次赴颐和园，请示开懋勤殿办事，拟安插维新派康有为等为懋勤殿顾问。这是康有为的建议：仿先朝开懋勤殿议事，选举英才，并邀请东西洋专门政治家共议制度，将一切应革之事全盘筹算，然后施行。如此一来，军机处将被架空。有说当光绪向慈禧提出这一请求的时候，“太后不答，神色异常”。从慈禧的表情上看，光绪感到变法已出现危机。有说慈禧被激怒，痛责光绪坏祖宗之法，要把祖宗家业葬送在康有为之手。光绪虽当时硬顶：“儿宁可坏祖宗之法，不忍弃祖宗之民，失祖宗之地，为后人耻笑。”但他面色苍白、大汗淋漓，感到前所未有的恐惧。自7月以来，京师便流传着“换皇上”的谣言。光绪得知自己将在9月间陪慈禧一起到天津阅兵，不禁揣测那是否是慈禧以其心腹荣禄发动兵变、废立皇帝、解决新党的一着将军之棋呢？9月15日，光绪担心后党近期内要采取非常行动，于是带给维新派一道密诏，如下：
赐杨锐
近来朕仰窥太后圣意，不愿将法尽变，并不欲将此辈老谬昏庸之大臣罢黜，而登用英勇通达之人令其议政，以为恐失人心。虽经朕屡次降旨整饬，而并且有随时几谏之事，但圣意坚定，终恐无济于事，即如十九日之朱谕，皇太后已以为过重，故不得不徐留之，此近来实在为难之情形也。朕亦岂不知中国积弱不振，至于阽危，皆由此辈所误，但必欲朕一早痛切降民将旧法尽变而尽黜此辈昏庸之人，则朕之权力，实有未足。果始如此，则朕位不能保，何况其他？今朕问汝，可有何良策，使旧法可以渐变，将老谬昏庸之大臣尽行罢黜，而登进英勇通达之人，令其议政。使中国转危为安、化弱为强，而又不致有拂圣意。尔等与林旭、谭嗣同、刘光第及诸同志等妥速筹商，密缮封奏，由军机大臣代递，候朕熟思审处，再行办理，朕实不胜紧急翘盼之至。特谕。
密诏说他已感到皇位不保，要求杨锐等迅速筹商一个既可以使旧法“渐变”，又不违背太后“圣意”的两全之策。维新派几经筹商，由康有为于9月初上密折建言：“请仿日本参谋本部，选天下虎罴之士、不二心之臣于左右，上亲擐甲胄而统之。”他分析了几个握有重兵的将领后，认为袁世凯“夙驻高丽，知外国事，讲变法，昔与同办强学会”，可为“虎罴之士、不二心之臣”。于是，9月16日光绪召见袁世凯，破格赏候补侍郎，专责练兵事务，并随时具奏应办事宜。此举引起后党惊惧，荣禄谎称英、俄在海参崴开战，大沽口外战舰云集，将聂士成军调驻天津、董福祥军调驻北京长辛店，命袁世凯迅速回防，以防他变。京津气氛顿时紧张。维新派决定铤而走险，由谭嗣同去游说袁世凯，要他举兵勤王。当晚，谭嗣同秘密到京郊法华寺见袁世凯，希望他亲率敢死将士数百名，拥光绪帝登上午门，杀荣禄，除旧党。袁世凯慷慨激昂，表示誓死效忠皇上，但又表示立即举兵勤王有困难，他说：“杀荣禄乃一狗耳，然吾营官皆旧人，枪弹火药皆在荣禄处，且小站去京二百余里，隔于铁路，虑不达事泄。若天津阅兵时，上驰入吾营，则可以上命诛贼臣矣。”谭嗣同无奈，只好同意等到天津阅兵时再作计议。
而同一天，御史杨崇伊（李鸿章亲家）通过奕劻递密折请太后“即日训政”。密折除了攻击维新派和帝党外，特别指出要防止维新派同东人（日本人）勾结乱政：“风闻东洋故相伊藤博文，即日到京，将专政柄……伊藤果用，则祖宗所传之天下，不啻拱手让人。”当时日本前首相伊藤博文正来中国访问，“京朝大小官吏奏请皇上留伊藤在北京为顾问官”，“持此议者甚多”。慈禧不担心维新派上书言事，却担心他们掌握武装、与外国势力联合。当天傍晚，光绪离开了颐和园，并将于9月20日会见伊藤博文；袁世凯则将于9月19日陛辞出京。慈禧对此不能不防，遂决定乘时政变。9月19日，慈禧带领随从突然从颐和园赶回紫禁城皇宫，光绪慌忙出迎。慈禧不理，径直进入光绪寝宫，将所有章奏归拢在一起，携之而去，并怒气冲冲指着光绪道：“我养汝二十余年，乃听小人之言谋我乎？”光绪“战栗不发一语”，良久嗫嚅道：“我无此意。” 慈禧唾之曰：“痴儿，今日无我，明日安有汝乎？”遂传懿旨，以上病不能理万机为辞，临朝训政。从这晚起，光绪即被囚禁在中南海瀛台涵元殿，此后，他虽还有些活动，但已处在慈禧及其爪牙的严密监视之下。9月21日，慈禧以光绪的名义发布诏书，宣布太后训政，并命逮捕康有为等人。康、梁逃往日本。谭嗣同被捕牺牲。
关于慈禧为何发动戊戌政变，众说纷纭。
一种意见认为，慈禧是顽固保守派的代表人物，始终站在顽固、守旧立场上阻挠和反对变法。这是几十年来的传统观点。
一种意见认为，慈禧和光绪嫌隙已深，现在光绪要自主，她内心愤恨，便想索性废掉光绪，于是一开始便做了部署，最终发动政变。
一种意见认为，慈禧说不上有何政见。如光绪因其上书受阻曾怒罢礼部六堂官的王照，即是这种看法。他说，戊戌政变，“许多外人误以为是慈禧太后反对变法所致，其实，慈禧是个只知道权力却没有什么政见的人。光绪皇帝和慈禧的争论，纯粹是家务之争。所以要依我的看法，如果把主张变法的名义奉送给慈禧，让慈禧太后在名义上成为改革旗手，那么光绪搞改革的理想是可以实现的。”但康有为坚持“扶此抑彼”，认为慈禧“是个万万不可造就的东西”。
一种意见认为，戊戌政变的直接动因与其说是政策之争，毋宁说是慈禧察觉了康氏有针对她个人的举兵夺权的计划。
现在越来越多的人认为，把慈禧说成完全因反对维新而发动政变，至少是把复杂的历史事件看得过于简单了。不应把慈禧简单划归为保守派之列。她早年曾力排保守权贵的势力，支持洋务运动，也曾对光绪的变法愿望予以赞同；她与光绪还是有亲情的。与其说她的思想接近保守派，不如说更接近洋务派；她并不是变法不可逾越的障碍。溥仪《我的前半生》指出，“戊戌变法在某种程度上说，是清政府各个派系之间妥协的产物，是他们面对清王朝所处的实际困境而共同寻求的解救之道。”早在变法活动酝酿之初，慈禧即曾对光绪道：实行变法乃是我一贯的主张，早在同治初年就曾依曾国藩所奏派子弟出洋留学造船制械，如能通过变法使国家富强，你可放手为之，我绝不从中作难。但如日本那样，连衣服皇历都学洋人，“则是得罪祖宗，断不可行。”只不过告诫光绪“毋操之过蹙而已”。光绪发布了由翁同龢起草的《明定国是诏》，把讲求西学、变法自强作为清王朝的国策，使维新运动取得了合法地位。此时慈禧的态度不仅不反对，还在相当长的时间内同情和支持变法。但由于政治变革过急过剧（三个月的变法措施足够当时中国消化三十年）而超出了社会公众的承受能力，使社会秩序处于极端危机的状态中。加之康有为为首的维新派采取了错误的孤立与排斥慈禧的政治战略，结果使以怀塔布、刚毅、叶德辉等为代表的原先就反对改革的保守派，以慈禧、荣禄为代表的有限地同意改革的既得利益派，以孙家鼐等为代表的原先曾支持改革的温和派，出于对激进的变法政策的共同不满而联合起来，最终导致了政变的发生。