1. 结婚
达尔文环球航行归来后，尽管工作很顺利，但是在伦敦的孤单生活仍然使他感到非常苦恼。他希望过安宁、舒适的生活，随着年岁的增长，他越来越希望有一个自己的家。
他当时考虑的是关于结婚究竟有利还是不利的问题。他认为有利的是：“孩子（如果上帝赐予的话）、永久的同志（老年时的伴侣）、诱人的音乐和令人迷醉的同女人的闲聊”；不利的是：“如果因孩子多而迫使自己去挣钱糊口的话，那就会花去很多时间；摆脱社交的困难”。
但是进一步思考下去：“如果得不到亲近朋友的同情，那工作还有什么意思呢？对一个老年人来讲，还有谁能比妻室儿女更亲近的呢？”于是，他得出结论说：“上帝呀！要是像一只无性别的工蜂那样，只知劳动，而一无所获地度过一生，那简直是不堪想象的。”不，不应当这样！于是在想象中出现了这样一幅情景：一位殷勤温柔的妻子坐在沙发上，一个美好的家庭，还有许多书籍，可能还有音乐，请把这种幻想同大马尔勃罗街的黑暗现实比较一下吧！
结婚，结婚，结婚！这就是要求证明的结论。
这种对个人幸福的憧憬在1838年底实现了。达尔文当时29岁。
11月11日，这一天是“他生命中值得记忆的一天”。他当时在梅尔，他向表姐埃玛·韦季武德求婚，并得到了她的同意。无论是达尔文的父亲和姐妹们，还是乔斯舅舅和他的全家都满意这桩婚事。他们这两家的关系本来就够密切的了，埃玛的哥哥不久前同达尔文的姐姐卡罗琳·莎拉结了婚，现在则更为密切了。达尔文让赖尔夫妇分享了自己的幸福，因为他近来同他们相处得非常友好。
达尔文在给未婚妻的一封信中说：“任何人任何时候也没有像我这样幸福，或者说像您那样善良。我能使您真正地相信，在离开梅尔很久以后，我还认为，我没能畅快地表达我是多么感激您啊！这一点我是常常想到的；我发誓要使自己成为一个非常好的人，以便多少能够配得上您……我主要担心的是，在像梅尔那样众多而友好的伙伴中度过了您的全部生活以后……您会认为……我们安静的夜晚将使您感到枯燥乏味……我父亲一再重复乔斯舅舅的话：‘您得奖了’……我亲爱的埃玛，我怀着极其温顺而感激的心情吻您的双手，这种心情充满了我的幸福之怀，我的最大的愿望就是成为配得上您的人。”
埃玛的感情表现在她给她的姨母西斯蒙迪夫人的信中：
“当您向我询问查理·达尔文的为人时，我认为他好的地方，我连一半也没有告诉给您，因为我担心您会有所怀疑……他在上星期四又同姨母范妮回来了，并在星期日向我求婚，这完全出乎我的意料之外，因为我想，我们将保持像过去那些年彼此所具有的友谊，而不是像在此事之后将发生的情况。我太难为情了，整天都充满了幸福感，因为家里客人很多，除了父亲、伊丽莎白、卡罗琳外，我们谁也没有告诉。亲爱的爸爸，我希望您能看到他的快乐的眼泪，因为爸爸对查理一向评价很高……晚上我到了他们的房间，我们坐了很久，一直谈到很晚；我感到饿了，于是汉斯利到厨房去拿乳酪，找到了一块小白面包、两块牛油和一把小刀，还给我们做了一盘精美的小菜…… 我从前就知道，他（达尔文）是一个襟怀极其坦白的人，每句话都表现他的真正思想。他是一个令人非常喜爱的人，他对自己的父亲和姐妹们非常有礼貌，他的性格非常温和……我感到高兴的是，他是一个积极肯干的人……我感到我每天的生活都是幸福的，查理很喜欢梅尔这个地方：我相信，只要可能，他随时都准备到农村去……我并不像姨母萨拉那样，查理不喝酒，这一点我并不在乎，可我认为，这一点倒是令人高兴的。对于我命运中这个真正的转折我本不想告诉您，但是我迟早总得让您知道……休息一阵之后，我本已动身去做礼拜，但我发现，我变成了一个白痴，于是又半路返回。”
达尔文这时候更忙了，每天早晨他都要写关于南美洲鸟类的生物学著作，他还得一个人单独或得同哥哥爱拉士姆·阿尔凡一起去逛伦敦大街，看看有没有出租的房子，以便他在同埃玛结婚后能够住在那里。赖尔夫妇当时特别关心此事。
埃玛到伦敦去帮助达尔文寻找房子，同他一起去看戏。最后在上高尔街选中了一套油漆得很漂亮的房子，于是便把单身什物搬到了那里。
这座老房子之所以吸引了这对年轻人，主要是因为它有一个小花园。
1839年1月29日在梅尔举行了婚礼，这对年轻人很快就去了伦敦。
在婚后的最初一个时期，他们把很多时间用于接待客人的来访，到最亲近的人和熟人那里赴宴和回访他们的熟人。别人的这些拜访可能使达尔文比他的妻子更加激动。
扎德教授在描写达尔文这位热情的主人当时给客人们留下的感觉时说，“我不知道有谁在同他接触时而能不被他的个性迷住的。谁能够忘记他的见面时那种亲切的握手和在离别时那种温柔地、长时间地不断抚摸手掌的情景，而主要的是，谁能忘记他那引起面部整个表情变化的诱人的微笑……人们在回首往事时往往忘记哲学家深奥的哲理，而想起主人的热情好客。”
一般来说，达尔文夫妇几乎放弃了社交活动，过着非常安静、深居简出的生活。可是，达尔文的健康情况显然越来越坏了，因此他不得不到梅尔和希鲁兹伯里再次长期休息。1839年底，达尔文添了一个儿子。
他对儿子的观察后来反映在他写的 《论感觉的表现》这本书中。父亲爱 孩子的情感是如此的强烈，以致连他本人都觉得有点意外。
2物种和变种的研究
他继续整理自己的地质论文，特别是 《珊瑚礁》和《南美洲的巨漂 砾和冰川》。他在地质学会作《关于某些火山现象之间的联系》的报告，他研究《“比格尔”号动物学》的鸟类部分，即他在南美搜集的那些鸟的生活方式和分布情况，鸟类学家古尔路德对这些鸟进行了鉴定和描写。
在达尔文没有摆脱搜集资料和思考理论这一阶段以前，他一直从事关于物种和变种的研究工作。1841年1月，他写信给有经验的养禽家福克斯说：“我将以感激的心情接受您的最微小的资料；对各种家禽和哺乳动物（如狗、猫等等）通过各种杂交而产生的后代的记述都是很珍贵的。”达尔文请求福克斯，如果他那里有杂交的非洲猫要死去的话，为了得到骨骼，请把它的尸体装在一个小盒子里寄来，并请求将由杂交而生出来的鸽、鸡、鸭也寄来。这些东西对他来说“比得到任何鹿腿或最好的乌龟都更有价值”。
3. 《珊瑚礁的构造和分布》
1841年初，他的那部关于珊瑚礁的著作终于问世了，书名是《珊瑚礁的构造和分布》。关于这部著作的基本思想，我们已经谈过。不过有趣的是这部著作的成书情况。在这部著作中，已经谈到了达尔文所使用的不同于他的所有其他著作的那些方法的特点：第一是内容的广泛性，他掌握了研究对象的所有详细情节；第二是高度的概括性，他寻求并且找到了最能充分说明被考察的现象的规律；第三，他并没有闭着眼睛不看他总结时所遇到的各种困难，不但如此，他好像预先就在寻找这些困难，为的是克服它们，对它们加以专门解释，从而预防人们可能向他提出各种反驳意见；第四，他能从各个方面观察所研究的对象，在对研究对象进行考察时，他既是地质学家和地貌学家，又是动物学家，一句话，他是一个广义上的博物学家。这样，他就一步一步地使读者相信，尽管有种种难懂、含糊和矛盾之处，但是他的观点是最能为人们所接受的。
在现代战争中，人们不能忽视任何东西，他们对一切细节都要预先估计，并在自己所占领的一切地方巩固起来，同样，达尔文也表现出他特有的坚韧不拔的顽强性。他预先掌握了研究对象的难点，坚持自己的观点，不掩饰自己立场上的任何弱点，只要他证明的各路大军进行战斗的共同结果能保证他取得胜利就行。
在这部著作的第一章里，他考察了环形岛、珊瑚岛，因为这些岛屿的起源问题曾经有过一些很不正确的、有时甚至是虚构的假设。他描写了他亲自研究过的环形岛基地，描写了暗礁外缘的珊瑚，围成礁湖的珊瑚式的藻类地带、礁湖本身、下沉到礁湖底层的沉积物，以及靠吃淤泥和珊瑚的动物，描写了暗礁和小岛屿的变化情况。他强调指出，所有这些为数极多而又分散极广的岛屿露出海面并不高，而从礁石的表面算起，海洋通常都是很深的，这种深度就要求形成环形岛的基地有很大的陡坡。
在第二章里，他谈了堡礁，宽阔的水道——礁湖把它们和陆地分割开来。他以围绕一岛屿或一群岛屿的堡礁的若干例子表明，堡礁的形状和结构非常近似环礁的形状和结构。他用某些环礁和某些堡礁的平面图直观地说明了这一想法。
在第三章里，他谈的是有绿壁的礁或者说岸礁，它们距陆地比堡礁近得多，而且在它们与海岸之间，没有礁湖那样的深水地区。
他在第四章里描述了珊瑚礁的成长。他在这里广泛地论述了对珊瑚礁增长的有利条件，它们生长的速度以及形成暗礁的珊瑚虫生活的深度。对于他所有的论断来说，极端重要的因素是，这些珊瑚虫在低于最低限的深度中是不能茁壮成长的。当然，对于岸礁来说，这并不困难，但对于堡礁和环礁来说，就会产生极大的困难。令人不解的是，为什么堡礁的礁或沉积物的浅滩在所要求的深度范围内向海延伸那么远，更有甚者，为什么如上面所说的分散很广的环礁，如果它们都处于山顶，就无论如何也不会高出海平面，而为什么这些山顶本身在岛屿如此分散的情况下，在大多数的情况下总有点达不到海的表面。
在具有极其重要的理论意义的第五章里，达尔文批判了过去关于在喷火山口或在由沉积物变来的水下浅滩上形成大群岛的环礁的假设，排除了最费解的地方而发展了他自己的学说。他认为，堡礁是由岸礁形成的，而环礁是由堡礁形成的，这种形成，一方面是通过陆地缓慢下沉；另一方面是通过暗礁的珊瑚的增高来进行的，而这种增高过程就让珊瑚在阳光、氧气和水的运动都极其有利的条件下生活。他用简略而又直观的示意图说明了自己这一思想。和平常一样，他不局限于对自己理论进行一般的解释，也不局限于自己理论的一些主要论点，而是着重谈了在前面几章中描写到的而又需要作专门研究和说明的那些特殊情况。
最后一章谈的是珊瑚结构的类型的分布情况：地图上的深蓝色表示环礁的分布情况，浅蓝色表示堡礁的分布情况，而红色表示岸礁的分布情况，达尔文根据自己的理论，正是用蓝色表示他假设的下沉部分，红色表示升高部分或定态部分。地图表现出来的是一幅异常醒目的图景。
看来，没有形成五光十色的东西，下沉的部分占了大片大片的空间，升高部分也同样如此，相反，深蓝色的斑点或浅蓝色的斑点在地图上恰恰是在那些地方相互混杂起来；根据理论，这很容易用完全相同的一些理由，如下沉来解释。
4. 《概要》
1842年五六月间，达尔文先后到达梅尔、希鲁兹伯里。他在这两处地方都住过几天。在这些美好的日子里，他终于“使自己”首先用铅笔草草拟就他的相当完整的物种起源的理论概要，这个理论早在1839年“就在他的头脑中形成了”。 《概要》的手稿后来藏在唐恩的庄园里一个楼 梯下面的壁橱里，这个壁橱从来“没有用作文件柜，很快成了装那些不想销毁的东西的仓库”。手稿在达尔文死后14年，当继承人拆毁这座庄园时才发现。在纪念达尔文诞辰100周年时，他儿子弗郎西斯·达尔文把它加上自己的注释出版了。显然，《概要》是用极简单的文体匆匆草就的，涂抹和修改的地方很多，总的看来，这是一部把自己所明白的东西非常仓促写出的笔记，而不是一份使别人信服的材料。
如果把《概要》同《起源》相比较，那么不由地使人对《概要》的完整性感到惊奇，也就是说，《起源》所有的基本章节，所有的基本思想和想法，在《概要》中都已包括进去了。的确，在比较大的章节中也许只是缺少“性状的分歧和中间类型的绝灭”的原则，所有其他的东西都已有了。虽然 《概要》的篇幅大约只是《物种起源》的第六版篇幅的 十五分之一，是第一版篇幅的十二分之一。此外，还存在一些不通的、含混的和没有写完的句子。要知道这是他匆忙写就的笔记。
在把自己的伟大艺术品奉献给世界的伟大艺术家那里，我们经常发现用简单的线条勾画出的这些艺术品的初稿。常常令人感到惊奇的是，在这些草稿中已经有了全部的构图，也许只是在人物和形状方面略有不同，而有些地方、有些形状和轮廓已被画出来，而且抓住了最精彩的地方，完全和未来的图画一个样了。这些草稿有时受到行家们的珍视程度并不亚于图画本身，这是可以理解的，由于用的线条少，所以主要隐秘的和本质的东西往往就在这里表现得比大图画要清晰明显，因为大图画中大量细腻的描绘，大量的线条和颜色，冲淡人们对主要东西的注意力。
我们可以把《概要》比做这样的草稿或天才图画的草稿。例如，达尔文关于变异的基本思想从最初几行文字里就描写得十分清楚和准确！在一小段里，选择的两种形式的轮廓已经描写得十分清楚了！
5. 确定未来书的“提纲”
达尔文离开了使他感到不适的烟雾弥漫的伦敦，来到了空气新鲜的地方。无论在梅尔或者在基特、希鲁兹伯里，达尔文都完全在忙于撰写总结他环球航行时的观感和调查的文章。
可能因为撰写地质论文的细致工作使他有些疲倦，他暂时把这一工作搁下了，转而思考和修改关于物种的笔记。笔记大量增加了，而且需要把搜集的材料加以分析和整理。他深信，物种是变化的，一些物种生长出另一些物种，但又确信，这种意见会遭到强烈的反对，眼前还存在着困难。对所有这些困难也要进行分析，困难严重到什么程度，本人应该相信一切，并使读者也深信不疑。在任何情况下，他都不再相信物种是创造的和不变的。这是非常严肃的问题。他要写出一本书来，不过这是一本公正诚实的书，书中将要表达自己的信念和自己所有的疑问。不过，应该想到，一贯相信创造的物种是不变的大多数博物学家，如果看到这种书是在重复拉马克的蠢话，他们就不会阅读完，就会把它当作一种幻想的书而抛弃……因此，应当比较明智地做事，应当从不吓跑读者，并使读者能够同意的东西开始，而任何一个只要稍微懂得一些畜牧业和植物栽培成就的人都知道，人如何开始在有力地改变着动植物，培育出大量的新品种。为什么人能够改变动植物而不能被自然界改变呢？首先应该说，人在培育出新品种时所使用的手段，实际上就是自然界在创造那些变成物种的族时所用的手段。如果用这样的形式阐述进化思想，读者也许不会抛弃这种书，并对自然界中各种形态进化的可能性和必然性感到兴趣。然后就该举出赞成和反对各种物种都起源于共同的祖先这一学说的尽可能的