阿合马虽然死了，矛盾并没有解决，反而呈愈演愈烈之势。
1282年4月，中书省全面改组。在真金的大力支持下，和礼霍孙被任命为右丞相。随即开始大规模查处阿合马党羽，籍没阿合马家财，同时起用了一大批旧臣，不少由真金征聘和推荐的汉人官员开始分布在政府的许多要害部门。真金的施政方针开始逐步偏离忽必烈所钦定的相对保守的路线，力图恢复到元初在汉人儒臣襄赞下的改制局面。对于这一切，忽必烈起初碍于真金的情面，没有加以批驳，但他是极不满意的，因为全面汉化，势必影响到蒙古人的特权。
由于海都的崛起和察合台汗国、窝阔台汗国对元朝的连年骚扰，使得百姓大批向南流亡，同时切断了元朝与伊利汗国、钦察汗国的联系，对大汗的权威造成了很大的威胁。海都等人以维护蒙古旧习俗的正统自居，对忽必烈在汉地建都邑城廓、仪文制度遵用汉法这一套做法进行了猛烈的攻击。海都的观点，在漠北诸王及诸部贵族中影响是相当大的，忽必烈可以不理睬海都，但他不能不顾及到这些诸王和贵族们的反感情绪。
另一方面，忽必烈在理智上认为阿合马可杀，可在感情上他对汉人的行动依然受到很大震憾。1284年12月，中山人赵保上匿名书，说有一支义军准备攻入大都劫救宋丞相文天祥，这使得忽必烈对汉人的猜忌和恐惧心理又有了进一步的加深。
所以，当和礼霍孙奏请开设科举时，忽必烈终于忍耐不住了。他借被海都囚禁的安童释放回大都之际，改组了中书省，任命安童为右丞相，卢世荣为右丞，大权落入卢世荣手中。汉人们联合倾向于自己的蒙古贵族安童、玉昔帖木儿等，在太子真金的默许之下，上疏痛劾卢世荣。1285年4月，当政仅四个多月的卢世荣论罪下狱。
激烈的政治斗争，让马可觉得无所适从。自从在阿合马事件中抗言直辩之后，马可明显觉得忽必烈对自己冷淡了不少。虽说他身为怯薛，却很少陪侍忽必烈左右。暇余之时，马可常到宫城南面的隆福宫陪太子真金闲聊。可是，马可最近发觉，真金从前的意气风发已是荡然无存，相反心事重重，郁郁寡欢。
马可虽被视为色目人，对汉语和儒学一窍不通，也极少和汉臣们来往，但他对真金那套仁政的做法是很赞同的。以往马可在忽必烈面前颂扬真金时，忽必烈总是面带微笑；现在他发现忽必烈对真金的想法基本不感兴趣。马可慢慢明白了，忽必烈嘴上讲让真金亲政，实际上所有的一切都必须由忽必烈自己决断，真金不过也是贯彻圣意的工具而已。天威难测，马可是深有体会了，他反而希望眼下有件什么差事能让他离开京城，远离这是非漩涡，可惜忽必烈并不用他。
1285年的春天来得特别早。这天，忽必烈突然雅兴大发，要到太液池去坐龙舟赏玩风景。忽必烈坐上香木腰舆，马可和贺胜随侍左右，一行人浩浩荡荡乘船上了琼华岛。岛上幽芳翠草纷纷，枳桧茂树荫映上下，他们顺小路来到广寒殿。马可站在殿前，远眺西山之云，俯瞰大都的街衢市井，不禁思绪万千。在离开威尼斯时，自己没想到会在元朝得以如此重用，同样也决没料到朝中斗争会这般激烈，一缕去意开始萌生心中。
马可正在遐思之时，一名内侍匆匆沿着山路跑上来，他告诉马可，答即古阿散求见大汗。尽管马可极其厌恶这位阿合马的死党，但他仍然很快将其领进了广寒殿中的小玉殿，答即古阿散叩拜已毕，遂鼓动三寸不烂之舌，宣称目下海内财谷，省、院、台内外监守，上上下下多有欺蠹，敦请大汗下旨钩考。忽必烈最好财利，答即古阿散的话甚合其意，立刻批准了这一奏请，并且敕令诸司不得阻格。
马可在旁一听，心里暗暗叫苦，其实最大的蛀蠹就是这帮阿合马的残渣余孽，大汗严令之下，恐怕又要鸡犬不宁了。
果然，答即古阿散等人拉大旗作虎皮，借大汗圣旨行报复之实，钩考之时，上及省臣、御史，下到掾吏民庶，很多人都罹罗网，一时间人心惶惶。
这天晚餐后，马可和尼可罗、马飞阿一边喝茶，一边聊天。马可问起父亲和叔叔他们那里的钩考之事，尼可罗和马飞阿长吁短叹。“这哪里是钩考，纯粹是整人。”尼可罗望着闪烁不定的烛光苦着脸说。
“是啊，我们那儿主要负责对外贸易，自然他们兴趣最大，简直快折腾了个底朝天。”马飞阿依然像年轻时一样肝火旺盛。
看着父亲和叔叔恼火而沮丧的样子，马可只得好言劝慰。平日马可从不谈及宫中的情况，今天几杯闷酒一下肚，也忍不住讲起宫内发生的种种事情，尼可罗和马飞阿乍听之下，大感震惊，他们还以为皇城之内是一片歌舞升平，没想到会这样复杂。尼可罗沉吟片刻，说道：“我们奉教皇之命来到这里快10年了。可以说，我们都尽了最大的努力，教皇的使命基本上完成了，我们问心无愧，现在的情形，久留也无意义，该考虑回家了。”
“我们年纪不轻了，不想老死他乡。再说在这里挣这么多钱，不就是为了回威尼斯这一天吗？”马飞阿到此刻对自己的财产还是念念不忘。
马可低着头，他知道父亲和叔叔在看着自己，等他表态。其实，马可知道自从四年前察必皇后去世后，忽必烈对基督教的兴趣越来越淡漠。忽必烈的母亲唆鲁和帖尼来自克烈部，信奉景教，察必皇后受太后影响，对上帝之说很感兴趣，常要马可到宫中谈讲西方逸事和圣经故事。由于察必皇后在忽必烈争夺帝位时曾起过关键性的作用，且性明敏而达于事机，忽必烈很尊重皇后的意见，马可一直试图通过察必皇后来影响忽必烈，让其能接受基督教。察必皇后在时，尚且达不到目的，现在皇后已去，教皇的希望是烟消云散了。马可虽然知道这一切，可他不愿承认自己的失败，还想最后努力一次。现在看来，努力已无必要。
马可慢慢抬起头来，语调缓慢地说：“自从察必皇后逝世，基督教在大汗心目中的地位降低了。前年正月，南必当上了皇后，继守正宫。偏偏此刻大汗已是垂暮之年，深居宫禁，朝臣们都很难相见，常常是通过这位年轻的皇后奏事，不少事南必皇后自作主张，外面还以为是大汗圣意呢。”
“那你为何不上奏大汗？”尼可罗对宫闱内幕闻所未闻。
“谈何容易，”马可叹了一口气，“大汗决定的事岂容他人插嘴，而且年纪大了，越发固执了。我说多了，反遭其害。你们没看到贺胜，滑头得要命，总是曲意奉承，现在是步步高升，据说要外放做总管了。
大汗身边大多是这类人，甚至是为人求官，窃权乱政。是该回去的时候了，不能等到置身事中难以自拔的地步，其实在此之前我已经有离开的念头了。教皇的任务，我们都完成了。我们三个毕竟不是神职人员，没有传教之责。只是眼下时机不好，大汗心绪欠佳，加上太子真金身体很糟，再等等，你们看如何？”马可征求父亲和叔叔的意见，尼可罗和马飞阿想想马可分析得很有道理。最后，三个人决定暗中开始做回家的准备。
钩考之风，刮遍朝廷上下。这种时候，马可除了入宫当值外，不是闷在家中看书。就是流连于烟花巷内，很少和朋友来往。
马可越想置身事外就越不能如愿，答即古阿散的来临，再一次掀起了轩然大波。
答即古阿散跪在忽必烈面前，一副踌躇满志的样子，马可在一旁看着，浑身不自在。答即古阿散把钩考情况奏完后，向前跪上几步，神情诡秘地奏道：“臣在钩考时，听说一件事，事关重大，不敢隐瞒。在卢世荣当政时，南台御史曾上过一本，说大汗年事已高，请禅位于太子，并建言皇后南必不宜干预外朝政事。”
忽必烈本来斜靠在龙椅上，眯着眼睛，心不在焉地听着，闻此言，他猛地直起腰来，眼锋顿变得寒气逼人：“果有此事？”答即古阿散吓得脖子一缩，矮了半截，说话也有点嗑嗑巴巴的，“绝无差错，臣闻得有此奏章 ，派人到御史台索取，都事尚文先是推托没有，后又说已请准右丞相安童、御史大夫玉昔帖木儿，不得查阅任何文件档案。如无此事，何以如此遮遮掩掩，慌慌张张。”
忽必烈大怒，用手拍了一下龙椅扶手，声色俱厉地说道：“命大宗正薛彻干去取来奏章 。”
内侍立刻将圣旨传了下去。答即古阿散面带微笑地退下大殿。马可愣愣地站在那儿，他知道如果真有这份奏章 ，事情就大了，不但太子真金之位难保，恐怕有几颗人头要落地。
恰巧忽必烈退朝，马可当值已毕，他快步出了宫城，几乎是一溜小跑冲进东宫。他一把推开内殿门口要拦住他的内侍，直闯进去。
真金正坐在榻上，和太子妃伯兰也怯赤闲话，看见马可不经通报而入，皱起了眉头。马可顾不了许多，跪下请安后，开门见山地问真金是否听说有南台御史上书请大汗禅位一事。真金很奇怪，因为此事只有三四个人知道：“马可，你从哪里知晓的？”
“答即古阿散已侦闻这份奏章 ，刚才他面奏大汗，大汗动了雷霆之怒……”马可话未说完，就听真金手中的茶杯落到地上，发出一声清脆的响声。
死一般的寂静。
泪水从真金的眼角流了下来，“我几个月来最担心的事终于发生了。”真金的声音有些发颤，“南台御史呈上奏章时我就知道了。奏章要是到了大汗手中……这怎么办，怎么办？”
马可望着惊慌失措、语无伦次的真金，说：“殿下，我看应该马上征求安童和玉昔帖木儿大人的意见，立刻采取措施。”
“好，好，快去，”真金已是忧惧不知所出了。
马可出了宫门，策马直奔中书省找右丞相安童，万幸的是御史大夫玉昔帖木儿也在。马可问安已毕，把南台奏章之事禀告二位大人，二人同样也是大惊失色，呆坐在椅子上束手无策，在长时间的令人难以忍受的沉默之后，马可建议道：“二位大人，我看莫如请都事尚文大人来一同商量，奏章在他手上，情况他最清楚，兴许有好办法。”
安童和玉昔帖木儿连连点头。安童马上准备命人去请尚文，马可连忙拦住了他：“丞相，此事越隐秘越好，否则传到大汗那儿，几个人匆匆密谋，这不是不打自招吗？”
安童恍然大悟：“还是有劳你吧。”
马可很快请来了尚文，悄悄地溜进了安童的房间。尚文一听，当时也愣住了，只说了一句：“真正是东窗事发。”马可没闹明白这句话是什么意思。尚文一时也想不出什么高招来搪塞忽必烈，几个人急得团团转。
“依我看，只有先堵住答即古阿散这帮人的嘴。”马可突然说。
“怎么堵，总不能杀了他们吧？”安童反问道。
马可的话提醒了尚文，他一拍桌子：“马可大人说得太对了，惟有先发制人。你们想，皇太子为天下之本，如果秘章呈送大汗，势将倾覆太子，动摇国本，祸不可言。现在只有用此计，变被告为原告，追治答即古阿散他们的贪赃之罪，让他们不敢开口，这样才有可能挽回局势。”
“看来只有这个办法了。可是治罪要有证据，时间这么紧，能办到吗？”安童眼睛盯着尚文。
尚文胸有成竹：“答即古阿散之流劣迹斑斑，我早已留意他们，条条罪状都是现成的，我马上回府整理出来，送到丞相府去。”
事情的发展果然如马可和尚文所料的一样。第二天一早，安童和玉昔帖木儿抢先以答即古阿散的罪状上奏忽必烈，称答即古阿散等人名列阿合马党籍，以构陷为能事，他们的活动必将鸷害生灵，应另选贤者来领导钩考。忽必烈虽然见到他们怒气冲冲，还是勉强同意了。这些人的赃赂之罪很快被一一查明，到10月份，正式撤消了答即古阿散的清查机构，钩考终于停止了。
一场生死风波消失了。
本来就身体极差的真金，却没能经受住这次暴风雨。长期的忧惧，最终摧垮了他。二个月之后，真金撒手而去，时年43岁。
真金的死，对马可的打击非常之大。对于他来说，真金既是皇太子，又是良师益友。他真希望真金能登上皇位一展鸿图，可是这一切都不复存在了。
看得出，真金的死对忽必烈的打击也很大。忽必烈更加衰弱了，也更疏于朝政。
朝内斗争暂时告一段落，但是漠北又风云突变。
先是昔里吉叛乱，好容易将这些蒙哥和阿里不哥的后裔们平息下去。1285年，笃哇、卜思巴等率兵12万东犯，察合台之孙、元军统帅阿只吉大败而归；1286年，海都、笃哇又联兵进击别失八里，伯颜率军与之在洪水山展开激战，结果都元帅、宣慰使綦公直、总管李进兵败被俘，海都和笃哇挥军东进，哈密一度失守。为了对付海都、笃哇等人的侵扰，忽必烈不得不在阿尔泰山和天山一线屯驻大量精锐部队，并派亲王和重臣镇守，这条漫长而人烟稀少的边境线，牵制住了几十万大军，每年的军需物资就是一个沉重的负担。尽管如此防范，依然狼烟四起，真是摁下葫芦浮起瓢。
早在1284年，北京宣慰使亦力撒合密报，乃颜心存异志，日后必会反叛，请朝廷预作准备。乃颜，这位左手诸王答里台斡赤斤的后代、有名的塔察儿国王的孙子，一开始在西北诸王和昔里吉叛乱时还站在忽必烈一边，但这些人已经习惯于恣行攘守、榨取无厌，忽必烈实行汉法而规定的制度法令束缚了他们，因而极为不满，在海都的鼓动下，乃颜也开始蠢蠢欲动了。
1286年2月，中书省认为东北诸王本就桀骜不驯，宣慰司位轻言微，无法管理，于是撤销山北、开元、辽东等路宣慰司，设东京等行中书省，这也是忽必烈的防范措施。谁知乃颜带头激烈反对，忽必烈只得撤辽阳等行中书省，恢复咸平、北京等三道宣慰使司。忽必烈的退让，使乃颜等感到大汗的天威渐渐不足为惧。
关于乃颜准备举兵叛乱的消息从不同渠道传向大都。如何对付乃颜，朝廷上下，议论纷纷，莫衷一是。乃颜在诸王中颇有点影响力，且有统领东北诸军之权，忽必烈非常谨慎，在情况不明时，决不贸然采取行动，尽可能拉住乃颜，避免事变。
可是，从中书省、枢密院、北京宣慰使司等处呈上的奏折多有不同，忽必烈急需第一手资料。此刻，他想起了勇敢谨慎、精细过人的马可。
时已深秋，茫茫大草原被染上了片片金黄。天空中，一群群的大雁在向南飞翔；风，裹着阵阵寒意掠过大地。寂寞的驿道上，只有一小队人马匆匆向北行进。
马可走在这一小队人马的前面。一路上，他沉默寡言，对周围的一切视若不见，失去了往日的兴趣。他对这次使命的成功与否，不抱太大的希望。
越走近乃颜的领地，马可感到战争的气息就越浓。一群群全副武装的骑兵，在四面八方出现，前进的方向都是乃颜的领地，如此大规模的军事集结，让马可感到异常震惊。
也许是因为马可是基督徒的原因，乃颜很快就召见了他。马可跟随一名侍者走进乃颜那巨大的帐篷，他没有理睬门边卫士们的挑衅的目光。
乃颜坐在镶金绣花的矮榻上，看见马可进来，高兴地笑了。
“大汗有什么圣旨吗？”乃颜脸上露出一丝不屑的神情。
马可轻轻摇了摇头：“王爷，您雄居一方，是国家的栋梁，大汗只是希望您过得愉快，希望您能为国分忧……”
乃颜一挥手，打断了马可的话：“乃颜尊敬大汗，也钦佩大汗的盖世武功，可是他现在还像是蒙古人吗？还像是伟大的成吉思汗的子孙吗？他离开了草原，在汉地建城，用这么多令人难以容忍的汉法来管束我们，动辄得咎，他想把我们圈在高高的城墙里