1.太始四年，《史记》基本完稿。
《史记》完稿，《太史公自序》云："凡百三十篇，五十二万六千五百字，为《太史公书》。"司马迁计点篇目字数寓有深意。他在《报任安书》说："仆诚已著此书，藏之名山，传之其人通邑大部，则仆偿前辱之责，虽万被戮，岂有悔哉！"计点篇目字数，表明自己十分美满地在有生之年完成了雪耻的心愿，发愤之作大功告成，这是多么惬意的事啊！此其一。司马迁在《孔子世家》中说孔子著《春秋》，"笔则笔，削则削，子夏之徒不能赞一辞。弟子受《春秋》，孔子曰：'后世知丘者以《春秋》，而罪丘者亦以《春秋》'。"《史记》效《春秋》，是非裁夺一出于司马迁之手，"俟后世圣人君子"评说，增一字与减一字都是不可以的，表现了司马迁的自信与超越，追步圣人毫不逊色！此其二。此外，司马迁留下的这一篇目及字数统计，可为今天研究《史记》断限与"十篇缺"的重要标尺，这或许是司马迁先知先党的预设，也或许是他非始料所及之事。司马迁死后，两汉儒者竟相续补，或遭当路者删削，这篇目字数的统计成了《史记》一书无形的护法神。《太史公自序》作于何年，无法考知。但司马迁却在《报任安书》中透出《史记》基本完稿的消息，考知《报书》的写作时间，就大体可知司马迁的写作进程。《报书》云：仆窃不逊，近自托于无能之辞，网罗天下放失旧闻，考之行事，稽其成败兴坏之理，[上计轩辕，下至于兹，为十表，本纪十二，书八章，世家三十，列传七十]，凡百三十篇，亦欲以究天人之际，通古今之变，成一家之言。括号内"上计轩辕"等七句据五臣注《文选》本补入。计，借为记。这几句总括《史记》五体篇数与《自序》相符，所以它透露了《史记》已基本完成，但还没有最后定槁。试与《自序》的总括文字作一对照，就可看出问题。
《自序》曰：网罗天下放失旧闻，??上记轩辕，下至于兹，著十二本纪，??作十表，??作八书，??作三十世家，??作七十列传，凡百三十篇，五十二万六千五百字，为《太史公书》。
对照两段文字有三点不同：第一，《史记》五体的编次顺序不同。《报书》序列为：表、本纪、书、世家、列传；《自序》排列为：本纪、表、书、世家、列传，与今本《史记》吻合。第二，《报书》未定书名；《自序》定名为《太史公书》。第三，《报书》无字数统计，《自序》总计全书为五十二万六千五百字。三点不同，说明《报书》作于《史记》即将完稿之时，而早于《太史公自序》。司马迁作《报任安书》之后，仍在继续修订。
《报任安书》的内容，本书第五章已作了剖析，它是司马迁痛定思痛的回溯，正因为《史记》已大体完成，他才写了这封回信，向知心朋友一倾忍辱著书的郁闷，并表达他的抗争精神。所以，考证《报书》的写作时间成了一个重大的学术问题，它对于了解司马迁的写作进程及推知卒年都具有重要意义，因而成为长期以来争论的问题。主要有两说。
清赵翼在《二十二史札记》中认为写于汉武帝征和二年（前91）。征和二年巫蛊事发，太子刘据起兵讨权臣江充。当时任安任北军使者护军，太子授节给他，命令出兵助战。任安受节却闭门不出，首鼠两端。事平，任安被钱官小吏揭发，处以腰斩。赵翼根据"今少卿抱不测之罪"等语，认为任安在巫蛊案中下狱，于狱中写信给司马迁，要他"推贤进士"，援救自己。清包世臣认为"推贤进士"四字是任安征和二年蒙罪后求援的隐语①。今世时贤又多解"会东从上来"，为征和二年司马迁扈从武帝由甘泉回长安。据此，任安致函司马迁和司马迁回信任安，均在征和二年。
王国维《太史公行年考》则根据《报书》中"书辞宜答，会东从上来，??涉旬月，迫季冬，仆又薄从上上雍"这几句话推定《报书》作于太始四年。因为《武帝纪》载，武帝出巡，在一年中既东巡，而后又西上雍，只有太始四年。又据《任安传》载汉武帝语"安有当死之罪甚众，吾常活之"云云，任安于太始四年另犯有"不测之罪"，而非巫蛊案。依照王说，我们可以推知，任安在太始四年所犯"不测之罪"，终因司马迁营救而获免。正由于司马迁营救了任安，所以才在《报书》中诉说衷肠，让任安做两手准备，或自裁，或侥幸，但对喜怒无常的汉武帝不要抱幻想。按王国维说，两人通信在太始四年，早于征和二年两年。
按核事实，王说比赵说为优。首先"会东从上来"，方位词"东"的用法，叙事者若系离去才能解为"往东"①；若系归来，只能解释为"自东"。《史记·秦始皇本纪》："谒者使东方来，以反者闻二世"，可为此作注脚。司马迁接任安信，"会东从上来"，即正赶上从巡武帝自东边回长安来。太始三年武帝东巡海上；太始四年，武帝东封泰山，五月还京师。任安致函司马迁必在这两年，在太始四年可能性最大。因封禅泰山是国家大事，巡幸海上是求仙。"推贤进士"属国家大事。元封元年封禅泰山，此后五年一修封成为定制。太始四年修封泰山是例行典礼，任安选此时机劝勉司马迁"推贤进士"顺理成章。包世臣认为"推贤进士"是任安求援的隐语，此说甚辨，但与情理事实不符。试想任安犯了死罪向知心朋友司马迁求援，却转弯抹角用隐语；而司马迁却迟迟不回信，直到临刑前才回信，不但不谈救援之事，倒诉说起自己的衷肠，还在"推贤进士"隐语上大做文章，这种滑稽喜戏，绝非任安、司马迁两人之所为，又，武帝诛杀任安，应在征和三年春夏之交。巫蛊案武帝视太子为叛逆而大封功臣，直到田千秋上书讼太子冤，武帝思子改变了对任安的态度，才得以被小人乘间。任安、刘屈等人均被诛杀，这是征和三年的事。当然，由于史事久远，具体时间缺载，合理推论也难免有差错。也有这样的可能，任安致函司马迁在太始四年，司马迁回信在征和二年，因"阙然不报"，两信间隔可以是几个月，也可以是一两年。那就存疑待考吧。本书依从王说。
2.司马迁对《史记》的修订。
司马迁在《报任安书》中说，天汉三年他受祸之时"草创未就"，即《史记》一书尚未完成。《报书》又说："鄙没世而文采不表于后也"，则是对已成之篇的修订润饰。这两项工作当是交叉进行，太始四年以后则主要是最后的编定工作。由于史料无征，我们难以查考《史记》篇目的写作编年，但从篇中所透露的生平印记，特别是李陵案的余响，可以大体推测出司马迁作史阶段及修订内容，并从中领略他的发愤精神和诗人气质。先说修订内容，主要有四个方面。
（1）调整篇目与编定次序。《史记》规划，元狩元年起司马谈已发端述① 《后汉书》卷六十七《党锢列传序》。
① 《艺舟双揖·复石赣州书》。
作，元封三年司马迁相继撰述，至太初元年开始定稿，大约《史记》规模已粗具。天汉三年，司马迁受祸，思想立场从温和刺讥转到激烈抗争，对全书篇目以及已完成的篇目内容必有相当大的调整，用以寄发感慨，留下李陵案的余响。象酷吏、游侠等篇，感情愤激，必是写于受祸之后。试作简要分析。《酷吏列传》，集中写武帝一朝的酷吏，他们一个比一个苛暴，而"上以为能"，讥刺刻骨。司马迁恨透酷吏，写他们的下场一个个不得好死，杀头，弃市，族灭！而直接迫害司马迁的杜周，专以人主意指为狱，既苛酷又贪婪。杜周初为廷史，只有一匹鞍辔不全的马，等到他做御史大夫时，子孙尊官，家资累巨万。杜周善终，死于太始三年，司马迁独不书卒，留给读者去悬想，言外他不配有善终的下场。《游侠列传》为干犯朝廷纲纪的侠义之士立传，开篇议论立传理由："今游侠，其行虽不轨于正义，然其言必信，其行必果，已诺必诚，不爱其躯，赴士之厄困，既已存亡死生矣，而不矜其能，羞伐其德，盖亦有足多者焉。"寄寓了对理想友谊的向往。司马迁一则曰："缓急，人之所时有也。"再则曰："要以功见言信，侠客之义又易可少哉！"司马迁之横遭极刑，"交游莫救"，在此发出对真挚友谊的呼唤与渴求，不是跃然纸上吗！《伯夷列传》对惩恶佑善的天道提出质疑，其中更多有愤世之言，如"时然后言，行不由径，非公正不发愤，而遇灾者，不可胜数也"，是极为显明的李陵案余响。这些篇目不仅写成于受祸之后，更有可能是受祸后调整篇目新增加的内容。《管晏列传》亦以议论为主，不载传主事功而载轶事。这样选材，便于抒发议论。本篇论友道，论不羞小节，论荐士，慷慨激昂，可以说是司马迁写的一篇知己论，亦当是李陵案之余响