1. 进入第二年
1833年1月11日，“比格尔”号到达约克·明斯特尔山附近。海上又起了大风暴。“比格尔”号怕被岸边的激浪打破，又退回海上。翌日，风暴更加猛烈，而13日风暴依然大施淫威。天空中除了无数飞溅的水珠之外，周围什么都看不见。海面显出一副凶相，它好像是一片阴惨惨的有着一条条堆雪地带的平原在起伏翻腾着，而当舰艇正处于精疲力竭的时候，有一只信天翁展开双翼，顺着风向平稳飞翔着。将近午时，一个巨浪翻滚到“比格尔”号上，灌进舰上的一只捕鲸艇里，因此舰长不得不下令立刻割断它的缆索而弃去它。可怜的“比格尔”号也因为受到浪击而颤抖起来，有几分钟不能够听从舵的指挥；但是不久，这只善良的船只又恢复了正常状态，并顺风驶去。假若这时再来一个巨浪，“比格尔”号就将葬身鱼腹了。达尔文在《考察日记》中，用诙谐的笔调写道：
“当你考虑到自己势必要在世界上这个最著名的地方遇到恶劣的天气， 又是乘坐这种通常认为不能用以环绕合恩角航行的船只，那你就会感到满意。比我们这只能在水中浮沉的小鸭子更能经受这种恶劣天气的船只是为数不多的。”
为了把三个火地岛人送到他们中的琴米的出生地朋松布海峡住下，费茨罗伊决定进行一次探险。参加这次探险的共有28人，分乘三只捕鲸船和一只舢板，准备渡过费茨罗伊上次航行时所发现的比格尔河。探险是以一些小港湾作为落脚点，沿着贯穿在风景秀丽地区的比格尔河进行的。那里周围都是高达千米的群山，山峰峻峭，呈犬牙状，阴森森的一直覆盖到半山腰。
2天当被地当床
火地岛人和马太传教士决定在伏里阿港住下。大家给他们盖起了三座大棚屋，把他们的家具用品搬运上岸，开辟了两个花园，并且播下了种子。港口周围一共住有大约120名土著人。火地岛人安顿好后，一部分人返回到“比格尔”号上，而费茨罗伊、达尔文等另一部分人则去考察比格尔河的西段。在天黑下来的时候，费茨罗伊和达尔文所在的那批人在一个大海湾的岸边支起帐篷，身边有干燥而松散的卵石，随着身体的压力而活动，这是最好的卧铺，身体躺在上面，就像躺在床垫子上那样，浑身各处接触到卵石的地方，都感到一样的松软舒适。这天达尔文应该值班到半夜一点钟。在这里的夜景中，他感到有某种庄严，因为他这时明显意识到，他正处在地球上的某一个地方。只有酣睡的水手们的鼾声和夜禽偶尔的鸣叫声，才打破黑夜的寂静。而偶然传来的狗吠声，才使人想起这里是土著人居住的地方。
当探险队进入北边支流时，地形开始变得更加壮观。支流北岸耸立着高达2 000米左右的群山。其中一座叫萨尔明托山，费茨罗伊把另一座山叫做达尔文山，用来纪念自己这位旅伴。他们欣赏着溪流如何把自己的水像瀑布一样直泻到下面狭窄的河道里，然后再穿过森林流去，碧绿色的美丽冰川又是如何从山坡上一直通到水面；而各个山峰却为皑皑白雪所覆盖，观赏这些景象是十分有趣的。突然，一大块冰由冰川上掉下来，像一座冰山那样落到河里。达尔文和水手们马上奔向几乎被落到河里的冰山所激起的巨浪卷走的几只小船。其中有一个水手被这滚滚的巨浪冲倒。因为武器和食品都留在这几只小船上，而“比格尔”号又停泊在很远的地方，要是小船被卷走，那就糟了。这几只小船虽然三次被高高地悬空抬起，但却还是安然无恙地留在原地。探险队又沿着南边的支流返回到朋松布海峡，回到伏里阿港。
3. 《地质学原理》第二卷
早在1832年11月，达尔文在蒙得维的亚就收到了亨斯罗寄给他的赖尔的《地质学原理》第二卷。达尔文在“比格尔”号遇到风暴不能靠岸时，他就躺在船舱里的吊床上读着这本书。这卷书对达尔文来说具有特殊的意义。赖尔正是在第二卷中从第一章起就分析了后来很快就成为达尔文研究的基本课题——物种问题。赖尔认为，这一问题对于地质学家来说是特别重要的，所以他就在第二卷的各章里彻底分析了这一问题，探究了物种变异性的程度，物种间的杂交，由于受外部条件的影响而发生的变态的遗传性，物种变异性的界限，相近物种彼此之间的关系，物种和变种之间差别的实质，现在物种的形态与已绝种的物种形态之间的关系，家养形态和野生形态变化的大小，生存的斗争等等。他还在第二卷中最客观地阐述了拉马克的进化论。赖尔不仅承认拉马克的思想是正确的，而且用了一些家畜和栽培出来的植物作为新实例来说明这一论点。他欣然同意某些不同物种相互之间的差异要比另外一些物种相互之间的差异大。但拉马克许多论点没有证据使他大为恼火。拉马克在任何地方都不善于证明物种变化无常的无穷性。而这一点他认为正是问题的核心。赖尔鄙视拉马克某些论点没有证据，并强调说，“拉马克认为，物种赋有使自己身体变形的无限能力”。“拉马克希望让一些物种蜕变为另外一些物种”。“这就是那些想象猩猩能变人的人们的幻想”等等。
他认为物种起源的全部问题是秘密中的秘密，是难以解开的谜。至于谈到进化论或来源于其他的物种起源，他坚决反对这种推测。是他批驳了居维叶的灾变论后，他揭示出了造成旧物种绝灭及消失的原因，但他在解释新物种出现之前，就已陷入进退维谷的境地。所以赖尔做出的结论是，“物种实际存在于自然界之中”和“每一种物种在其形成时就赋有它现在所具有的机体的特征”。他在另一处说：“每一物种都起源于简单的一对或一个体 （仅一个就足够了），而且物种都是在一定的时 间和一定的地点内才能继续不断地形成，这些时间和地点能够使物种在指定的时期繁殖和继续生存下去，并在地球上占有一定的位置。”这种思想更加明确地表现在以下这段话中：“我们应推测到，是自然界的创造者创造出动物和植物时，就已预见到这些动植物的后代要生息于其中的一切环境，规定并赋予它们能永久保存物种的机体。”
赖尔在这里批驳的只是生物界成群创造论，不承认灾变论，但却保留了物种神秘的创造观点，认为上帝不是一下子，而是用某种不知不觉的方法，一个一个地创造出新的物种，来代替已死绝的物种。
《地质学原理》这卷书向达尔文广泛展示出物种起源的理论问题。
当达尔文搜集各种各样的物种时，就在确定各物种之间的界限上产生了实际困难，这些困难不止一次地迫使达尔文不能不对赖尔的基本论点的正确性发生怀疑，他发现，好像每一物种的变异都有一定的限度似的。
而他在彭塔阿尔塔所进行的考察，已使他产生了可以用血缘关系把现代贫齿类与古生树懒科联系起来的想法。从此，达尔文就把注意力和思考力都用在那些他想要弄明白的物种起源问题，物种不变性或可变性的那些问题上。
4. 有趣的观察
2月26日，“比格尔”号出海了，冒着大风向福克兰群岛驶去。
在这个为长在泥炭土壤中的硬草所覆盖的阴森森的岛屿上，达尔文作了长时间的考察，走遍了全岛。岛上根本没有树。他在海岸上进行了有趣的观察，他发现巨大无毛海生蛞蝓属和白色海牛属，它们一次产卵就有约60万粒。虽然产下这么多卵，但长大的海牛属动物还是特别罕见。
达尔文虽然专门寻找长大了的海牛属动物，但只不过找到了7个。要使如此稀有的长大了的海牛属动物保存下来，得死多少卵子或胚胎呢？他对那些海生苔藓虫类群体中的奇异个体也很感兴趣，因为海生苔藓虫类很像一个长着针状小嘴的鸟头，从卵子中伸出头来时张着很大的颚，摇摇晃晃；达尔文进行了观察，并且用细针去触动它们的小嘴，它们常常紧紧地咬住针尖不放，也就是说小嘴起着苔藓虫类群体保护或清洗的作用。
当“比格尔”号停泊在福克兰群岛时，达尔文收集了为数不多的动物，他寻找贝壳化石和进行地质勘测。这时暴风雨仍在继续，暴风雨把一只用锁链锁在“比格尔”号上的小船刮了下来，尽管后来被顺利地拉到岸上，但还是损失了一些索具和船帆。
5. 小城风光
11月13日，“比格尔”号又往北向里约普拉塔驶去，停泊在马尔多纳多。在那里，达尔文离开船搬到市里去住。
达尔文在这个僻静的小城镇住了两个多月。他经常游览潘帕斯草原，这是一些覆盖着绿草地的草原，放牧着无数群牛羊。只有恶劣的多雨天气和“比格尔”号上的同事对他的拜访，才使他所进行的博物学的工作中断。
达尔文对马尔多纳多四郊的飞禽走兽和爬行纲了解得特别清楚。除了他本人采集的外，还有该市的孩子们为他服务，而这些小孩子们为了挣得几个小钱，几乎每天都给他带来一些有趣的生物。
他在这里猎获了几只鹿，并注意到了雄鹿身上发出的一种非常强烈而又持久不散的气味。这些鹿与我们这里一贯怕徒步而行的猎人而却不注意骑马的人或坐车走近的人的动物和鸟类不同，它们不让骑马的人靠近，但却对步行的人产生好奇，原因是当地高楚居民就是这样习惯于骑马来回走动的。达尔文在这里观察了少量被吓破了胆的长着大颚的最大啮齿动物水豚。不过，引起他特别注意的却是在土中乱拱的具有鼹鼠习性的小啮齿动物——土拨鼠，它在地下通道的某处经常断断续续地发出哼哼声，并以它们发出之声而得名。许多土拨鼠眼都瞎了，大概这是由于眼膜发炎的结果而造成的。土拨鼠的眼睛比鼢鼠大，鼢鼠和鼹鼠一样，但又像土拨鼠一样以食植物根部为主，比栖身在洞中的两栖动物盲螈的眼睛大：这两种动物的眼睛几乎都是处在发育不全的状态，并且被一层皮肤从外面盖住。看来，土拨鼠虽然眼瞎，但这在它本身的生活方式中，并没造成任何不便之处。
这种动物使达尔文想起拉马克的思想：器官不使用就要导致衰退和毁灭。土拨鼠现在正在转入鼢鼠和盲螈所处的那种状态。
达尔文也注意到与椋鸟相似的牛背黄鸟，这种鸟喜欢停歇在马和牛背上，这些颜色略有不同而且体形也较小。这种鸟和杜鹃一样，把蛋下到别的鸟巢里，牛背黄鸟属性按其身体构造来说远不同于真正的杜鹃，但却练出了最强的适应力。
达尔文也注意到大批的美洲白兀鹫，这种鸟在南美洲是很普遍的。
它们在美洲的作用相当于我们的乌鸦和喜鹊。白兀鹫在拉普拉塔热带干草原里多得不可胜数，被人们称之为巴西卡拉鹰，这种分布很广的、体形不大而胆大又惹人讨厌的巴西卡拉鹰经常和齐孟哥鹰在一起，成群地聚集在屠宰场和村镇附近。相反，大兀鹰本来分布在马尔多纳多以北，看来在拉普拉塔附近出现为时并不太久。美洲兀鹰则分布在合恩角至北美洲一带。当时达尔文就注意到了，这一类在这里到处都可看到的鸟，而在欧洲却根本见不到。某些巴西白兀鹫在往南移时就逐渐消失，而代之以其他种类的鸟。而分布在大陆上的那些鸟中的巴西卡拉鹰，以及齐孟哥鹰，在福克兰群岛上却都看不到。所有这些独特的分布群使达尔文很感兴趣，他为了阐明这些事实，就不得不对整个鸟类的总起源加以推测。
6月，达尔文一次就收到许多家书。卡萨琳是2月8日给他写的信，苏珊是3月3日给他写的信，卡罗琳和父亲也写了附言。达尔文高兴得几乎哭了。看来父亲的附言对于他来说是更加珍贵的，他大概总觉得自己前来考察是违背了父亲的愿望的。他把系统记的并证明他在旅行期间时光过得多么有益的详细日记寄到家里。他在5月22日至6月从马尔多纳多写给苏珊的回信中，述说了他在旅行中所收到的某些成果及今后的计划。可以看出，这几行字是写给父亲的。他尽力设法要阐明关于博物学家工作重要性的思想，并表明乔斯舅舅劝说父亲准许自己去旅行是正确的。他写信告诉姐姐说：“我满有把握地认为，在这次航行中所花的时间，如果说用在其他一切方面都是浪费的话，那么对博物学家来说将会是卓有成效的，而且在我看来，为了丰富总的科学宝库，我们所能做到的那么一点事情，就会同任何其他目标一样，也是值得重视的人生目的。这些想法所产生的结果连同对未来的美好展望——在我们过了麦哲伦海峡后，我们面前就会呈现一个美丽如画的世界——要比目前的愉快感更能促使我下定决心把这次航行继续下去。想一想安第斯山脉、瓜亚基尔的茂盛森林、南海中的岛屿以及新南威尔士吧！我们将要看到的壮丽而富有特色的风景是多么多啊！奇异的部落是多么多啊！对于地质学和无穷的生物研究来说，这是一些多么好的机会啊！这种展望难道不可以重振最颓丧的精神么？如果我错过这个机会，我想我在坟墓中也不会得到安息的。我的确会变成一个幽灵并且出没于 ‘英国博物馆’之 中……”
6. 回到“比格尔”
达尔文在6月末携带自己全部小野兽，又搬回“比格尔”号上来住，开始整理自己从马尔多纳多四郊获得的宝物，并对此作了简要的说明。
他特别高兴地得知，费茨罗伊打算在即将来临的夏季绕过合恩角，转向美洲西海岸去工作。
7月8日，“比格尔”号准备起锚扬帆自马尔多纳多启航。水手们在紧张地把舰长费茨罗伊在福克兰群岛购买的纵帆船装备起来，达尔文也忙着把自己的搜集物仔细包装好和书信一起交付给邮船。一切准备就绪，7月24日“比格尔”号在闪电中向南沿着至里奥内格罗的航线驶去。
7达尔文鸵鸟
里奥内格罗河口当时位于南美洲东海岸的最南部，居住的都是白人。巴塔哥尼斯市坐落在通往大海的里奥内格罗河口不太远的地方，这里的居民除了西班牙人以外，还有印第安人。
达尔文考察了海岸的地质情况，对一些看来是从遥远的安第斯山脉冲到这里的巨砾感到惊奇，参观了能够大量采取优质纯盐的盐湖，观赏了湖上的火烈鸟，考察了盐湖里的淤泥并看到了盐湖上的富裕居民。达尔文在这里从高楚人那里听说有一种鸵鸟新种代替了普通南美鸵鸟。这种鸵鸟个子较小，两腿较短，腿上长着比较短的羽毛，全身羽毛颜色较深。这新种鸵鸟后来取名为达尔文鸵鸟。
达尔文决定开始从里奥内格罗向北旅行到布兰卡港，可是后来却到达了布宜诺斯艾利斯。一路上，沿途都是覆盖着枯萎的黄草丛和多刺灌木的凄凉荒野。这里惟一的一棵罕见的树被印第安人看作是神坛。树上挂满了吊挂在线上的祭品：香烟、面包、一块块布和肉。树周围都是用来作祭品的那些已经发白的马骨头。高楚人捉住了一头迷途的母牛，燃起了火，在平原上做了一顿晚餐，然后宿营。达尔文在日记中写道：“这是我在野外露宿的第一夜，用马具充当自己的卧铺……平原上一片死寂，猎狗，那些像吉普赛人一样躺在篝火旁睡觉的典型高楚人，——这一切都深深印在我的脑海里……”
达尔文在途中间或碰见野生美洲驼——羊驼或鹿，也经常碰到接连不断地在草原上迅速跳跃的当地啮齿目刺鼠。由于逐渐靠近科罗拉多河，荒漠开始换成绿色草原，而蜿蜒的河流两岸长满了柳树和芦苇。达尔文驰过了一个沙丘地带，在驿站稍事休息又继续前进了。
达尔文在布兰卡港呆了一段时间，在离布兰卡港不远，达尔文最喜欢的地方就是彭塔阿尔塔。达尔文一时与“比格尔”号失去了联系，直到8月24日，“比格尔”号到达布兰卡港，他们才又联系上了。“比格尔”号在这里停泊了一个星期，它又向拉普拉塔驶去。达尔文则留下来，以便继续前进，走旱路到布宜诺斯艾利