1. 定居唐恩
在伦敦的生活，对于习惯在庄园或者城郊过自由自在生活的达尔文夫妇来说，已经不堪忍受了，特别是由于达尔文的健康状况越来越坏。
他们已经生了两个孩子，而埃玛又怀上了第三个。他们决定从城市搬到农村，并且决定最多每两三个星期到伦敦去一趟。1842年9月，达尔文夫妇买下了唐恩的庄园。这座庄园之所以吸引他们，是由于它是一个很偏僻而又舒适的地方，距伦敦不很远。唐恩村有几百居民，位于两条村道的交叉处，离庄园有四分之一英里远。最近的两个火车站距离庄园有10英里，而到车站去倒成了一件大事。充当马车夫的老园丁只好经常小心翼翼地驾驶着马车，一会儿往山上走，一会儿沿着弯曲的乡间土路往下走。因此达尔文不得不放弃自己原先打算经常去伦敦的想法。买来的庄园一片荒芜，旧房屋的样子并不吸引人。为了使房屋有一个比较舒适的样子，达尔文最初几年付出了很多劳动，把它粉刷了一遍，开辟了一个花园和一个菜园，围上篱笆，在房屋的第三层修了一个阳台，上面覆盖上一层匍匐植物。周围有一些森林，把白垩的露头和被小路截成两半的深壑掩盖起来，还有河谷中的耕地。
达尔文在唐恩这个地方度过了他整个的一生直到晚年。在这里达尔文写出了许多使他享有盛名，并使在人们对生物界以及人在生物界的地位的看法中，产生巨大变化的博物学方面第一流的著作，他因为长期患病，所以每天工作最多不过两三个小时。这种平静的生活，只是由于偶尔去亲戚那里作短暂的旅行，或到伦敦去，或到其他城市参加英国科学协会会议，或到水疗机关参加水疗“训练班”而中断。这种生活同那种要求有很大的活动性的消耗极大体力的环球旅行截然不同。
达尔文住到唐恩后，起初曾打算每个月访问伦敦一二次，以便出席一些学术协会会议或者同朋友们见见面。但是，由于这些旅行而引起的激动不安和健康的恶化，迫使他越来越少地进行这种旅行，他妻子在唐恩安排的舒适和安逸生活，也促使他不愿去旅行，宁愿邀请亲属和朋友到唐恩来做客。
由于达尔文每天工作的时间不能多于3小时，所以客人的来访，很少改变他的正常日程。当时最常去的客人有胡克、赖尔和亨斯罗。
2. 胡 克
胡克比达尔文小8岁，他是植物学家、基由皇家植物园园长的儿子。
他头脑十分敏锐，具有高度的总结才能，是一位最不知疲累的科学工作者。他们第一次相见是在1839年。1843年作为博物学家去南极探险的胡克归来不久，便收到了达尔文的一封信。达尔文在信中祝贺胡克“从那漫长而光荣的航行平安归来”。共同的工作和利益使达尔文和胡克的关系非常密切。在达尔文的健康状况恶化后，胡克是唯一在唐恩一呆就是几天，而有时一呆就是几个星期的客人。他善于使达尔文感到毫无拘束。
胡克经常带着自己的著作来，并独立地从事研究。吃完早饭，达尔文把他请到自己的工作室里，和他呆上半个小时，从他那里“吸收”一些有关植物学和植物地理学方面的问题的资料，这些问题都是达尔文在钻研“物种”时积累和记录下来的，目的是征求一下胡克这个专家的意见。 他还把自己的工作进程告诉胡克。然后他们就分手，直到每天沿着沙径散步的那个时候再见面。这种散步是达尔文站在胡克住的房间的窗户下专门邀请他去的。他们向前穿过花园，在那里看一看达尔文进行的某项试验的情况，以后又走了沙径，沿着沙径走完规定的圈数。他们在这里回忆各自航行中的经历，谈起老朋友们，交谈那些把他们的想象力带到远方的书籍的事物。
如果达尔文感觉身体很好，那么在散步后，他就同全家共进午餐；有时他索性坐在餐室里，同家人谈天或听音乐，而埃玛是一个顶好的女音乐家。
3. 物种理论的概要
《珊瑚礁》一书出版后，达尔文在1842年秋着手撰写他在“比格尔”
号旅行时访问过的火山岛的地质方面的著作——《“比格尔”号地质学》第二卷。
1842—1844年，达尔文孜孜不倦地从事物种问题的研究。他认为不管1842年《概要》的思想和为了证明理论而指出的事实多么丰富，但还只不过是未来著作最初的提要或草稿。它不应当停留在这种粗糙的、不便于读者阅读的样子上。因此，达尔文考虑到他复杂的理论只能从深入研究它的各个方面获得成功，认为有条理地和更全面地陈述自己的理论对他本人来说仍然是必要的。他写了新的概要，其分量比1842年《概要》大约增加了三倍，并且仔细地进行了誊正。特别是扩大了有关自然选择和生物的地理分布那几节。在写完这部著作之后，他明白了这个问题是多么重要，虽然他的理论面临各种困难，但他越来越相信它的正确性。
他认为，有威望的博物学家接受这个理论是科学上的巨大进步。但他同时也感觉到，他的结论与大多数学者的意见和看法相距甚远，他的进化思想同他们是格格不入的，如果现在出版自己的概要，他就会孤立无援。
在1844年《概要》中，达尔文指出，虽然遗传性广泛地传开了，但是它的问题是复杂的；并不是生物在一生中所获得的一切都能遗传下来。例如，由于疾病影响而造成的残废和结构上的突然变化是不会遗传的。有一些类型，遗传倾向在加剧 （垂紫杉），另一些类型在减弱（垂 柳）。他接着指出了由人类选择种畜的重要性和隔离的意义，即防止同不良的个体和品种进行交配的作用。他还指出了采用选择的实际操作者在工作中的困难和细微之处，指出了在很多代期间进行育种的必要性。
他强调指出，人不会创造出各种变化，只会把“自然界恩赐的礼品”合并和联合在一起。除了达尔文生活的那个时代所特有的系统选择以外，他还详细地叙述了人类在成千上万年间进行的“不自觉的选择”。他在这方面引证了对野蛮人部族的观察，包括对火地岛人的观察。他把对“物种