种意义上说，牛根生是当年伊利的第一功臣，伊利８０％以上的营业额来自老牛主管的各个事业部。除了业绩，牛根生在伊利员工当中的威望，并不比董事长郑俊怀差，人们对牛根生的信服来源于他的为人之道和人格魅力：一个普通工人得了重病，牛根生第一个捐款，一次就是１万元；有段时间，通勤车司机有事，牛根生代劳，一个新工人不认识牛根生，一个劲地向别人夸奖牛根生：新来的胖司机态度真好，让他停哪儿就停哪儿；因为业绩突出而奖了一笔钱可以买好车，牛根生折合成４辆面包车，分给自己的直接部下；１００多万的年薪，牛根生基本上都分给了自己的员工。
然而，随着时间的推移，随着伊利的发展，牛根生与郑俊怀之间却产生了分歧。牛根生找郑俊怀反映问题时，第一次感到老大哥眼神里传递出的陌生感和不信任感，牛根生似乎明白了什么。如果仅仅是威望和不俗的业绩，倒也不至于让郑俊怀最终和牛根生反目成仇。记者经过多方走访之后，最终从几位既了解伊利又了解蒙牛的老员工那里得到了真相，郑俊怀决定和牛根生决裂的导火索在于企业发展战略的分歧。记者提到这一点的时候，牛根生对此没有异议。
郑俊怀的战略思想是稳中求升，而牛根生的战略思想却是大胆挺进，利用一切可以利用的手段和资源让伊利超常规成长。但是，郑俊怀担心，如果伊利按照牛根生的战略思想发展，自己就会对伊利失控，这是他绝对不允许发生的。这时候，郑俊怀已经下决心让牛根生出局。当牛根生意识到这一点的时候，他已经很难在伊利施展他的抱负了。
牛根生一共向郑俊怀递交了三次辞呈。第一次和第二次，郑俊怀都说了一些挽留的话：“没有这个意思啊，你误会了！”牛根生只好收回了辞呈。但牛根生发现自己的环境不仅没有改变，而且越来越恶劣。牛根生第三次递交辞呈是在伊利的一次董事会上。牛根生将辞呈放到郑俊怀的面前，第一次将辞职的事情摆到了桌面上。牛根生对郑俊怀说：“郑大哥，如果你想让我离开，我现在就正式辞职，至少不能因为我个人影响企业的发展。”郑俊怀脸色有些难看，但还是说：“我并没有这个意思啊！”牛根生接过话，说了一句：“那我就收回这个辞呈！”当牛根生伸手去拿自己的辞呈时，郑俊怀迅速地用手紧紧摁住了辞呈，对牛根生说：“你先回避一下，我们讨论讨论再做决定！”牛根生一离开，很少激动的郑俊怀突然流着泪对在座的人说：伊利有他没我，有我没他！会后，郑俊怀找牛根生谈话，告诉牛根生：“你不是想辞职吗？那我免你的职。我们采取一个过渡的方式，公司安排你到一个大学进修，但是有两个条件：第一，一定要离开呼和浩特５００公里以外；第二，学习时间不能少于两年。”