开禧三年十二月，叶适离开建康，回到永嘉，住在水心村，专门研究学术。从嘉定元年（公元1208 年）开始奉祠，到嘉定十二年（公元1219 年）
叶适七十岁时，曾申省状请求致仕，未获准；次年再申省状，获准以宝文阁学士、通议大夫致仕，至此奉祠凡十三年。嘉定十六年（公元1223 年）叶适逝世于永嘉，享年七十四岁，赠光禄大夫，溢"文定"。①在由建康到永嘉途中，叶适在致友人的书信中说："某一生多难，学为世嗤，誓将去瓯闽之上，凿井筑室，有以自老，于今天下之事无所复置其念矣。"（《寄王正言书》，《水心文集》卷二十七）这是说，二十余年的政治实践从此终结了，此后将过一种新的生活。在这十余年中，叶适进一步研究从年轻时就崇信的永嘉事功之学，并对他二十余年的政治实践加以总结，从而丰富和发展了永嘉学派的思想，以集其大成。这一阶段的研究成果，集中于他的专著《习学记言序目》之中。
叶适退居水心村时，同辈的著名学者都已去世，来往较多的，只有隐士陈烨，此时年己逾八十；前来问学论事的，大多是一些后辈士人。对当时的生活，他也略有记叙：余久居水心村落，农蓑圃笠，共谈陇亩间。有士人来，多言场屋利害破题工拙而已。周子实数过余，必示以前辈旧闻，每得一二，耳目鲜醒，置于举业丛中，不啻夜光之照敝帚也。（《题周子实所录》，