。在校之日，倍尝艰苦。其时值北地军阀之威行将崩溃，南方革命势力日渐膨胀，青年学子，处此混乱之局，思潮异常复杂。加之，清华正筹改制，准备成立完备大学，意见分歧，时呈不稳。先生处此危境，独能应变，整理思潮，纳诸正轨。其思想激烈分子，先生每亲延谈话，辄数小时。一次不足，继以数次，十数次，必使其觉悟而后已。学生不屈于先生之雄辩，即屈于先生之具诚；不屈于先生之理智，即屈于先生之情感。先生尝宴客寓所。一夕，一生求见，先生乃别客出谈，争论破烈，宾客继散，师生尤论谈不已。漏三下，生方辞出，卒为克服。翌日，先生述及此事，同人劝先生勿自苦如此，先生叹曰，吾非不可力服，然吾必欲试以德服之，盖非然者，学子不足以辨其非，改其行。人性本善，每以环境不良，误入歧途，余必欲设法救之，不独纳诸正轨，且欲其自身觉悟也”。
推行教授治校制度
1926年2月初，张彭春因为受到清华保守势力的攻击而辞去教务长之职。这次的校内风波，使得曹云祥下定决心推动清华内部体制的改革。4月15日，清华颁布了由他主持制定的《清华学校组织大纲》，本着“教授治校之原则”，对教员聘任进行改革。治，就是管理。所以“教授治校”也就是清华的管理原则，具体化为“评议会”“教授会”的管理体制，后来有了“校务会议”，形成校长主持的三级会议体制，简称教授治校制。
清华以往的教员聘任，行政人员的权力过大，特别是高层行政者。这次的改革，就教员评聘许可权作出了较为明确的规定：成立“评议会”和“教授会”，二会互相制衡。