1. 盐湖
“比格尔”号继续测量海岸，为了避免触礁和激浪的冲击，夜里该舰不是下锚，就是开往海上。1834年1月12日，它终于开进了一个良好而宽广的海湾圣胡利安港。达尔文和费茨罗伊把一部分水兵留在小船停泊处的岸上后，便和其余的水兵一起到这个地区的腹地去。可是这个地区特别荒凉，他们都累得疲倦不堪，特别是带着工具和笨重双筒枪的费茨罗伊。到处都没有淡水，他们口渴得要命。他们登上一个小丘远眺，发现离他们很远的地方有两个闪闪发光的湖。然而大家都已累得筋疲力尽，都不敢到那里去。如果到那里去，看到这是两个盐湖的话，那么他们就会渴得浑身无力而走不回来。达尔文认为自己在这些长途徒步跋涉中，比费茨罗伊和水兵们多受了些锻炼，便自告奋勇地要单独去一趟，并约好那里如果有水的话，就用信号通知留下的人。
费茨罗伊和水兵们不安地目送着达尔文，看到他在地图上被人们称之为渴丘的丘巅之上，走下山丘来到一个湖边，可是他毫不停留地马上离开了这个湖，又走到另一个湖边，也同样没有停留就离开了这个湖。
大家从他那往回走时所迈的缓慢步伐就明白，这是盐的沉积物而不是湖。
然而费茨罗伊就是在山丘上稍事休息了后，也很难返回小船。所以，达尔文和水兵们只好留下一个来陪伴舰长，然后就匆忙往小船走去，达尔文第一个到达，马上命令从原来留下的人中抽出几个人带着淡水去接费茨罗伊。当时，达尔文自己还不感觉特别累。可是到了第二天，他就浑身发冷，一直在床上躺了两天。
2. 塔尔恩山
1月底，费茨罗伊舰长、达尔文和水兵们，一部分人乘“比格尔”号，另一部分人乘坐小船去勘探麦哲伦海峡。最后“比格尔”号停泊在饥饿港。从这里可以望见火地岛最高的山中的一座山，即离该港150公里外的萨尔明托山。达尔文在这些地方又可对许多有趣的关于生物地理分布的情况进行观察了。麦哲伦海峡的两岸具有过渡的特性。在这里，巴塔哥尼亚的生物和火地岛的生物混合在一起。时常可以同时看见这一地区或那一地区的植物。
达尔文登上海拔600米左右的塔尔恩山。在连续下了三天的倾盆大雨后，山上的树木是这样的茂密，尽管海峡里暴风怒号，这里的树叶却一动也不动。堆满了大量腐烂树干的深沟与河谷使人望而生畏。脚一踏在这些树干上就陷到膝盖处，旅行者经常滑倒，特别是他们想靠一下的某些树干，原来是轻轻一碰就会粉碎的烂木头。最后树木愈来愈矮小，到山顶上就光秃秃的什么也没有了。从山巅上看到周围是些不规则的山脉，上面点缀着片片雪迹，看到有绿里透黄的河谷和大海支流。这里刮着刺骨的寒风，而空气却充满了雾气。下山很不费力，然而人们在下山时却经常滑倒。
“比格尔”号离开麦哲伦海峡返回后，又向南拐，继续测量东火地岛的东岸，这次测量终于完成了。达尔文在圣塞瓦斯蒂安港看见了一幅壮丽的景象：无数条口内有齿的抹香鲸正在嬉戏，全身跳出水面后，再倒身扣打下去，发出巨大的拍水声，这种声音很像大炮的发射声。
“比格尔”号在绕过位于东火地岛东南端的圣地亚哥角时，陷入了一个非常大而又危险的漩涡，没有风，南来的浪把舰冲往塔腾群岛的西端，尔后又把该舰冲往该群岛的东岸。“比格尔”号从这里又向火地岛南面的一些小岛驶去，并停泊在武拉斯吞岛。达尔文以前在这里就曾碰见过最可怜的火地岛人。这些部落甚至都没有首领，每个部落都仇视邻近的部落，他们相互之间都为一片荒无人烟的地带或中立地区所隔离，两个部落彼此都竭力争夺那些少得可怜的生活资料，即悬崖下和海岸上的贝壳、鱼类和海豹。他们的主要财产是独木船，打从欧洲人认识了火地岛人以后的250年间，这种独木船还是老样子。同处于最不开化的原始状态的人的多次会见，当时大概就使达尔文“追溯到许多世纪以前，并且问自己，难道我们的祖先也是这个样子吗？我们对于他们的手势和表情动作的了解，还不如对家畜的了解哩。他们是这样的人：虽然未被赋予动物的本能，但是看来人的智慧，至少说由智慧所产生的活动，他们也无法能说有”。
2月26日，“比格尔”号进入比格尔河，费茨罗伊前些年就曾乘坐小船沿着这条河旅行过。这一次，“比格尔”号在航行中熟练地顶着西风迂回行驶，通过了这条河。火地岛人一边不停地重复喊着“雅密尔舒纳尔”，一边进行着交换，用鱼和蟹来换取一些破布条。
3月初，达尔文和费茨罗伊利用一个好天气，最后一次参观了朋松布海峡的北部，那里有一座高度甚至超过萨尔明托山2000米的壮丽的达尔文山，也参观了伏里阿海港。他们的熟人琴米乘坐着一只挂着一面小旗的独木船向他们驶来。他怀着平常那种温和的感情，把两张水獭皮送给了自己的英国朋友，还把他亲手做成的几个矛头和箭头送给了舰长。当“比格尔”号向着大海驶去的时候，他就在沿岸的一个山岗上燃起一堆 火，作为送别的信号。
3. 高楚人捕杀野牛
3月10日，“比格尔”号又停泊在福克兰群岛附近的巴尔克里湾。
达尔文在这里仍然顽强地、毫不动摇地继续进行自己的博物学家的工作。3月16日，他带着两名高楚人，对环绕着这个岛的部分地方，进行了一次考察。不管是寒冷的天气，还是夹杂着冰雹的暴风雨，也不管是只有地质意义的不毛之地都阻止不住达尔文。在旅途中经常碰见一小群大雁和田鹬。而野牛和从前法国人运到这里来的马匹，却吸引住了达尔文的主要注意力。他满意地观察着高楚人多么灵敏地往野牛脖子上投套索，向野牛后腿的主腱上用刀一刺，使它不能再迅速地向前奔跑，刹那间就把刀刺入脊髓的顶端，然后就把野牛杀死。他和高楚人一起吃野牛肉，为了不使一滴肉汁流失，他们连皮烧烤。因为这个岛上的人通常是把容易对付的母牛杀死吃肉，所以这里就大量出现了野公牛，它们常常 向人和马猛冲过来。达尔文观赏了高楚人拖倒野牛的敏捷动作，他们一 个人把一根套索抛到牛角上，另一个人把另一根套索抛到它的后腿上， 刹那间就把向马猛冲过来的这头公牛拖倒在地。 达尔文指出，特别重要的是，在福克兰群岛上，变野了的牛不断繁殖增多，而且具有健壮结实的特点；而一群群野马却在不断地退化，它 们个子长得不大，许多野马都害有跛脚病，所以小马经常死掉。达尔文 认为马的跛脚是由蹄子变长所造成的。至于小马的死亡，他认为是由于 公马强迫母马抛弃小马而造成的。在任何情况下，变野了的家畜向他清 楚地表明，有一些类型的生物比其他一些类型的生物更能适应新的生存 条件。他还注意到牛在这里分成了三种不同的毛色。
4. 本种与变种
两种事实向达尔文提出了关于物种的问题，关于难于辨别本种与变种的问题。在从引进（外地运来）的和福克兰群岛上野生的动物中，有 一种家兔，它的分布情况像野马一样，只局限于该岛的东部。达尔文知 道，居维叶把另一些法国博物学家曾认为是变种的那些黑免中的品种， 看作是一种单独的品种。达尔文向高楚人详细打听后才得知，黑兔和灰 兔的分布情况是一样的，它们栖息在一起，相互交配，并生育出杂色后 代。关于物种的这个问题，在福克兰东西两岛上都分布的当地唯一最大 的哺乳动物——狼形狐方面也发生了。这是一种好奇的肆无忌惮的野 兽，它能钻进帐篷里，甚至能把放在睡觉的人头下面的肉拖走。费茨罗 伊舰长坚持说，这是一种叫做南美洲狐的变种，它可能是在某些漂浮的 树干上被水流冲到福克兰群岛上来的。可达尔文却认为，这是只有福克 兰群岛才有的一种特殊的狐。
达尔文同高楚人一起考察是在困难的情况下进行的。一开始就下了几场夹杂着冰雹和雪的大雨，高楚人毕竟本领高强，能在毫无遮盖的地 方把火吹旺，燃起篝火。后来虽然天气暖和起来，可马却开始常常滑倒， 达尔文的马曾滑倒了12次。最后不得不涉水过海湾，水淹到了马背处。
风儿掀起了细小的浪花，使他们的衣服更湿了，所以当他们回到家时， 全身都湿透了，冻得直发抖。
5. 羊 驼
4月7日，“比格尔”号起锚，又向巴塔哥尼亚驶去。费茨罗伊舰长想修理一下“比格尔”号，因为“比格尔”号在宽阔的希望港撞了暗礁，被刮掉了一块铜包皮，同时他打算乘小船考察一下不太为人所知的圣克鲁斯河。4月13日，“比格尔”号停泊在该河河口里。早晨起了大风，达尔文他们好不容易才上到岸来。“比格尔”号在岸边被碰碎的危险特别大，它好不容易避免了这种危险才驶进港里。三天之后，船被拖上岸来。他们发现船的损坏并不那么严重，假龙骨被刮断了几米。在两次涨潮之间很快就修好了，随后他们把“比格尔”号重新放下水去，又把它系在岸边。
4月18日，费茨罗伊舰长同25名船员一起，乘坐三只捕鲸船，动身沿圣克鲁斯河上流对该河进行考察。第一次，捕鲸船趁大涨潮之机，逆流而上。晚上，他们就已经行驶到了涨潮区以外的河面。河面宽约三四百米，河中心的深度 5米多。这条河流环行于其间的河谷宽达16公里。像台阶一样的阶地相互对称地分布在河谷两岸。因为河水湍急，无论用桨还是张帆都不能逆流而上，于是他们只好把三只船首尾相联系在一起，把人分成两批拉起纤来。日落后，他们就宿营在一片灌木丛旁。每只船上的军官和船员都住在一个帐篷里，吃一样的食物。这样一来，他们每天只走16～20公里，有时稍微多一点。河谷里到处是光秃秃的沙漠，沙漠上稀稀拉拉长着一些毫无生气的植物和带刺的灌木。而动物呢，和往常一样，羊驼很多。沿途碰见了许多脖子脱了臼和骨折的羊驼，这是在兀鹰和白兀鹫的助威下，美洲狮捕猎羊驼留下的痕迹。灌木丛中有许多经常受到小狐狸追逐的小鼠，它们长着一对大耳朵和一身软毛。
6. 兀 鹰
4月26日，这一地区的地质情况开始发生变化。稀疏的小玄武岩砾石没有了。出现的是更坚硬的石块，然后是一整座玄武岩地台，河水就 是穿过这种玄武岩块流动的。玄武岩的厚度显著增大。达尔文认定，河 水是在海底上升到地面后，在原来海湾的地方，为自己开辟一条通道的。 “比格尔”号的船员们接着就进入了隘口地区，这里有几个罕见的喷泉。
河流逐渐变窄了，拖拉船只的劳动愈来愈艰苦。陡峭的河岸的悬崖上有 大量兀鹰，这是一些巨大的猛禽，它们的翅膀从一端到另一端几乎有两 米半长。29日，科迪勒拉山脉的一群雪峰出现在地平线上，开始碰见大量斑岩砾石。达尔文认为，从前这里是大海时，这些斑岩砾石就在浮动 的冰块上被冲来了。5月5日他们开始返回，途中用了三天时间，因为他们是顺流而下，经过的地方都特别凄凉和寂寞。 7别了，火地岛
“比格尔”号结束对南美洲东岸的旷日持久的测量工作。“比格尔”号再次出海，经麦哲伦海峡向西岸驶去。这是一个狂风暴雨的天气，达 尔文由于害病而倒了霉。6月8日，“比格尔”号驶进了不久前发现的马格尔累纳河，并经马格尔累纳河来到塔尔纳角，那里的岩石、冰、雪、 风、水令人望而生畏，不过到了早晨，覆盖着一层雪的萨尔明托山的壮 丽景象又显露出来，山麓下有着一片片阴森的树林和一条条通向海边的 冰川。“比格尔”号沿着狭窄的海峡迂回行驶，于6月10日从两大悬崖——东符里岛和西符里岛之间进入太平洋。这里海岸的形状，住在陆地 上的人只要看到了它，整个星期都会想到翻船、危险和死亡，因而忧心 忡忡。达尔文就是带着这种印象与火地岛永别的。 8到达智利6月28日，“比格尔”号停泊在奇洛埃岛上的圣卡尔洛斯港。奇洛埃是一个山峦起伏大岛，处处覆盖着密林，生长有常绿树木和热带植物，经常刮着来自海上的风，并带来大量的雨水。岛上和睦而又勤劳的居民是由具有印第安人的血统的混血人种组成的，他们使用最原始的工具来开垦土地和磨碎粮食。居民主要吃鱼、马铃薯和猪肉，栖身于清除掉树林的海岸上。圣卡尔洛斯是一个居住很分散的小村庄，村中房屋的四壁和屋顶都是用松木板构造成的。
7月14日，“比格尔”号离开了这一处潮湿多雨的地方，向智利的主要海港瓦尔帕莱索驶去，7月23日到达该港，并停泊在那里。在离开火地岛和奇洛埃海岛之后，瓦尔帕莱索的气候使达尔文大为赞赏。城市也很美，它坐落在一排特别鲜艳的红壤土大山丘的山麓旁，由一条长街组成。远处显现出山峦起伏的科迪勒拉山脉的轮廓和圆锥形的阿空加瓜火山。达尔文在这里遇见了老同学和老朋友理查德·科尔菲德，感到万分高兴，达尔文就住在他家里。
9. 怀念家乡
“在南方雾气弥漫的阴沉气候里长期航行之后，呼吸清新的干燥空气，享受美好的暖和天气，品尝有味的新鲜煎牛肉，乃是人生最大的幸福。”这是达尔文1834年6月24日给亨斯罗的信中说的。毫无疑问，经过长期困苦的海上奔波之后，能够稍事休息，达尔文对此就已经感到心满意足了。他也怀念起故乡、朋友和剑桥自由自在的生活来。看来费茨罗伊不大招人喜欢，向来不动声色的达尔文在给剑桥朋友们的信中，有时在字里行间流露出对舰长辛辣的讽刺语气。
达尔文像以前一样，期待得到他的挚友、博物学问题方面的导师亨斯罗对他的搜集工作给予有益的建议和批评。达尔文将所收集的一切搜集物都给他寄去了。亨斯罗的住所成了这些搜集物的“大本营”。不过，亨斯罗的信有时一年，甚至更长一些时间还到不了达尔文的手里，这一点在“比格尔”号经常航行和难于事先知道停泊地点和对间的条件下是毫不奇怪的。达尔文特别焦急地等待着亨斯罗对他在1832年8月从蒙得维的亚寄去的有关他的搜集物的一些询问的复信。亨斯罗是怎样看待达尔文的搜集物呢？亨斯罗会不会说他所收集的搜集物太少了呢？而他却在大量研究地质学，并试图弄到圣地亚哥的每一种不同的岩石标本！有谁会尝试在炎热的太阳下比他搬来更多的岩石！而“当他一无所知的时候”，他该怎样在热带森林中对陌生的植物进行采选呢？他与其说关心所收集的动物形态标本的数量，不如说是关心把标本保存得更好些。标出并记下标本的自然形态和颜色，而不局限于采集的时间与地点，他这样做是否对呢？同年11月，当他把搜集物连同一些珍贵的化石标本从布兰卡寄给亨斯罗后，他在给亨斯罗的信中写道：“我急于知道这些东西的处境，并急于听到对寄去的东西的数量和种类的各种评论。”
结果，对所有这些他认为非常重要的问题的答复，在18个月后他才收到。亨斯罗1833年5月15日写了复信，达尔文于 1834年7月 24日才收到，而且是在瓦尔帕莱索同亨斯罗于1833年12月15日发出的另一封信一块收到的。达尔文总是不大相信自己的能力。由于这么长时间没有收到回信，一切全靠自己处置，于是就想象，可能由于他的搜集物非常贫乏而且没有意思，所以亨斯罗也难于作答。当达尔文在瓦尔帕莱索一下就收到亨斯罗的两封信时，达尔文是多么高兴啊！显然，亨斯罗对达尔文的搜集物所下的评语特别好，“达尔文一切荣誉感达到了最高峰”。当然，亨斯罗建议他把自己的搜集物的复制品寄来。达尔文虽然意识到这个意见是正确的，但是他辩白说，他在海上经常患晕船病，只有在特别好的天气里才安然无恙，所以不能工作太久。他写信告诉亨斯罗说：“我的笔记篇幅已很大，四大开的纸我都写满了，有600小页左右；一半是地质学，另一半是对动物不完善的记述；对于动物，我照例是描绘哪些泡在酒精中保存起来的标本中无法看到的部分或事实。”
像以前的一些信一样，达尔文在这封信中也是匆忙同亨斯罗交换对动物的各种各样的印象的。这些印象就是：关于他们以前未见过的长着摇晃的鸟头和迅速移动的长线状物的苔藓动物的类型，关于他们在热带潮湿土壤中发现的涂有鲜艳色彩的陆生真涡虫；关于他原来认为是水母，而实际上是一种结构极为复杂、“无法归入任何一个现存的目”的浮游动物科等等。这些情况是与地质考察、对自己考察的叙述，对未来的展望，以及对搜集物包裹的命运的关心，杂乱无章地交替出现的。达尔文给导师写信说：“我的这封信中向您表达了相当大一部分利己主义，但您会想起来，在博物学方面，我把您视为我的父亲，而儿子是要向父亲诉说自己的情况的……”
达尔文进行了多次考察，有时是远途的，有时是在瓦尔帕莱索郊区。
极好的天气使他觉得很幸运。当然，这里的植物很贫乏；虽然盛开着许多散发浓郁芬芳的花朵，但昆虫和鸟儿却很少。这是因为这里经常刮南风，而不刮海风这一情况决定的。
10. 考察安第斯山脉
8月14日，达尔文为了考察安第斯山脉的地质结构而出发旅行。行前，他向费茨罗伊提出自己的打算：“舰长，我想攀登安第斯山脉，请您批准！”费茨罗伊听了摇摇头说：“这个山脉，山连山，峰连峰，一共有5 500英里长呢！它的最高峰有22 800英尺高，你怎么闯得过去？”
达尔文坚定地握着双拳，表达了自己的决心：“我从来不跟着任何人的足迹走，我要走前人没有走过的路！”费茨罗伊被达尔文的热情所感动，给他派了两个向导、十头骡子和一匹马，组成一个登山队。
当他们爬到 4 000多米的高山时，达尔文发现了贝壳的化石。贝壳是海底动物，怎么会到高山上来呢？达尔文经过反复推敲，终于明确了地壳升降的道理。他激动地对同行者说：“看，这么高大的山脉地带，在多少万年以前，原来是一片大海洋啊！”
再往上登高，气候愈来愈冷，空气愈来愈稀薄。每走一步，就要喘一口大气。最苦恼的是东西煮不熟，烧了半天，水还是温的。土豆还是生的，但水已经化为蒸汽，烧干了。他们忍受着难以想象的困难，一直登上了安第斯山的最高峰。
“啊！美丽的大雪山，你已经在我脚下啦！”达尔文高兴地遥望着苍茫的大地。忽然，他又掏出笔记本来，记录着新的发现。原来，山脉的两边，植物的种类并不相同：即使是同一种类，样子又相差很远。它们为什么会有明显的差别呢？一个新的理论假设，倏忽跃进了达尔文的大脑：物种不是一成不变的，而是随着客观条件的不同而相应变异！
达尔文在通往基尔奥塔河谷的归途中，翻过了契里考昆山山脉，那里溪水旁的沟壑上长着许多常绿植物，从山巅之上俯瞰基尔奥塔河谷，它坐落在一群光秃秃的高山之中，景致美丽如画，还有橙子树和橄榄树果园。达尔文翻过了契里考昆山，就住在钟山的山麓之下。
智利的海岸与科迪勒拉山脉间的地带，被几条与主脉相平行的小山脉分割开来。在这些山与山之间的一些窄狭平坦的盆地里，也有一些重要城市，横向的平坦的河谷原来都是海。这里的盆地和河谷的外貌当时与火地岛的地质相似，也有大量的海峡、河渠、海港和海湾。许多急流流入大海，使智利平原变得特别肥沃：那里种植着小麦和玉米，果园里栽培着桃树、无花果和葡萄。
8月16日，达尔文雇了一名向导和几匹强壮的马匹，登上了海拔约1820米高的钟山。钟山南坡上长着一片竹林和一些与众不同的棕榈树，树身很粗，最粗的地方是树高的一半。居民们经常取出这些棕榈的树汁作为糖浆食用。
晚上，在河旁的最高处宿营，天气非常晴朗，空气洁净，在13公里地之内，可以看见停泊在瓦尔帕莱索湾的船只上的一根根桅杆，恰似一条条细线。翌日晨，他们到达山顶，在那里呆了整整一天，往山巅之西眺望，便可看到智利，智利就像呈现在地图上那样清楚，往山巅之东眺望，便可看到安第斯山脉，该山脉有一相当平直的山脊，在雪线的左边向前延伸，只是有时被一个个孤立的圆锥形的火山中断。
8月18日，达尔文下山，穿过靠近基尔奥塔和圣费利佩这两个小城市的美丽如画的河谷，继续往前走。第二天晚上，他到达位于主要山脉侧面的哈胡耶尔铜矿场，在那里呆了五天。
以前智利开采铜矿的方法特别原始。在达尔文访问之前，外国人曾作了两项根本改进：一是从炼过矿的熔矿炉里，把矿渣掏出来，再加以淘洗，这就可以得到大量的金属；二是开采黄铜矿石，这种矿石当地矿工起初是把它扔掉的，尽管他们并不怀疑从中可以得到许多铜。达尔文在这里考察了矿山的地质结构，可是积雪堆积和初起的暴风雪，使他不得不从考察途中提前返回，他本来打算上山去考察的。
11. 考凯纳斯温泉
8月26日，他又上路到智利首都圣地亚哥去，一路之上尽情观赏被大量的才落下不久的雪所覆盖的阿空加瓜火山和科迪勒拉山脉。翌日，他又登上了一个比圣地亚哥所在的大平原稍高的矮山岭。达尔文认为，这个平原是从前的内海的海底。
达尔文在圣地亚哥住了约一星期，决定绕弯道继续往南走，到了波浪汹涌的马伊普河河边。河上架着一座吊桥，甚至连一个人牵着一匹马的重量，都使它摇晃不已，要从这种桥上走过去是相当冒险的。但另一条小河卡察普阿尔河，却连这种吊桥也没有，所以不得不骑着马渡过此河，这也是件很不愉快的事情。这条河的河谷里有几处考凯纳斯温泉，因为能治病而四方驰名。
达尔文得知，这些泉水夏季要比冬季更多更热。但是夏季几乎是滴雨不下，所以这就使达尔文推测到，地下水源与在夏季里由于山上积雪的融化而形成了的急流有关，虽然这些山离温泉有15或20公里之远。
这些雪水首先渗入高温区，然后再流到考凯纳斯地区的地面上。
12. 达尔文病了
达尔文又渡过克拉罗河，来到距圣地亚哥以南20公里左右的圣费尔南多。后又往西拐向大海，浏览了以浮岛著称的塔关塔关湖，这些浮岛是由各种不同的植物茎干彼此交织在一起而形成的，而在浮岛上又茂密地长出其他植物。他着手勘查金矿，为此又花费了四天时间。金矿的工人都显出疲惫不堪的样子：他们必须把约五普特重的矿石从130米深的地下背到地面上来。他们把搬运来的这种矿石运到磨房，把它磨成细粉，然后再把矿泥排进矿池里，矿泥在矿池里沉淀。随着矿泥硬化，各种盐就在表面上晶化。一两天后，再把它淘洗，于是就淘出黄金来。这一过程得重复好几次。矿工们干着这样繁重的工作，却只吃一些煮熟的豆子和面包。照达尔文所观察到的情况来看，矿工们得到的工资就已经够微薄的了，可是必须服劳役的农奴在这里的生活却比矿工们还要苦。
达尔文在回途中病得很厉害，回到瓦尔帕莱索就完全病倒了。他在科尔菲德家一直病到10月底，在这期间，他得到这位同事的护理和无微不至的关怀。
继达尔文患病之后，“比格尔”号上发生了一次严重的经济危机。
费茨罗伊舰长为了加快海岸的测量工作，而于1833年在加里松那里租了两只纵帆船。他支付了 1650英镑租金，稍后过了一段时间，他为同样目的又花费了1300左右英镑，买下一只洛乌船。指望海军部同意核准这些开支，或许海军部会补偿他这笔钱。谁知海军部不仅不补给他这笔钱，反而来信说它“不赞成”租船，命令“要尽快解雇所租的船只”。
13. 辞职风波
费茨罗伊除了碰上这些不愉快的事情外，又加上疲劳过度，他的情绪非常颓丧，他已不能决定任何事情了。医生认为他应当停止任何工作。
因此，韦克姆只有完成对南美洲东南部的测量工作，然后才能带领“比格尔”号返回英国。但全体船员都愿意经太平洋返回。这只有在费茨罗伊指挥下，根据以前给他的指示才能办到。而受海军部欺侮的费茨罗伊大为恼怒，他不能好好地并且按他过去的希望的那样去完成对南美洲东西部两岸的测量工作，所以他坚决要求辞职。
如果舰长辞职，韦克姆就会得到晋升，可是韦克姆不管这一点，他还是劝说费茨罗伊撤回自己的辞职书。他劝说舰长，海军部的指示，本身就是命令。他有多少剩余时间就做多少测量美洲西岸的工作，然后再横渡太平洋。韦克姆警告舰长说，即使他费茨罗伊担任了指挥，也不会有任何力量能使他重返火地岛。韦克姆问舰长，他的辞职会有什么好处呢？如果在一定时间许可的范围内他能完成测量工作，然后再往太平洋去的话，不是更好一些吗？最后令大家高兴的是，舰长被说服了，并撤回了自己的辞职书。
从达尔文给亲属的信中可以看出，“比格尔”号上这次危机使他多么焦急不安。当然，一方面他特别怀念故乡、家庭和朋友。考察，特别是航海旅行愈来愈艰苦，使他疲惫不堪。如果费茨罗伊拒绝指挥，“比格尔”号就要被迫抄近道由大西洋返回。达尔文自然也就应该结束在“比格尔”号上博物学家的工作，考虑的只是回去的事了。然而他头脑中却有着另外的打算。
14. 危机结束
对收集来的材料进行研究，特别是对南美洲的地质考察情况已开始形成一定的构思，都向他提出了新的任务：首先就是要对西部各海岸进行地质考察，特别是科迪勒拉山脉的地质学问题。仔细观察自然景象的旅行者的最初热情，对迷人的热带风景的兴奋心情，渐渐地为考察家所具有的那种特别平心静气的浓厚兴趣所代替，因为考察家竭力要做的不仅是尽可能多收集搜集物，不仅是要记录他所观察到的现象，而且还要更好地弄懂和解释这些现象。旅途中，他在费茨罗伊舰长藏书丰富的图书馆里，熟悉了许多南美环球旅行的情况后，给自己拟定了未来工作、未来旅行路线和考察一些新地区的计划。他不能使自己的事业半途而废，不能放弃自觉制定的计划，特别是快要完成的计划。要是“比格尔”
号放弃环球航行的计划向英国驶去的话，达尔文就决定走他自己所拟定的航线，独自越过科迪勒拉山脉，研究科迪勒拉山脉的地质，走旱路横穿南美洲大陆，再返回东岸到布宜诺斯艾利斯去，然后从那里乘船回英国。
可是危机结束了，“比格尔”号决定在完成能发现新地方的诱人的环球航行之后再回英国。同时达尔文决定要更加努力在南美洲西岸进行工作，乘“比格尔”号到一些岛屿上去考察，广泛利用在大陆上所用的老办法，即雇佣向导、马匹和骡子，走完所拟定的行程。他始终没放弃越过科迪勒拉山脉的念头。
“比格尔”号全体船员又开始进行测量奇洛埃岛的工作。有几个人在谢利万的指挥下，于 11月 24日乘着舢板和高速艇前去考察该岛的东部。达尔文雇了几匹马，到岛北端的查卡奥，他要在那里与其他人汇合。另一部分船员则留在“比格尔”号上，他们应该去考察岛的西部，以便与第一队人马在南部汇合。这时“埃德文切尔”纵帆船已卖掉。达尔文骑马走的路都是用圆木横铺而成的。因为太阳光线穿不进常绿森林的叶丛下面，所以地面松软、泥泞。
15. 狐 狸
查卡奥本是岛上的主要港口，因为在海峡里的急流和危险的岩礁中间船只经常失事，所以人们就把港口移到圣卡尔洛斯。达尔文在查卡奥遇到了第一队人马。在以后的日子里，这队人马就逐渐地往南推进。被河谷切割开来，分离成很多小岛的平坦的地方，完全被一片不能通行的深绿色的森林覆盖起来。有些地方可以经常看见茅屋。在这片大陆上，现出了三座正在喷出一团团浓烟的巨大的活火山。每座火山的高度都有2000米左右。安第斯山脉本身在这里要比在瓦尔帕莱索附近的山脉矮得多。沿途所见的居民，就外貌来看，都是有着红铜面孔的典型的纯种印第安人。他们住得很分散，对沿海地带上的树木很少清除或者清除得很差。
11月31日，这队人马来到了卡斯特罗，它曾是奇洛埃岛的古都，但是当时已经变成了一个特别荒凉的地方，总共只剩下几百个居民。
达尔文特别注意到植物当中的庞克，庞克这一植物的基干有一米多高，长着四五个齿状的圆叶子，直径超过2米，周长在6米以上。
12月6日，这队人马到达了南岛圣佩得罗，“比格尔”号已停泊在那里。当这队人马中的两名军官，在这里用经纬仪进行测量工作时，据说是这个岛上特有的一只狐狸正在聚精会神地注视着军官们的工作，因此达尔文偷偷地走到它的背后，用地质锤朝它头上重击一下，把它打死了。就这样，在这个岛上发现了独有的狐狸。
达尔文和费茨罗伊虽然努力要爬上岛巅，但是一切努力都白费了：
由于森林中到处都堆积有大量倒下的腐朽的树，所以根本无法通过，他们只好时而一个跟一个从腐烂的树干底下爬过去，时而沿着离地二三米高的树干上走。最后只好放弃这一打算。
16. 高山眺望
12月10日，达尔文搬到要继续向南驶进的“比格尔”号上。13日，他到达了乔诺斯群岛，那里开始刮起了可怕的“不亚于火地岛的”风暴。
各个岛屿根本不能通行，所有海岸都无法接近。“必须在海岸上沿着尖角的云母页岩爬行，至于说到森林，那么脸、手和膝盖上的伤痕就明显地说明，要想穿过这些密林需要付出怎样的代价”。
后来，“比格尔”号又调过船头向北驶去。12月20日，“比格尔”
号在靠近特烈蒙特斯角以北的地方发现了一处海港，海港附近有一座海拔500米的形似塔糖的正圆锥体山丘，它比里约热内卢那座名叫塔糖山的山丘更加接近于正圆锥体的形状。尽管山坡非常险峻，达尔文在这里还是爬到了山顶。他在 《考察日记》中写道：“在这荒凉的地方，能够 爬上一座山的山顶，会使人感到某种不寻常的快乐。只要我总是不安地期待看到某种新东西，而这种期待总是落空，然而每当我有新的打算时，这种期待总还是一定要出现的。任何一个人都知道，当我们从高山上眺望展现在我们面前的宏伟壮观的景色时，心头洋溢着胜利和骄傲的心情。而在这些处女般的圣洁、人迹罕到的地方，你会联想到你可能是第一个站在这座山顶上欣赏这一景色的人，在你的这一心情中还会添上某种荣誉感。”
17. 流亡者
但使他感到惊奇的是，他在荒野的海岸上发现了有人在这里住过的痕迹：悬崖凹处有草铺，草铺旁边有熄灭了的篝火残迹，斧子砍的斧痕。
当时他就想到，这是遇难水手所留下的痕迹。确实，过了几天，当“比格尔”号发现另外一处