中国河清海晏国泰民安？这样一来，不但洋人瞧不起，连老百姓也瞧不起。洋人瞧不起你他就欺负你，老百姓瞧不起你他就不服你，这样就会出事儿，祖宗的基业就会毁于一旦……今儿我也把话撂在这里了，谁让我这个生日过得不舒服，我让他一辈子不舒服。”
后清军接连失利，黄海之战北洋水师严重受挫，金州、大连相继陷落，旅顺万分危急，慈禧不得不停办颐和园受贺事宜，在紫禁城内的宁寿宫度过了六十岁生日。但仍奢华已极，九月二十五日全国各地开始呈进万寿贡物，十月初一庆典正式开始，十七日结束，其中唱戏三天，前后将近一个月，共用银五百四十一万六千一百七十九两。当时户部给前线的战争筹款却只有二百五十万两，不足庆典一半。史家叹道，如果当时没有慈禧六旬庆典，全国上下全力对日作战，战争结局或许全然不同。
十年后，光绪三十年（1904年）十月初十，慈禧太后又过七十大寿。章太炎做了一副对联，如下：
今日到南苑，明日到北海，何日再到古长安？叹黎明膏血全枯，只为一人歌庆有。
五十割琉球，六十割台湾，而今又割东三省，痛赤县邦圻益蹙，每逢万寿祝疆无。
在和战问题上，人们以光绪为主战派；以李鸿章为主和派；认为慈禧起初主战，后来转而支持李鸿章主和。
光绪主战，十分鲜明。朝鲜东学党起事平息后，清廷照会日本同时撤兵，日本不予理睬，并不断挑衅、制造事端，战争一触即发。对此，光绪主张坚决回击。他给李鸿章的上谕道：“现倭韩情事已将决裂，如势不可免，朝廷一意主战。李鸿章身庸重寄，熟谙兵事，断不可意存畏葸”，“若顾虑不前，徒事延宕，驯致贻误事机，定惟该大臣是问”。光绪二十年（1894年）六月二十三日，日本不宣而战，在丰岛海面击沉了清朝增援牙山的运兵船“高升号”。二十七日又向牙山的清军发动猛攻。七月初一，清廷向日本正式宣战。同一天，日本对清廷宣战。然而清朝主持前方战事的李鸿章采取保存淮军实力的方针，把希望寄托在俄、英等国的调停上。光绪则明确表示，“不宜借助他邦”，要以本**力战胜日本。但他没有实际经验，不了解中日双方的力量对比，所指定的作战方案含有不少空想成分，加之清军武备废弛，指挥失当，结果“水陆交绥，战无一胜”。然直到十月二十一日日军攻陷旅顺，以慈禧为首的后党迫不及待要求议和，不惜割地赔款时，光绪仍表现了鲜明的主战态度，对作战不力、贻误大局的李鸿章严加惩处，“拔去三眼花翎，褫去黄马褂”，告诫他“旅顺既为敌据，现又图犯威海，意在毁我战舰，占我船坞，彼之水师可往来无忌……着李鸿章、李秉衡飞饬各防军，昼夜巡逻，实力严防，不得稍有疏懈”。
慈禧开始亦主战。这与她一贯的思想和做法是一致的。第二次鸦片战争时，时为懿贵妃的慈禧极力谏阻，请求咸丰留在北京，继续抵抗，触怒了咸丰，险些引来杀身之祸。后奕訢与英法联军签订《北京条约》，懿贵妃深以为耻，曾劝咸丰废约再战，因咸丰病危作罢。此次战争初期，慈禧与光绪一样估计不足。光绪事事均请示慈禧，慈禧的态度主战无疑——光绪对诸大臣说：“朝廷一力主战”，“并传懿旨也主战”。然随着战场失利的消息频频传来，慈禧由主战转向主和。促使她转向主和的决定因素有二，一是旷日持久的战事，势必影响她的六十庆典活动，一是帝党的形成。其中第二个因素又是最重要的因素。
甲午年中日开战前后，围绕着“主战”，光绪采取了两项重大措施。一是整顿军机处；一是筹措巨额战费。如前述，光绪十年（1884年），慈禧与奕譞合作发动“甲申易枢”，将奕訢为首的军机大臣全部罢黜，代之以平庸的礼亲王世铎及额勒和布、阎敬铭、张之万、孙毓汶等人。面临战争，这个班子明显运转不灵，难担重任。光绪果断任命主战大臣翁同龢、李鸿藻参与军机处事务，军机处重要事宜都须与翁同龢、李鸿藻协商。战争爆发后更直接授命翁同龢、李鸿藻、刚毅为军机大臣。后又鼓动词臣上书，吁请十年前被罢黜的奕訢重新出山，使奕訢得以“管理总理各国事务衙门，并在内廷行走”。在慈禧看来，改组军机处，那是夺取她控制朝政的大权；停建颐和园，那是藐视她的存在，触犯皇太后至高无上的尊严。
八月，平壤之战，清军失利，左宝贵等将领壮烈牺牲，统帅叶志超一夜狂逃三百里，仓皇渡过鸭绿江退回中国境内；黄海之战，中日战平，邓世昌等壮烈殉国，中方损失4艘战舰，李鸿章抛出所谓“保船制敌”的方针，命北洋水师全队避入威海卫港内，不准出港与日军交战。慈禧终于站到台前，公然干预光绪的执政了。
她先发懿旨，表示今年庆典仍在皇宫举行。而后连续召集重臣会议，提出议和，派翁同龢赴津要求李鸿章设法媾和。每次会议，光绪支持的主战派翁同龢、李鸿藻与慈禧支持的主和派孙毓汶、徐用仪等均发生激烈争执。慈禧索性抛开光绪，通过奕訢、李鸿章两条线加紧开展调停、议和活动。与之同时，她痛下狠手，教训光绪、整饬后宫、打击帝党。于是发生了前述珍妃一案。十二月，清廷派户部侍郎张荫桓、湖南巡抚邵友濂赴日本求和，翌年（1895年）正月初抵达日本。时日军正在准备进攻威海，决定彻底消灭北洋海军、给京津造成直接威胁后再谈，以进行最大限度的勒索，遂照会清廷，以张荫桓非全权特使、官秩稍低为由不予接待。慈禧当即议和的愿望没有实现。十八日，日军攻陷刘公岛，北洋海军全军覆没。清朝派出李鸿章乞和。三月二十八日，李鸿章在日签署的《马关条约》文本送到北京，须由光绪“用宝”（签押）后，再送往山东烟台与日本换约。这是从未有过的丧权辱国的条约：赔偿军费二万万两；割让台湾与澎湖列岛；开放更多通商口岸；允许日人在中国设厂制造等。消息传来，举国震动。外省封疆大吏纷纷致电、上奏坚决反对；刚参加完会试，正在等待发榜消息的各地举人，也上书反对签约。一时间，“拒和迁都，毁约再战”的呼声震撼朝野、震撼人心。二十九日，光绪如常召见军机大臣。孙毓汶将文本呈给光绪，称：无论如何应在今日批准。光绪说：条约要割台湾。台湾一割，天下人心皆去。朕何以为天下主？孙毓汶称：前线屡战屡败，如不签约，倭人将犯京师，奈何？光绪大怒：此约关系重大，汝欲逼朕签约不成？应先请太后懿旨，再作定夺。不料，慈禧称病闭门不见，在这个时候又做出“已归政”的架势，冠冕堂皇地说：“一切请皇帝旨办理。”光绪“徘徊不能决，天颜憔悴”。四月八日，光绪最终颁谕批准《马关条约》。回到读书的毓庆宫后，光绪与师傅翁同龢“战栗哽咽，相顾挥涕”，痛不欲生。十天以后，光绪下令大小官员一律到内阁观看他的一篇朱谕。这是他对战败的交代。他字字血泪地说，嗣后“君臣上下，惟当艰苦一心、痛除积弊，于练兵筹饷两大端，尽力研求，详筹兴革，勿存懈志。勿骛空名，勿忽远图，勿沿故习，勿期事事核实，以收自强之效”。他只说要增强军事力量，他没有说和约的签订是因为慈禧已“意有所归”。