孔安国是孔子的第十二代孙，鲁国曲阜人，西汉武帝时的大经学家，兼通今古文学。孔安国的古文学，承受家学，他的今文学是向申公学《诗》，向儿宽学《今文尚书》。儿宽是伏胜的再传弟子，欧阳生的学生。申公、欧阳生都是西汉著名的今文学大师。汉武帝元朔二年，孔安国为博士，元狩五年官至谏大夫，元狩六年出为临淮郡太守，不久就死在任上。司马迁向孔安国问故，也是二十壮游归来京师之事，应在元朔末至元狩末，即司马迁二十二、三至二十七、八岁之间。
1、司马迁问故的内容。
《汉书·儒林传》载：孔氏有《古文尚书》，孔安国以今文字读之，因以起其家逸《书》，得十余篇，盖《尚书》兹多于是矣。遭巫蛊，未立于学官。安国为谏大夫，授都尉朝，而司马迁亦从安国问故。迁书载《尧典》、《禹贡》、《洪范》、《微子》、《金滕》诸篇，多古文说。
这段记载，说明司马迁师事孔安国，问故习《古文尚书》，至为明白。
结合《史记》考察，司马迁问故，不限于《古文尚书》，而重点却是《古文尚书》罢了。
西汉经学有今古文之争。用战国时古文写的经书称古文经，用汉代简化的隶书写的经书称今文经。经过传写，今文经与古文经在文字上有异同，这是正常现象。《今文尚书》是伏胜口授，晁错纪录整理，文字异同会更大。文字异同，只是一个校勘问题，并不是根本性的学术分歧。孔安国传《古文尚书》，以今文字读之，也就是转写成今文。所谓今古文之争，是指两种不同的解说。古文家训诂简明，不凭空臆说，排斥迷信，有高深的学术修养，被称为朴学。古文经学，政治倾向保守，道法尧舜，不适应变革的秦汉大一统政治。董仲舒是治公羊春秋学的大儒，他融会道法，折衷孟荀，把经学阴阳五行化，整齐百家之学于儒学，宣扬大一统，以天人合一理论推行阴阳灾异，主张更化改革，从而创立了今文经学。今文经学，解说经义依政治需要而推衍，繁琐、迷信、穿凿附会，很少有学术价值。到东汉，今文学与谶纬学结合，走入死胡同，释一字一句，往往用数万言，甚至数十万言。东汉末古文经学兴起，随着汉家政治的结束，古文经学取代今文经学获得了正统地位。
今文经学因适应大一统的政治需要而成为西汉时期的官方哲学。大学五经博士十四家，全为今文经学。郡国有文学之官，地方学校当然也以今文授学。士人读书做官，走博士弟子应试是正途，因此西汉儒学大兴，也就是今文经学大兴。司马迁出仕，立身处世，以今文经学力准则，这是毫无疑义的。正因如此，司马迁问故《古文经学》，引古文说述史，所以班固才在《儒林列传》中作了特别的记载。
《尚书》为秦火所焚，伏胜口传《今文尚书》只有二十九篇。孔安国所传《古文尚书》是孔氏壁藏的古本，较为完整。孔安国以今文字校读，多出十六篇。孔安国死后，其家才献于朝廷，时值巫蛊案发，朝廷混乱，未立于学官。这说明，孔安国是私传《古文尚书》，司马迁是孔安国的私淑弟子。司马迁十岁诵古文，早已能识读古文书。可见司马迁问故，是问古文家大义，即"古文说"。说，即解说。《古文尚书》多出的篇目，也只有孔安国私传。孔安国兼通今古文学，如何将两者融会贯通，也是司马迁学习的内容。
此外，问故，不应当限于《古文尚书》。《儒林传》讲的是《古文尚书》师承，自然只记载司马迁学《古文尚书》。实际上问故的范围是包括《古文尚书》在内的广义古文学。《史记》中列举的古文就有《春秋》、《国语》、《尚书》、《论语》、《五帝德》、《帝系姓》、《谍记》等等。司马迁述史，"厥协六经异传，整齐百家杂语"。厥协，即综合，贯通；整齐，即别择，统一。古文典籍是原始资料记录，或早期的可靠文献。一切传说，百家言，都要用古文来作验证，"总之不离古文者近是"③。例如《谍记》载黄帝以来，皆有年数，司马迁用《尚书》按核，认为不可信，所以不取，只作《三代世表》，而不作年表；而《五帝德》、《帝系姓》，用《春秋》《国语》按核，认为可信，于是引为依据写黄帝、颛顼、帝喾事迹。但司马迁又屏除了其中许多不经的神话，如说黄帝"乘龙颛顼云以顺天地之纪"，颛顼"乘龙而至四海"，帝喾"春夏乘龙，秋冬乘马"等等。《山海经》也是古文，但司马迁说："《山海经》所言怪物，余不敢言之也。"如《山海经》载，黄帝与尤战，"尤请风伯雨师，纵大风雨；黄帝乃下天女曰魃，雨止，遂杀尤"。《五帝本纪》载黄帝与蚩尤战，只说"黄帝乃征师诸侯，与蚩尤战于涿鹿之野，遂禽杀蚩尤。"由此可见，司马迁述史，十分谨严，对古文资料别择去取，极有章法，这也是古文学的内容。孔安国训故《古文尚书》，对古文的去取，自然是十分精通的。
《五帝本纪》是司马迁运用古文资料创作的精采篇章之一。他不满《尚书》"独载尧以来"，又不满"百家言黄帝，其言不雅驯"，于是他经过