在戊戌政变中，慈禧剥夺了光绪全部的权力，将戊戌变法淹没在血泊之中、变为短命的“百日维新”。然而，仅仅两年多，经过义和团运动和八国联军侵占北京等一系列历史巨变，慈禧自己也走上了“变法”之路，推行“清末新政”近十年，其深度和广度甚至超过了戊戌变法。
光绪二十六年十二月初十日（1901年1月29日），慈禧于西安（1900年庚子事变西逃）发布了实行变法的上谕，此为清末新政之始。全文如下：
世有万古不易之常经，无一成不变之治法。穷变通久，见于大《易》。损益可知，著于《论语》。盖不易者三纲五常，昭然如日星之照世。而可变者令甲令乙，不妨如琴瑟之改弦。伊古以来，代有兴革。即我朝列祖列宗，因时立制，屡有异同。入关以后，已殊沈阳之时。嘉庆、道光以来，岂尽雍正、乾隆之旧。大抵法积则敝，法敝则更，要归于强国利民而已。自播迁以来，皇太后宵夜焦劳，朕尤痛自刻责。深念近数十年积习相仍，因循粉饰，以致成此大衅。现正议和，一切政事尤须切实整顿，以期渐图富强。懿训以为取外国之长，乃可补中国之短；思前事之失，乃可作后事之师。自丁戊以还，伪辩纵横，妄分新旧。康逆之祸，殆更甚于红拳。迄今海外逋逃，尚以富有、贵为等票诱人谋逆。更藉保皇保种之妖言，为离间宫廷之计。殊不知康逆之谈新法，乃乱法也，非变法也，该逆等乘朕躬不豫，潜谋不轨。朕吁恳皇太后训政，乃拯朕于濒危，而锄奸于一旦。实则翦除乱逆，皇太后何尝不许更新；损益科条，朕何尝概行除旧。执中以御，择善而从，母子一心，臣民共见。今者，恭承慈命，一意振兴，严禁新旧之名，浑融中外之迹。我中国之弱，在于习气太深，文法太密，庸俗之吏多，豪杰之士少。文法者，庸人藉为藏身之固，而胥吏倚为牟利之符。公事以文牍相往来而毫无实际，人才以资格相限制而日见消磨。误国家者在一私字，困国家者在一例字。至近之学西法者，语言文字、制造器械而已。此西艺之皮毛，而非西政之本源也。居上宽，临下简，言必信，行必果，我往圣之遗训，即西人富强之始基。中国不此之务，徒学其一言一话、一技一能，而佐以瞻徇情面、自利身家之积习。舍其本源而不学，学其皮毛而又不精，天卜安得富强耶！总之，法令不更，痼习不破；欲求振作，当议更张。着军机大臣、大学士、六部、九卿、出使各国大臣、各省督抚，各就现在情形，参酌中西政要，举凡朝章国故，吏治民生，学校科举，军政财政，当因当革，当省当并，或取诸人，或求诸己，如何而国势始兴，如何而人才始出，如何而度支始裕，如何而武备始修，各举所知，各抒所见，通限两个月，详悉条议以闻。再由朕上禀慈谟，斟酌尽善，切实施行。自西幸太原，下诏求言，封章屡见。而今之言者，率有两途：一则袭报馆之文章，一则拘书生之成见，更相笑亦更相非两囿于偏私不化；睹其利未睹其害，一归于窒碍难行。新进讲富强，往往自迷本始；迂儒谈正学，又往往不达事情。尔中外臣工，当鉴斯二者，酌中**，通变达权，务极精详，以备甄择。惟是有治法尤贵有治人。苟得其人，敝法无难于补救；苟失其人，徒法不能以自行。流俗之人，已有目短，遂不愿人有一长。以拘牵文义为认真，以奉行故事为合例，举宜兴宜革之事，皆坐废于无形之中；而旅进旅退之员，遂酿成此不治之病。欲去此弊，其本在于公而忘私，其究归于实事求是。又改弦更张以后，所当简任贤能上下交儆者也。朕与皇太后久蓄于中。事穷则变，安危强弱全系于斯。倘再蹈因循敷衍之故辙，空言塞责，省事偷安，宪典具存，朕不能宥。将此通谕知之。
此谕说如今皇太后和皇帝“母子一心”，“一意振兴”，实行变法，“事穷则变，安危强弱全系于斯”！此谕还限期要求朝廷百官、驻外使臣、各省督抚就如何变法各抒己见。光绪二十七年（1901年）三月初为“变通政治，力图自强”，下令成立以庆亲王奕劻、大学士李鸿章等人组成的“督办政务处”。七月，下令自明年起科考取消八股文。八月初，下令整顿京师大学堂，将各地原有书院改成学堂，要求各省城设大学堂，各府设中学堂，各县设小学堂。又命各省选派学生，以官费送出国留学，学成后将分别赏给进士、举人的头衔。废除八股文而代之以策论，改旧式书院为新式学堂，戊戌政变后即被慈禧否定，现重新恢复。各省派遣公费留学生，则是百日维新还未提出过的。
慈禧为首的清廷在这个时候决意变法，当然首先有讨好列强、博取其信任，以期早日签订和约的用意。买办官僚盛宣怀看到前引变法上谕后即说：“今两宫一心，已饬议行新政，将来中外必能益加修睦，悉释前嫌。”他为清廷草拟致列强政府的信稿中这样写道：“敝国现议实行新法，正期图报各大国之惠于后日。”正式发出的国书中“实行新法”四个字改成了“力行实政”。这些都清楚地反映出新政的实质。
慈禧回到北京后，从1901年到1905年，先后颁布30多道上谕，推行新政。主要内容有：
一、改革官制。光绪二十七年（1901年），清廷应帝国主义列强的要求，撤销总理各国事务衙门，改设外务部，“班列六部之前”。为适应“新政”的需要，光绪二十九年着设商部（后来与工部合并，改为农工商部）、练兵处（后来与兵部合并，改为陆军部），光绪三十一年又增设巡警部（后改为民政部）、学部。在此期间，先后裁撤了河东道总督、云南、湖北、广东三省巡抚及詹事府（并入翰林院）、通政司等“冗衙”，并宣布裁汰胥吏差役、停止捐纳实官（“虚衔、封典、翎枝、贡监”等除外）、废除勒索性“陋规”、“供应”等。自隋唐以来传统的六部建置至此瓦解。
二、改革经济。由前一年派往英国、法国、比利时、美国、日本考察的宗室亲贵载振任商部尚书，管理商、工、矿业和铁路。并制订商法，陆续公布了《商律》、《公司注册试办章程》、《商会简明章程》、《奖励公司章程》以及《矿务章程》、《试办银行章程》等。1905年，商部在北京设立劝工陈列所、高等实业学堂，开办户部银行。《奖励公司章程》后经修订，还公布了《奖给商勋章程》、《华商办理农工商实业爵赏章程及奖牌章程》等。提倡奖励实业，振兴商务，鼓励私人出资兴办企业、交通，保障工商业者权益和提高工商业者地位，促进了近代民族资本主义的发展。在大、中城市，新的“商绅”阶层开始崛起，他们不仅跻身于传统“士绅”的行列，而且有取代