元1208 年）后，回永嘉水心村著书讲学，为学术研究阶段。在第二阶段中，除两次丁忧（父母各一次）和庆元党禁期间罢职在原籍外，有二十余年任地方官和京朝官，主要从事政治实践。
叶适的经历中，有许多令人不解的矛盾现象，如作为反道学的永嘉学派的主要代表，为什么挺身而出为道学家朱熹辩护，又在庆元党禁中被列入"伪学逆党籍"？为什么一生都主张恢复故土、主张报仇雪耻的抗战派代表，在开禧北伐时拒绝起草北伐诏书？为什么一介书生在开禧北伐失败的危急关头，能力挽狂澜，转危为安？这些都要放在一定的历史条件下，并联系叶适本人的政治、学术观点加以分析，才能得出正确的答案，从而解开这些疑问。