在中国历史上，天人关系一直是思想领域论争的一个中心问题。哲学史家根据人们对这一问题的观点分歧大抵归纳为两派，一是认为"天"是没有人格意志、不能主宰"人事"的自然实体，把"天道"解释成为客观存在的自然规律。这些看法的人是唯物主义和无神论者。一是把"天"看作是有人格意志、且能主宰人世间一切"人事"的至上神。这些看法的人是唯心主义和有神论者。自然还有一些人游离于两者之间，态度不十分明朗。
人寓行天地之间，天人自然发生关系，这就是人同自然的关系。按照我们的看法，人类的生活依赖自然、利用自然，改造自然，使之造福人类。说人同自然没有关系是不对的。但是说，那个本来是物质实体的自然之"天"是个天神，主宰着人世间的一切，那就大错特错了。
神学历史观有一部漫长的历史。它有人类认识的局限，也有社会政治的原因。本来，自从有了人类历史，就有了人类对历史的认识，但是，在相当悠久的岁月里，人类对自身历史的认识是一种被颠倒了的认识。在远古时代，人们所意识到的世界，是一个神的世界，是为神所统治并且是神在那里活动着的世界。那时，氏族部落的领袖，同时也是氏族部落的神。殷商时期，祖先一元神的宗教支配着殷人的思想，它同以前不同的地方，其氏族领袖死后才能成神。随着历史的演进，人们也经常修改着这个神的世界。殷周之际，至上神即上帝成了各氏族共同的最崇高的神，而且上帝要选择好儿子赐福给他，作为上帝的儿子也要以好的表现争取福泽。于此，人的主观能动性露了个头，神的世界被冲破了一个缺口，历史要挤到人间来了。这是在天人关系认识上的一大变革。
在此之前，人们的历史观是个"宗教史观"或"神意史观"，人们意识中的神有着绝对的权威。而周人的历史观却发生了微妙的变化，这就是"天命史观"。天命史观的出现正是因为出于"天命靡常"的认识而需要统治者"自求多福"所致。所谓周人的"殷鉴"思想与此俱来人诗。大雅·文王》云："维此文王，小心翼翼，昭事上帝，幸怀多福，厥德不回，以受方国。
天监在下，有命既集，文王初载，天作之合。"又云："无念尔祖，幸修厥德。永言配命，自求多福。殷之未丧师，克配上帝。宜鉴于殷，骏命不易。"由此可知，在西周"其命维新"的社会，周人基本上是相信天命的，但又绝不象殷人信祖先神那样坚信不疑，因为"天命靡常"，统治者要修德使天命永驻，因此要"以天为宗，以德为本"。宗教思想上的"天人合一"又延长到伦理思想上的"天人合一"。
经过历史的多次检验，人们也逐步发现天命并不那么灵验，于是怀疑天命，重视人事的思想发展了。"天命"作为一种传统的宗教思想，统治者常以"受命于天"来论证自己统治的合理性，所以这种被颠倒了的世界观又受到当权者的垂青而顽固存在着。汉代的正宗神学便是得到封建统治者支持的宗教思想体系。
董仲舒把"天"说成宇宙间最高的主宰，把本来是自然现象的"天"和阴阳五行，都说成有道德属性、有意志有目的的，建立了一个庞大的神学思想体系--"天人合一"的神学目的论，并附会历史，提出"王道之三纲，可求于天"。其实质是强化宗法统治和封建君权。刘向、刘歆父子亦以阴阳五行解释历史，班固又撰《五行志》，集中了汉儒关于谶纬迷信、灾异神学的说教，因此，对思想家带来极坏影响。史家著书，无不竞相效习，五行灾异之说，充斥史籍的字里行间，直接为封建统治者宣扬皇权神授，以巩固其统治。及至有唐一代，这种宗教迷信亦有增无减，尤其是高宗、武后统治时期，达到高峰。他们编造各色各样的祥瑞，不断变更年号，有所谓麟德、仪风、调露、永昌、天授、如意等，借此说明其政权顺天承命，永享天年。武后称皇前后二十年，就用过十六个年号。垂拱四年（688），武承嗣伪造瑞石，文曰"圣母临人，永昌帝业"。①让雍州人唐同泰表称从洛水获得，武后号其石为"宝图"，并加尊号为"圣母神皇"，改"宝图"曰"天授宝图"，就水侧置永昌县，封洛水神为"显圣"，并亲拜洛水。在这种造神背景下，知几在史学领域里对五行灾异说的批判就很有现实意义。
知几对五行灾异的批判，比较集中反映在《史通》一书的《书志》、《书事》、《汉书五行志错误》、《五行志杂驳》等篇中。
刘知几在《书志》篇曾经比较系统的阐述了他对灾异的观点。他认为："夫灾祥之作，以表吉凶。此理昭昭，不易诬也。"非常明确的表明：他并不一般地反对灾异，认为灾祥是可以表吉凶的。这是十分暧昧的态度。他认为灾祥的存在是属于自然现象的范围，与人事无关。比如"麒麟斗而日月蚀，鲸鲵死而替星出，河变应于千年，山崩由于朽壤"等，"此乃关诸天道，不复系乎人事。"可是有的史家硬是把它们载入史册，加以附会。有的灾祥即使被认为跟人事有关联，但是也没有得到验证，谁也说不清楚，如果牵强附会，也是自欺欺人。比如武王伐纣占卜吉凶时"龟焦蓍折"，宋武帝出兵誓师时，"竿坏幡亡"，好象都是不祥之兆，但周武王照样胜利，宋武帝照样成功。如此之类，知几指出："斯皆妖灾著象，而福禄来踵，愚智不能知，晦明莫之测也。然而古之国史，闻异则书，未必皆审其休咎，祥其美恶也。"这就是说，古代国史中记载的灾异样瑞，只是根据各方面的报导加以记录，并未究察清楚这种灾异的实际结果，灾异究竟是否灾异，也说不清。
更有甚者，有的史书记载灾异，"不凭章句，直取胸怀，或以前为后，以虚为实，移的就箭，曲取相谐；掩耳盗钟，自云无觉。"有的是"言无准的，事益烦费"。①刘知几对灾祥的基本态度是一种不可知论。在这方面，他学习孔子的榜样。他说：子曰："盖有不知而作之者，我无是也。"又曰："君子于其所不知，① 《旧唐书·则天皇后本纪》。
① 《史通·书志》。
盖阀如也。"又曰："知之为知之，不知为不知，是知也。"呜呼，世之作者，其鉴之哉！
他在《书事》篇也说：怪力乱神，宣尼不语；而事鬼求福，墨生所信。故圣人于其间，若存若亡而已。
知几对于灾祥，既不言其有，亦不言其无。如其有，"事关军国，理涉兴亡，有而书之，以彰灵验，可也。"至于那些"委巷琐言"，"目为鬼神传录，其事非要，其言不经，则不可。"③实在说，他这种老老实实的态度还是不错的。在这里，他用史家求实的精神去看待灾祥，凭其个人的理解和经验，便对灾祥进行了严格的批评。他说，祥瑞是用来"发挥盛德，幽赞明王"的，至如"凤皇来仪"、"嘉禾入献"等，上下数千载，其可得而言者不过一二例。而近代，"凡祥瑞之出，非关理乱，盖主上所惑，臣下相欺，故德弥少而瑞弥多，政逾劣而祥逾盛。""而史官征其谬说，录彼邪言，真伪莫分，是非无别。"①这里淋漓尽致地揭露了统治者大讲祥瑞的内幕，其实这是统治者制造舆论，纷饰太平的伎俩，一些惯于奉承拍马的谄谀之臣为了迎合君主的旨意，骗取主子的欢心以要功取宠，也挖空心思编造谎言。而有的史家不分青红皂白，信以为真，皆载入史传，不仅"叙事为烦"而且贻误读者。
这种见解，可谓卓识。知几在他的史学事业中，曾经不遗余力地清算在以往史书中大量泛滥的有关灾祥的无稽之谈，反对以神话、图谶和寓言人史，反对以神怪故事入史，反对人们对古史之不合情理的穿凿附会，反对以方术家的奇事人史。这说明他一方面捍卫史学的实录直书精神，一方面清算史学中的迷信虚妄。应该说，他的工作是做得很不错的了。尽管他不是个彻底的无神论者，但他的工作足以表明，他同有神论的宗教迷信作了卓有成效的斗争。
受到他批评的，如嵇康《高士传》"好聚七国寓言"，皇甫溢《帝王纪》"多采六经图谶"，次如范晔《后汉书》，以《风俗通》的"王乔凫履"、《抱朴子》的"左慈羊鸣"入史，是"朱紫不别，秽莫大焉。"大唐《晋书》采《幽明录》、《搜神记》中神鬼怪物的记载入史，等等。但受到刘知几最严厉批评的还是班固的《汉书五行志》。
《史通》外篇有《汉书五行志错误》一篇，开篇说："班氏著志，牴牾者多。在于《五行》，芜累尤甚。今辄条其错缪，定为四科：一曰引书失宜，二曰叙事乖理，三曰释灾多滥，四曰古学不精。"看来，这些批判乃从文献学的角度指出《五行志》对灾祥征应的牵强附会，这实际上就是对五行学说的集中批判。刘知几说："其失既众，不可殚论。"刘知几在批判神学时一般是用人事的道理来驳斥荒诞的神学的解释，例如《春秋》昭公十六年记"日有食之"。《五行志》引董仲舒说："以为时宿在毕，晋国象也。晋厉公诛四大夫，失众心，以弑死。后莫敢复责大夫，六卿遂相与比周，专晋国。晋国还事之。"日食是自然现象，董仲舒以"天人合一"的神学目的论附会人事，全是荒诞之言。刘知几指出：② 《史通·书志》。
③ 《史通·书事》。
① 以上引自《史通·书事》。
自昭公已降，晋政多门。如以君事臣，居下幡上者，此乃固昭之失，渐至陵夷。匪由惩厉之拭，自取沦辱也。岂可辄持波后事，用诬先人者乎？
这里明确回答，晋国的六卿擅权乃由于昭公以来政出多门，逐渐演变而成的形势，同厉公时代的日食及厉公诛大夫没什么相干。
再如，《春秋》文公二年载"不雨"。班志附会说："自文王即位，天于使叔服会葬，毛伯赐命，又会晋侯于戚。上得天子，外得诸侯，沛然自大，故致亢阳之祸。"刘知几驳斥道：案周之东迁，日以微弱。故郑取温麦，射王中肩。楚绝苞茅，观兵问鼎。
事同列国，变雅为风。如鲁者，方大邦不足，比小国有余。安有暂降衰周使臣，遽以骄矜自恃，坐招厥罚，亢阳为怪。求诸人事，理必不然。天高听卑，岂其若是也。
对照春秋时代大国争霸、王室衰微的历史形势，我们可知刘知几的见解颇符合实际。这是从人事的情理上去进行判断，还有的则是从事物的理上即"物理"上去判断。在知几的许多论证上，往往说到"理"，提出"以理为本"。
从刘知几对灾祥迷信的批评可以得出这样的看法，他的天人观是反对天人感应的神学迷信。另外他主张要重视人事，反对命定论的历史观，主张人定胜天的历史观。他在《杂说上》曾专门论人事问题。他说：《魏世家》太史公曰："说者皆曰魏以不用信陵君，故国削弱至于亡。
余以为不然。天方令秦平海内，其业未成，魏虽得阿衡之佐，易益乎？"夫论成败者，固当以人事为主，必推命而言，则其理悻矣。??夫推命而论兴灭，委运而忘褒贬，以之垂诫，不其惑乎？
这段议论的中心议题是以人事为主论成败。在知几看来，决定历史兴衰变化的是人事，而不是命运。失败者根源于其自取覆亡的人事，并不是灾异所致；成功者根源于他们德才兼备、神武智能的人事，并不是祥瑞所致。刘知几否定命运、重视人事的思想表明他在天人观上已摆脱了天人合一思想的束缚，并且着力阐述人事的作用。
需要指出，知几这一大段议论乃是由司马迁的一段话而诱发出来的。在刘知几看来，司马迁论成败，不是以人事为主，乃推命而言。"自兹以后，作者著述，往往而然"。因此，有必要把握司马迁议论的原意，司马迁在《魏世家·赞》讲的一段话表达了他同世俗不同的见解。人们都认为魏国之所以弱而亡国，原因就在于国君没有重用信陵君。司马迁则认为，"天方令秦平海内，其业未成，魏虽得阿衡之佐，曷益乎？"这里的关键是对"天"的理解。在《史记》一书中，司马迁常常谈到"天"，他讲的所谓天，涵意并不一样，有时候是指冥冥中在支配着人事的一种天命，有时候则是指一种形势或时势。司马迁并没有完全摆脱"天人感应"论的影响，他也劝诫国君重视天人感应。曾说："太上修德，其次修政，其次修救，其次修攘，正下无之。"① 《史通·五行志杂驳》。
① 《史通·五行志杂驳》。
①所谓"修救"，是指在上天示警后，国君要改过从善。以消灾异。所谓"修禳"，是指搞好祭把，祈求上天保佑，收回警告。所谓"正下无之"，指暴虐之君，德、政、救、禳一概不修，必遭灭亡。由此可知，司马迁是把人事（修德、修政）放在首位，把天事放在第二位。"天方令秦平海内"，这个天是指的时势，时势的具体内容就是他在《六国年表序》中所说的"世异变，成功大"。也就是说秦