《水心文集》，由叶适门人赵汝谠编次刊行，用编年法，"集起淳熙壬寅（按即九年，公元1182 年），更三朝（按指孝宗、光宗、宁宗三朝）四十余年中，期运通塞，人物散聚，政化隆替，策虑安危，往往发之于文"（该书赵汝谠序）。据宋人陈振孙说："《水心文集》二十八卷，《拾遗》一卷。"（《直斋书录解题》卷十（八）这种编年本到明时已无完本。明正统年间，赣人黎谅搜集名目不同的各种残本，得"其各集中所作札、状、奏议、记、序、诗、铭并杂著，成篇章者得八百余篇，编集汇次，分为二十九卷，其所著经传子史，编为《后集》，总名曰《水心先生文集》"（该书黎谅序），于景泰二年（公元1451 年）刊行。《四库全书总目》所著录及商务印书馆影印《四部丛刊》中的《水心文集》，都是明刊本，但只有二十九卷，并无黎序所谓《后集》。清光绪八年（公元1882 年），瑞安人孙衣言又据钱桂森所藏黎刻二十九卷本校正重刊，曾增入重辑的《补遗》一卷，成三十卷，为现存《水心文集》较好的版本。
《水心别集》，不知最初由何人刊行。陈振孙说："《别集》十六卷"，又说："《外集》（按即《别集》）者，前九卷为《制科进卷》，后六卷号《外稿》，末一卷号《后总》，专论买田赡兵。"（《直斋书录解题》卷十八）《进卷》写于为母服丧时，曾单独刊行，朱熹见过，有批评，并称其欲毁板，"亦毁得是"（《朱子语类》卷一百二十三）。据《别集》卷十五后叶适自跋，《外稿》是淳熙十二年他由苏州入都，为准备应召对而写的，"稿属四十余篇"，获对后，无复诘难，"遂箧藏不出矣"，嘉泰四年（公元1204年），叶适丁父忧居家，将《外稿》编次定稿，准备"他日以授寀、宓（叶适二子）焉"（《水心别集》卷十五）。但《后总》一篇述及女真、蒙古战事及宋绝币罢和