60年的一天，卢梭把刚刚脱稿的《爱弥儿》读给卢森堡元帅夫人听。元帅夫人对这部书兴趣不浓，但她要让卢梭多挣点钱，叫他把《爱弥儿》交给她去设法付印，卢梭十分感激地把书稿交给了她。过了好长一段时间，卢梭收到卢森堡夫人寄来的和书商订的合同让他签字，他仔细辨认了由官员核准留下的笔迹，便满怀信心地签了字，随后还收到了书商预付的一部分酬金。本以为事情已经办妥了，为什么早已付印的《爱弥儿》迟迟出不来呢？卢梭朦胧中预感到有什么不测。按照当时的习俗，一本书出版之前必须经过某些知名人士传阅。《爱弥儿》经过外界传阅后，顿时成为大家议论的中心，各种非议此起彼伏，而这些都是瞒着卢梭进行的。他得知《爱弥儿》的印刷一天比一天慢，以至最后完全停了下来，而他又无法打听出原因，出版商也不肯复信回答他的询问，使卢梭陷入极大的不安。在卢梭的性格中，不论发生什么不幸的事，只要知道是怎么回事，他就不会慌乱，但若被蒙在鼓里，就会使他惊恐不安。在不明和不安中，他的想象力被扇动了起来，眼前仿佛出现许多以白布蒙头的鬼影。他越是关心在他看来是最后也是最好的作品的出版，就越是冥思苦想去找那可能阻碍出版的原因，而他又怎么也想象不出究竟是什么原因。其痛苦的程度可以想见。
千思万念，《爱弥儿》总算出版了，但并没有引起像他别的作品出版时所博得的那么热烈的喝彩声。然而它在私下里所获得的赞扬却比他任何一部著作都要多。最有能力评论他这部书的人对他说的话，给他写的信，都证实这是他最好、最重要的作品。但在某些人的评论中，又总带着点神秘色彩，说这部极好的书，不久就会“众口喧腾”，“超过作者所希望的程度”——暗示卢梭将因此书而遭到灾难。而卢梭则坚定地相信，这本书是为了人类的幸福而写的，各个方面都合乎规定，还有卢森堡夫人的全力支持，怎么会受到指责呢？自然，卢梭也知道，他在书中抨击传统的教育制度、宣传自然神论而得罪了教会，而教会当时是掌管中学教育的；还有，在书的结尾，因看到有的王爷贵族在蒙莫朗西射猎动物时糟蹋农民的土地，便对这种暴行骂了几句，也会受到他们的嫉恨。几天后，卢梭得到消息：议院将极其严厉地对他起诉，随后就要下令逮捕他。有的议员甚至声称，要把书和作者一起烧掉！卢梭对这种做法愤愤不平，他在1762年6月写给同乡莫顿的信中述说了自己的心情：
这样的判决多严厉啊！我到底犯了什么罪？啊！巴黎的人民，这就是你们的自由！我实在感到懊恼。外界对我的指责越来越强烈，但是，如果我停止写作，我将会被公众淡忘，人们也不会畏惧我写的真理了。请你不要公开反对我，尊重公共的批评吧。
卢森堡夫妇很关心卢梭的处境，经常打听有关议院的判决。一天晚上，卢梭正在床上读《圣经》，戴莱丝突然走进来，将卢森堡夫人派人送来的信交给他。信中说，尽管他们尽了很大努力，但议院还是决定要用最严厉的方式对卢梭进行起诉，将于明天上午发出逮捕令逮捕他。幸亏孔蒂亲王的关系，才使他们答应，如果卢梭走掉了就不追他了。但是如果他执意要让人家抓住他的话，他就一定会被逮捕的。信中催促卢梭赶快去跟她商量。
卢梭与卢森堡夫妇会面后决定离开法国。他本想回到自己的祖国日内瓦去的，但那里反对卢梭的势力也很强大，尤其是那篇《论人类不平等的起源和基础》在日内瓦议会引起了强烈的仇恨心理，恐怕到那里也难得安宁。最后，他决定逃往瑞士，那里靠近他的祖国，可以看到日内瓦将对他作出什么决定。
法国议会正式裁决，认定卢梭的《爱弥儿》为异教邪说，尤其是书中所主张的依照自然来教育儿童，只有自然才能使儿童成为有道德的人等观点。此外，卢梭还认为一切宗教都是平等的，没有宗教信仰的人一样能得救，人们应该由自己的理性引导去接受宗教信仰。这些观点，对18世纪的欧洲来说，无疑是对统治阶级的一种挑战，他的平等自由思想，也无疑是煽动革命的种子。所以最高法院判决将《爱弥儿》烧毁，并立即签发逮捕令，要将卢梭打入监牢。
卢梭于第二天下午4点动身，法院去抓他的人还没到，他告别了朋友，上了马车开始了东躲西藏的流亡生活。坐在车上，刚开始脑子里还想着眼前的灾难，离别的情景和议院、法院以及跟他过不去的那几个人，想着想着，他就觉得无聊了。到了第二天，他就把刚刚发生的事情忘得干干净净，脑海里却浮现出他新近读过的《牧歌》来，那样清晰，那么淳朴。为了在车中消遣，他想试着写一首诗，尽管他也知道目前的心境不适合写这种田园诗，但他刚一试就惊讶地感到，他的思想是那么温和，表达又是那么得心应手。在他后三天的旅途中，他写出了这首诗的前三章 ，后在莫蒂埃完成全作，其动人的淳朴风尚，贴切的性格勾画，鲜艳的色彩和朴素自然的描写，成为他一生中最满意的作品之一。这是一个逃难者多么动人的心态啊！
卢梭坐了4天车，一进入瑞士境内他就叫车夫停车，他下车后趴下来亲吻大地，感情激动不已，口中高声叫道：“天啊！你是道德的保护者，我赞美你，我踏上自由的土地了！”车夫看了大吃一惊，以为这个人疯了。他又坐了几个小时的马车，便到了新主人罗甘先生的家。罗甘伸出手臂紧紧地拥抱着卢梭。他一家人都给他以热烈的欢迎。卢梭感到漂泊的心又遇到了一个温暖的家，又找到了一个可以暂时栖身和休养的地方。罗甘是卢梭以前在里昂认识的朋友，现住在瑞士的依弗东。卢梭和他们一家相处得很好，常和孩子们一起玩耍，使他一度忘掉了那些不愉快的事情。
但是不久，他就听说日内瓦也下令烧他的书，并在巴黎通缉令下达第九天，日内瓦也下令通缉他了。两个通缉令传遍欧洲，还有不少的报纸、杂志和小册子都对他发起攻击，一片咒骂之声。说卢梭是一个反教分子，一个无神论者，一个狂人、疯子、猛兽、豺狼，甚至在伯尔尼一些虔诚的教徒也掀起了反对他的风暴，看来在瑞士也难居住了。听说要对他下达驱逐令的第二天，他就翻过了一座山，到达了普鲁士治下的讷沙泰尔邦。他在那里可以得到自然而然的庇护，因为在该地宗教信仰不能成为迫害的借口。
卢梭离开蒙莫朗西时，戴莱丝曾表示过无论他到哪里她都愿意跟到哪里。但是卢梭怕她在漂泊的生活中受苦就没有带着她。后来卢梭听说戴莱丝在他的朋友面前急切地表示了要与卢梭会合的愿望，而卢梭在只身漂泊的孤独中也日夜思念着戴莱丝，所以到讷沙泰尔后就给戴莱丝写了一封信：
我亲爱的，如果你知道我现在已经安全了，相信你一定会为我高兴的。我能否知道你的近况以及了解一下你是否还像以前一样爱我呢？我非常盼望我们能重新团聚。你可以选择自己的去向，仔细想一想，我亲爱的，想想你是否能和我一起过逃亡生活？如果你来了，我会尽力让你感到舒适的。如果你宁愿居住在原地，这也是你的权利。请不要像别人那样轻视我，那些人能让我不快，但决不会使我失去正义与道德，我从未违反法纪，这你是很了解的。
在信中，卢梭还嘱咐戴莱丝如何处理好家中的剩余物品，并让她带来准备写回忆录的资料。
戴莱丝接信后立即动身，在他们分别了两个月后终于又团聚在一起了。他们相互拥抱，心情无比激动，俩人都流下了爱怜和欢乐的眼泪。
1763年，卢梭和戴莱丝在讷沙泰尔的莫蒂埃暂时定居下来。刚到这里，他就给讷沙泰尔总督、苏格兰元帅乔治·吉斯勋爵写了一封信，说他到国王陛下的领土上退隐来了，请他关照。勋爵慷慨应允，并邀卢梭去看他。
卢梭和当地的一位领主一起到了勋爵家。吉斯勋爵是一位德高望重的苏格兰人，有着令人崇敬的风貌。他们一见面就彼此产生了良好的印象。
乔治·吉斯是苏格兰的世袭元帅，青年时代就离开家乡，依附于斯图亚特王室，因此被他的祖国放逐了。后来他又离开王室到西班牙居住很久，最后跟他的兄长一样依附了普鲁士国王。国王腓特烈给了他应有的待遇，他也为国王效力，俩人之间的友谊是深厚的。国王看他年纪大了，便授给他讷沙泰尔总督之职，好让他养老。
卢梭以他的正直和坦诚赢得了总督的青睐。这位慈祥的老人，竟在他们相识不久以打鹌鹑为借口亲自到莫蒂埃去看卢梭。他在那里住了两天，连猎枪也没碰一下。卢梭每两个星期就去看他一次，并在府上过夜，走回来的时候，想起老人那慈父般的恩情，时常感动得流下热泪。
勋爵把收留卢梭的事报告了国王，国王很快就复信同意，并且托他送给卢梭12个路易。仁厚的勋爵对如何完成转送的使命颇感为难，不知怎么办才能使它既体现国王的意思，又不使卢梭感到有侮辱的意味。他把钱变成了实物，对卢梭说，国王提供了薪炭，好让他建立起家庭。还告诉卢梭说，国王愿意为他盖一所小房子，式样和地点由卢梭决定。卢梭对国王的后一个馈赠很感激，这使他忘记了前一个馈赠的小气。但是，这两项馈赠他都没有接受，不过在心中，卢梭已把国王当作恩人和庇护者了。
有了国王和总督的保护，卢梭以为可以和戴莱丝一起过着平静的生活了。他穿起了亚美尼亚服装，这是一种长袍，它对患有闭尿症的病体是十分适宜的。由此也可以看出他那放松了的心态。
在宁静的生活中，他虽然放弃了写作的念头，但他的想象力能把一切空白填补起来，从不让脑子闲着。相反，如果几个人坐在一起聊天，你恭维我，我恭维你，这会使卢梭感到是在经受难以忍受的苦刑。为了给生活增加些趣味，他学习编织带子，这样就可以在一些女邻居家里消磨时间而不感到腻味。带子编好之后，就把它作为礼物送给那些准备结婚的女朋友，条件是她们将来得亲自带她们的孩子。这也是卢梭在他的《爱弥儿》里主张的观点。
在莫蒂埃最初的一段生活比较惬意，但时间一久，难免要为生活来源担忧。手中的积蓄在一天天减少，用不了多久就会把剩下的那点钱消耗殆尽。除了写作之外，又找不到任何挣钱的办法，在这种情况下，卢梭又不得不“重操旧业”，再拿起笔来写作。
他着手对他已经搞了十来年的《音乐辞典》进行修改和誊清。同时，朋友陆续带来和寄来的有关资料也差不多备齐，卢梭打算集中精力搞一部自己的回忆录。在这之前，他的朋友莫顿也曾想为他写一部传记，卢梭就此表达过他对自己传记的原则。他告诉朋友：如果你开始写，请以一种适合我的方式进行，丝毫不要带有愤恨、讥讽以及赞颂，而是以公平的态度、庄严而有力的方式撰写。简单地说，是用一种适合一个富有正义感的作家，而不是一个被迫害者的立场去写。现在是自己给自己写自传了。四处遭受迫害，到了晚年竟过着颠沛流离的逃亡生活，使卢梭饱尝了人间的辛酸，更有无端的诬蔑和诽谤，使他感到要为自己的存在而辩护。他需要世人了解起初的卢梭，所以他认为自己所进行的是一项既无先例，将来也不会有人仿效的艰巨工作，那就是把自己的真实面目**裸地揭露在世人面前。他要在自传里以真诚坦率的态度讲述自己的全部生活和思想感情、性格人品的各个方面，既不隐瞒丝毫坏事，也不添加任何好事。当时是卑鄙龌龊的，就写自己的卑鄙龌龊；当时是善良忠厚、道德高尚的，就写自己的善良忠厚、道德高尚。他自信这样一个真实的自我，要比那些攻击和中伤他的大人物、“正人君子”们更高尚纯洁，诚实自然。因此，他开宗明义地写道：
不管末日审判的号角什么时候吹响，我都敢拿着这本书走到至高无上的审判者面前，果敢地大声说：“请看！这就是我所做过的，这就是我所想过的，我当时就是那样的人。不论善和恶，我都同样坦率地写了出来……万能的上帝啊！我的内心完全暴露出来了，和你亲自看到的完全一样，请您把那无数的众生叫到我跟前来！让他们听听我的忏悔，让他们为我的种种堕落而叹息，让他们为我的种种罪行而羞愧。然后，让他们每一个人在您的宝座面前，同样真诚地披露自己的心灵，看看谁敢于对您说，“我比这个人好！”
所以，卢梭后来就把自己的回忆录取名为《忏悔录》。在莫蒂埃居住期间，卢梭学编织带子，编《音乐辞典》，写回忆录，生活比较平静，但也只是比较而言。实际上，在逃亡中的卢梭仍在不断受到攻击和迫害，卢梭也从未在这些攻击和迫害面前屈服过。他一有机会和可能就拿起笔来，为自己的过去、现在和将来进行辩解或反驳，结果往往招致更大的迫害。不过迫害还会产生一种结果，那就是卢梭的名声更大，他更加广为人知了。有不少人慕名而来拜访卢梭。这些人中有的并未看过他的作品，交谈起来也没有多少共同语言，只是“慕名”而已，卢梭对此不感兴趣。但偶尔也能碰到真正崇拜卢梭作品和有见解的朋友。如有一位从法国来的名叫圣布里松的青年军官告诉卢梭，他读了《爱弥儿》以后受到很大影响，准备脱离军队过独立生活，他正在学木匠手艺，为的是要做个小“爱弥儿”。卢梭听后赶紧劝他放弃这个打算，不能一时冲动，而要顺其自然。他听了卢梭的话，从上司那里收回了辞呈。1764年9月，卢梭接到一封来自科西嘉革命者的信，邀请他去该国担任制定宪法的工作。这个消息很快传遍欧洲，格里姆等人抓住把柄立即发表声明，攻击卢梭接受这项邀请，正说明他是国家独立的煽动者。卢梭因为“眼前障碍重重”和身体“不适宜海上行程”没有应邀前往，但他在信中表达了对这项事业的热忱，并代拟了一部宪法，在几年后正式出版。在这期间，卢梭先后接到了两个噩耗，一个是卢森堡先生患痛风而死去，对这位仁慈的贵人之死，卢梭特别伤心。他把卢森堡先生当作自己在法国惟一真正的朋友，他的性格温和，常使卢梭忘掉了他的官高位显，而把他当作与自己平等的人去依恋。卢梭逃离法国后，卢森堡先生仍和从前一样与他保持联系，经常给卢梭写信关心他，甚至在他的遗嘱上也写有卢梭的名字，表示要赠给他一笔遗产，但卢梭出于要维持他和卢森堡先生的真正友谊以及自己在道德上的一贯操守，没有接受这笔遗赠。使卢梭更悲痛的是华伦夫人的去世。她终于不胜衰老，不胜残疾和贫困之苦而离开了人间。卢梭为这位最慈祥的妈妈，最善良的女人的死亡而痛不欲生，但是他又相信她是到那善人的天国去了。在那里，凡是在尘世上所做的善事，都有温馨的回忆作为永恒的善报。他为她温厚而慈悲的灵魂祈祷：希望她去到对真正的慈善敞开了心灵的人们的身边，去享受慈善的果实。卢梭也感到妈妈的去世也是不幸中的大幸，因为上天结束了她的不幸，这就免除了她再看到自己的那些被养育者的不幸惨相。卢梭自从到瑞士后就没给她去过信，怕的是把自己的灾难告诉她，会使她为自己伤心。他对妈妈的怀念是永远铭记在心的，即使自己死后，也希望能在另一个世界里看到她。在莫蒂埃，卢梭还和巴黎大主教进行着激烈的辩论，受到了普遍关注。毕蒙主教说卢梭在他的书中宣扬的是假道学，说他是一个自认为学识丰富而误入歧途的人；一个在思想和行为上充满矛盾的人；一个用繁杂的思想来曲解道德的人；一个自称热爱圣典但一味地标新立异的人；一个自吹热爱隐居而又借此吸引他人注意的人；一个泯灭读者道德观念的人；一个主张人类社会平等又想将人类贬低到禽兽的地步的人。更严重的是，教皇还指控卢梭散布色情，斥责《爱弥儿》是建立在无神论的思想基础上的。
对于这些指责，卢梭坚决加以反驳。他在十分困难的情况下发表了《致毕蒙主教书》。在这篇文章里，卢梭阐明了自己的许多观点。他写道：