于撤退的命令不仅迟迟才到，而且要求经维列依卡退下来去与第1集团军会合。这就是说，让他在正在发动攻势的法军面前实施机动，而这样是非常困难、非常危险的。
巴格拉季昂率部向维列依卡进发，经过5天连续行军150公里后渡过涅曼河。过河后巴格拉季昂即获悉热罗姆的前卫部队已占领了他的后方；博加尔涅军正从左翼向自己逼进；而达武军已占领了沃洛任，通往维列依卡的道路已被切断。
次日，巴格拉季昂回过头来再渡涅曼河，然后向明斯克进发。但明斯克已被达武占领。这时，他接到亚历山大一世要他进攻明斯克的命令。他没有执行这个命令，因为他知道，不能在面临被优势敌人包围的危险情况下投入战斗。他大胆地对沙皇的命令表示了异议：
“如执行命令向新格鲁多克方向前进，则我不仅不能经明斯克与第1集团军会合，反而会使我面临失去全部辎重、无法取得食品补给和完全断绝与第1集团军联系的危险。”
巴克莱的第1集团军经历许多周折后，终于按计划撤到德里萨河设防阵地。这时，沙皇才认识到，第1集团军要是留在那里是十分危险的。战争初期的严酷现实否定了法尔制定的作战计划，而新的作战计划又未制订出来。这时敌人步步紧逼，俄军面临着比奥斯特利茨更可怕的危险。这就是沙皇“亲自指挥”的结果。沙皇的弟弟康士坦丁恳求沙皇赶快设法与法国缔结和约，而沙皇身边的有识之士则劝他“为了挽救俄国”而离开军队。沙皇采纳了后一种意见。
当时两个集团军的出路只有后撤并尽快联合起来抗击法军。恩格斯后来指出：“俄军的撤退在当时不是自由选择，而是绝对必要的问题。”
俄军两个集团军在极端困难的条件下各自为战，凭着两位总司令多年丰富的作战经验，机动灵活地与敌人迂回，甚至在大踏步后退时，还进行了多次后卫战，取得了一些胜利，达到了袭扰敌人，减缓敌人推进速度的作用。因此，拿破仑未能将俄军两个集团军各个击破。
经过38天的艰难长途跋涉，俄军边战边退，行程达六百多公里，于8月3日，两个集团军在斯摩棱斯克会师了，总兵力还剩约为十二万多人。拿破仑曾预言它们不可能会合，然而他失算了。
在俄军撤退的同时，拿破仑在俄国土地上占领了一个城市又一个城市，战火从一个省烧到另一个省。
拿破仑的战略方针之一，就是靠搜刮战败国的人民的财物来供养自己的军队，因此他的军队可以不依赖基地，自由而迅速地机动于辽阔的战场上，法国人说过：
“敌人就是禾捆，总打总能出粮食。”
列宁说过：
“在国内反动势力取得胜利以后，拿破仑的反革命专政才把法国进行的战争，由自卫战争变成了侵略战争。”
拿破仑要压迫和奴役战败国的人民，因此俄国人民对拿破仑侵略军恨之入骨，大部分占领区的居民都背井离乡，赶走了家畜，烧毁一切可能被利用的东西，跟随俄军一起撤离。有些人躲入森林，参加游击队打击敌人。
每天早上，法军一些连队都要派出十多名士兵外出搜寻粮秣，但常常是有去无回，少数人空手而归算是幸运的了。由于长途行军作战，粮秣短缺，一些战马死掉了，军队也感到困苦不堪。
8月16日，法军向斯摩棱斯克进发，妄图一举攻占该城。俄军英勇固守，城内的居民和军队通力合作保卫城市，经两天激战，多次打退敌人的猛烈冲击。直到敌人对俄军后方造成威胁时，俄军才主动放弃该城。
俄军大踏步地后退虽然保存了军队实力，但大片领土却沦陷了。沙皇在离开军队后，并没有决定今后由谁任指挥两个集团军的总司令。巴克莱认为必须继续撤退，巴格拉季昂反对，他说：
“我对如此不可思议的撤退感到痛心疾首……人们会心灰意懒，队伍会溃不成军，一片混乱。假如不能向前推进，那还谈得上什么高明的动机？我的动机，说穿了就是寻求战机，打击敌人。”
巴克莱认为，只有撤退才能不断削弱拿破仑，并使俄军得到加强。他对停止撤退要求的将领坚决地说：
“每个人都有自己的职责，而我正是在履行自己的职责。”
但是，俄国士兵也不愿意再撤退了，他们急欲与敌人交战。以前是向士兵们解释说，为使两个集团军尽快会合，必须向斯摩棱斯克撤退；而现在出现了一种不公正的、极有害的说法，即把巴克莱的行为说成是背叛。首先这样讲的，就是康士坦丁亲王。他对斯摩棱斯克的老百姓挑拨说：
“有什么办法呢？朋友们，我们可不是罪魁祸首，有人不让我们拯救你们。指挥军队的那个人的血管里，流的不是俄国人的血。我们虽然心中难过，但还得听他的。我比你们还要痛苦十倍。”
由于司令官之间关系紧张，已发展到势不两立的地步。俄国官兵都痛感军队的行动不协调，集团军兵力不能及时加强，预备队组建进展缓慢，在后方没能构筑足以阻止敌人进攻的防御工事。
由于退却而产生的不满情绪不仅在军队中滋长，连贵族也感到惶惶不可终日了。军事形势十分严峻，亟待采取果断措施。亚历山大一世在这紧要关头，惊慌失措，束手无策。很显然，俄国需要一位能够力挽狂澜，找到胜利之路的统帅，要由他来统管俄国全部武装力量，去打击侵略者；由他来主持解决与战争密切相关的问题，因为这是一场关系到俄国生死存亡的战争。
4. 库图佐夫临危受命
拿破仑军队入侵俄国的消息，库图佐夫是在乡下听到的，那时他已退役在家多时。虽然如此，他立即脱掉了老百姓的长衫，穿上将军的戎装，乘车直奔彼得堡。虽然没有人召他去，但作为一个爱国者的库图佐夫明白，此时不能再去考虑个人的恩怨，为保卫祖国他要把自己的全部精力和多年积累的作战经验贡献出来。
在这国难当头的日子里，库图佐夫来到了彼得堡。令人沮丧的是一个个城市失守的消息接连不断地传来。彼得堡的达官显贵，得知拿破仑的大军正通过普斯科夫和纳尔瓦，企图进犯彼得堡时，无不惊恐万状。
7月下旬，亚历山大一世听取了彼得堡告急的情况报告后，召见库图佐夫，并降旨：“鉴于形势危急，朕委任您组建军队，保卫彼得堡。”归库图佐夫统辖的军队兵力只有8000人，为了更有把握地守住首都，他当即决定紧急组建民兵。1812年7月29日，库图佐夫被推选为彼得堡民兵司令。
本来俄国贵族是害怕武装人民的，他们说：
“建立民兵是非常危险的，因为他们有些人可能会自认为独立于常备军外，并竭力想获得完全独立。历史告诉我们，以普加乔夫为首的粗野不文明的顿河哥萨克就曾密谋叛乱，危害国家……”
但是，在外敌入侵，爱国热潮席卷全俄国的情况下，当局已无法阻止广大人民群众奋起参战了。亚历山大一世被迫于1812年7月18日和30日向民众发表了两个宣言：关于组建民兵加强军队和保卫祖国的宣言。与此同时，枢密院又向各省总督发布了一道密令，要求各地贵族对组建民兵工作不得阻挠，并解释说，因为只有这样才能保住他们个人的权利、财产和领地。
库图佐夫以极大的热情从事民兵组建工作，并在短时间内取得了成效。在这段时间里，除民兵组建和训练工作外，他还十分关心战局，夜里常常在战争形势图前一坐就是几个小时，在那里聚精会神地研究军队的行动。
这时战场的形势越来越恶化，现实生活要求任命一位能够胜任统辖全军这一重大使命的总司令，沙皇要求他委任的特别委员会来解决这一重大问题。
1812年8月17日，放弃斯摩棱斯克的当天傍晚，在彼得堡召开了特别委员会会议。委员们经过详细讨论，反复研究了军队的形势后，都认为，没有一个统辖全军的总司令官是造成俄军军事上失利的重要原因之一，如再不解决各集团军间的协同作战问题，后果将不堪设想。
那么谁是担任全俄军队总司令的合适人选呢？委员们认为候选人的条件应该是：具有丰富的作战经验，本人德高望重，深受民众信赖，而且官高爵显。到会的人都清楚，库图佐夫比任何人都具备这些条件；但大家也十分了解沙皇对库图佐夫没有什么好感，他甚至再不想听到库图佐夫这个名字。委员们对提出的候选人，如多赫图罗夫、贝尼格森和巴格拉季昂等人，都不表明自己的态度，后来当提到库图佐夫时，得到了异口同声的赞许和支持。大家都为此轻松地舒了一口气。
沙皇对委员会的建议并没有立刻表示同意。他考虑了3天，尔后才给枢密院签发手谕，任命步兵上将库图佐夫公爵为全俄军总司令。沙皇在给库图佐夫的信中写道：
“米哈依尔·伊拉里奥诺维奇：
您在军队中的崇高威望，您对祖国的真诚热爱，您屡建奇功的丰富经验，使您有权赢得这一信任。在选择您担当此重任之际，希不负众望。我将请求上帝保佑您旗开得胜，马到成功。亚历山大谨启。”
后来亚历山大一世在卡缅内岛召见了库图佐夫，会面时间不长。把将军送走后，沙皇给他的姐姐写了一封信，他在信中道：
“……大家对巴克莱的敌视情绪很强烈。应该承认，这是他自食其果，因为他指挥作战优柔寡断，举棋不定，办事拖沓。他和巴格拉季昂争执不下。为了解决这个矛盾，我不得不专门召开小型委员会会议，阐明情况并提出指派总司令的问题。他们根据提出的各项条件，一致推选德高望重的库图佐夫……总之，库图佐夫在这里和莫斯科都深受各阶层人民的爱戴。……我在彼得堡发现，大家都坚决拥护库图佐夫这个老头子任总司令。这是众望所归呀。我由于了解这个人，开始反对任命他。罗斯托普钦8月5日写信告诉我说，整个莫斯科都希望库图佐夫统率全军，因为巴克莱和巴格拉季昂两人均不能胜任此职，况且，巴克莱在斯摩棱斯克一再失误。人心所向，我只能听之任之，只好任命库图佐夫为总司令。迫于形势，我无法作出别的选择。只能根据大家的呼声作出抉择。”
看得出来，亚历山大一世在任命库图佐夫时是不情愿的，故沙皇同时又任命贝尼格森为总参谋长，以便在必要时接替库图佐夫。
“这可是只‘北方老狐狸’！”拿破仑得知对库图佐夫的任命后，意味深长地说。
当库图佐夫听到拿破仑对他的反应后，谦逊地说道：
“我将努力向这位伟大统帅证明：他说得完全正确！”
68岁的库图佐夫，在形势严峻的战争初期，临危受命，于8月23日，在市民的热情欢送下离开彼得堡，到前线赴任。他心里非常清楚，人民和军队都期望他能采取坚决行动，以阻止敌人向俄国腹地长驱直入。但是人民和军队都不了解，俄国现在没有足以战胜敌人的训练有素的军队。库图佐夫凭多年的战斗经验，深知只有发动人民群众参加战争，扩充军队，才能扭转战争形势。
组建预备部队的事，战前没有采取切实可行的措施落实，开战后才开始抓紧组建并将其集结于最重要的战略方向上，然而在落实过程中遇到很多困难，新兵员一时补充不上来。纵然如此，陆军部不作调查，却盲目地一味强调有足够的预备队，并已作好参战准备。
8月29日，库图佐夫乘车来到集团军所在地察列沃宰米谢。一个团的士兵看到总司令出现在面前，慌忙整装、站队，而库图佐夫对他们说的第一句话是：
“不要这样。我的孩子们，我想看到的，是你们个个身体健康。士兵在征战中不能讲究穿戴，你们在劳累之后需要休息，要作好打胜仗的准备……”
在检阅仪仗队时他大声呼喊：
“呶，我们有这么多好汉，怎么能撤退呢！”
但是，次日，军队还是接到了撤退的命令。
是什么原因促使库图佐夫下决心继续向内地撤退呢？后来，据库图佐夫的副官说，撤退前夜，总司令深思熟虑，全面研究了当时的形势。俄军在两个月内后撤了八百多公里，前线离莫斯科只有150公里了，部队需要休整，特别是需要补充兵员。法军一直在后面跟踪追击，随时准备与俄军决战。在此情况下，不能硬碰硬地去迎战。
当时，对库图佐夫打击最沉重的是：根本没有像陆军部说的那么多的预备队。本指望米洛拉多维奇能派6万人加强集团军，实际只来了1.6万人，而且都是未受过训练的士兵。原来罗斯托普钦答应派来7.5万人，实际只派出1.5万人。用现有的这些兵力显然是无法阻止敌军的。
库图佐夫曾请求把洛巴诺夫—罗斯托夫斯基公爵组建的预备队调来加强军队。他在报告中写道：
“只有加强了军队，我才有可能为拯救莫斯科主动作战
亚历山大一世十分明确地告知库图佐夫，那些预备队是指望不上的。他是这样答复的：
“因您提议下令调遣的预备队尚未准备就绪，朕意不调。”
库图佐夫的处境非常困难，除兵力不足和没有预备队外，他还有许多“内忧”。他一到任，就与仇视他的参谋长贝尼格森发生了冲突。贝尼格森认为自己是惟一能与拿破仑相匹敌的统帅，是库图佐夫不公正地夺走了他总司令的职务。数十个曾与巴克莱作对的阴谋家，现在一齐把矛头指向了库图佐夫。库图佐夫清楚地知道，除拿破仑外，在自己内部还有许多敌人。
虽然如此，库图佐夫对战争前景并不悲观，他对俄**队的力量深信不疑，在给妻子的信中他写道：
“我指挥的是一支士气高昂的军队，它有许多优秀的将领……我满怀信心……我想我们能取得胜利。”