自从圣洪爆发后就再没有过任何的改变。然而达尔文的观察结果却证明地球是在不断变化的。对科学真理的崇敬使达尔文面临着潜在的风险。
探险途中什么事情都可能发生。在阿根廷，他与凶恶的独裁者胡安·罗伊斯将军发生了冲突。在领取护照时，达尔文称自己为“自然学家”。“什么是自然学家？”独裁者不解地问。通过翻译，罗伊斯明白了自然学家就是对一切都感兴趣的人。他就此得出结论：达尔文一定是一名间谍。无奈之下，达尔文只得设法取悦罗伊斯而获准自由通行。最后，在当地人的护送下，他穿过了茂密的原始森林，直到遇上了提拉弗格野人。达尔文从没想到过会遇上如野兽一般生活的原始人。他简直不能相信上帝造人会有这样大的差别，像他自己以及剑桥大学的教授是那么文明优雅，而这里的人们却如此粗俗野蛮。这次经历使他相信人原本也来自动物王国，地球上的所有生物其实都有亲缘关系，都是自然进化的结果。
当他们途经非洲好望角时遭遇了滔天的巨浪，“猎犬号”连续遭受巨浪的袭击，第三次巨浪险些将船掀翻。船舱已经进水，船体也被撕裂。假如还有第四次巨浪的话，一切都将不复存在。幸运的是，他们又一次闯过了鬼门关。
达尔文对自然科学的热爱丝毫不受危险环境的影响。他定期把搜集到的标本打包，运回给剑桥大学的汉斯洛教授。按说他每到一个港口就应收到来信，但两年来一直没有汉斯洛教授的回音。达尔文开始怀疑自己的努力是否有价值，这次旅行可能只是浪费时间。又过了一段时间，汉斯洛教授终于来信了，他说非常喜欢达尔文搜集的标本，并高度赞扬了达尔文的工作。达尔文高兴极了。汉斯洛甚至在英国科学家中散布达尔文发现动物化石的事情，使达尔文很快就成了一个名人。
然而，这些标本与达尔文在厄瓜多尔邻近的一些小岛上发现的化石相比根本无足轻重。达尔文也没有意识到在加勒比岛屿上的发现，将会彻底改变他的命运和整个西方历史学的传统观点。因为这些小岛给达尔文的第一印象并不美好，从远处看岛上如地狱般荒凉，仔细考察之后，才发现岛上有许多奇怪的异域生物，至今仍生存着史前生物，简直就像一个野外的实验室。这些极不寻常的岛屿直到几百年前才开始有人类定居，而岛上的野生动物似乎丝毫不惧怕人类。达尔文注意到，每个岛上的动物都有几乎相通的生理特征和生活习性。一个岛上的鸣鸟都有很长的嘴，以便于捕食昆虫；而在另一个岛上的鸣鸟则都长着沉重的大嘴，可以很容易地砸碎坚果。达尔文终于认识到所有这些动物物种都来自同一个祖先。《圣经》里说，世上所有的动物在造物之初便已定型。而加勒比地区的动物形态使达尔文相信动物都是会进化的。
达尔文的发现似乎直接向上帝发起了挑战。他在给一位朋友的信中说，“我感到自己好像犯了谋杀罪，然而我真的相信动物是可以进化的”。因为谋杀是顶级的罪行，犯谋杀罪的人都要受到严惩，达尔文觉得自己将要受到严惩。虽然在父亲的安排下，他学过医学和神学以进入上层社会，然而现在他所思考的一切却是在向传统的观念发起挑战，同时也使自己成了一个反叛者。