史，"藏之名山"是恐其被禁失传，故将正本藏于深山，只将副本留在京师，所以说"副在京师"。此说本之于《汉书·司马迁传》颜师古注。颜氏云："藏于山者，备亡失也。其副贰本乃留京师也。"颜师古注只是一个错误的猜测。
凡持藏于名山的论者，皆忽略了司马迁以大史令官守著书这一事实，而把《史记》等同于今天的个人私撰，这与当时的实际情况是不相容的。如果说《史记》为官修书，它又有别于唐以后设馆修史之书，不是成于众手，而自始至终出于司马谈、司马迁父子二人之手，自成一家之言。宋司马光修《资治通鉴》，国家设立书局，而是非裁夺之权一出于主编司马光之手，它是官修，还是私修，难以作截然判断。两司马之书，既是官修，又是私撰，折衷而言之，曰官助私修，即从创作角度说，两司马之书都可说是私修，而形式则是官书，尤其是《史记》正是这样的一部书。
官修之书则要上奏朝廷。《史记》书成，也是要上奏朝廷的。《汉兴以来诸侯王年表序》云："臣迁谨记高祖以来至太初诸侯，谱其下益损之时，令后世得览。""臣迁"云云，就是《史记》正本上奏朝廷的铁证。东汉卫宏《汉书旧仪注》有汉武帝削除景纪、武纪之说，亦可说明司马迁所著书要上奏朝廷。否则，汉武帝何得而削之哉！
《史记》书成，既然要上奏朝廷，所以《太史公自序》所言"藏于名山"，实为藏于官家书府之雅称，《史记索隐》云"正本藏之书府，副本留京师也。"并引《穆天子传》郭璞注为证，郭云"古帝王藏书之府"。司马贞的解释是符合实际的。如果正本藏于名山，京师指朝廷，其副贰本留京师，堂堂之尊的皇帝岂肯甘心。所以颜师古注是不能成立的。
官府藏书，不易流布，故司马迁抄留副本于京师家中。司马迁传其婿杨敞，杨敞传其子杨恽，杨挥在宣帝时向外传布。《汉书·司马迁传》载其事云："迁既死后，其书稍出。宣帝时，迁外孙平通侯杨恽，祖述其书，遂宣布焉。"《史记》行文内容也留有官书痕迹。如《项羽本纪》，既尊羽为本纪，而记述用汉之纪年。《太史公自序》行文也有"楚人围我荥阳，相守三年"，"楚人迫我京索"，"维我汉继五帝未流，接三代绝业"等话头，以"我"与"楚人"对举，又称"我汉"，这俨然是官修史书的史臣口吻。前引《汉兴以来诸侯王年表序》中"臣迁谨记"云云，则完全是史臣上奏皇帝的格式。有人认为，"西汉没有真正的史官"，东汉班固私修国史，被人告发，东汉明帝审读已成之篇，而后才召班固为郎官，"典校秘书"，后又为兰台令史，"著作东观"，"这才是编修后世所谓国史的开始"。论者于是断言，西汉太史令，职掌星历为主，"文史为次，实际上连次要都说不上"，因此，"司马迁不是史官，也不是世袭史