增建教职员住宅，所需经费益多，乃停止派遣留美女生和专科生，并逐年停招旧制中等科学生，以所节省之经费，改办大学。1924年，外交部不肯接济，只得转向“基保会”借贷。曹云祥盘算，基金存款年息6%，学校向银行借款之年息为8%，如向基金会借，则清华仅需负担利息2%而已，不过，基金会也因此短收4%的利息。曹云祥估计依照他的计划，1922年至1928年间，学校须借款157万元，始能满足需求。1926年美金升值至3.8银元，清华学校经费收入略有所增，但仍感不足。
曹云祥上任不到一年，学校就与北京大学发生了矛盾。1922年12月2日，两校在西城第四中学举行足球比赛，清华获胜。北大对结果表示不满，由是发生纠纷，北大学生群起殴斗，清华足球队队长辛君文，队员看线员戴昭然，队员翟克恭“被围打，或则老拳临头，或则尖脚踢后，拳脚既毒，继以拖拉。同时詈声大作，不堪入耳”。清华的汽车玻璃被打破，曹云祥校长、王文显副校长、体育主任马约翰“均遭辱殴，不留余地”。清华学校评议部紧急开会，要求北大校长蔡元培惩办肇事者，赔偿损失，并且向清华道歉。清华学生会将此事通过上海《申报》，通电全国。体育部发函致北京校际比赛委员会，要求赔偿130元大洋。 在评议部举行的会议上，曹云祥报告了北大殴伤清华足球队队员的事情，校中对此事进行办法，曹云祥也发表了个人意见。
在清华学校任职半年以后，曹云祥便从外交参事厅搬进学校，住在近春园里的一座德式小楼里。近春园在熙春园的中心地带，古月堂和工字厅都是园内的建筑。清华学校的高级教职员大多住在近春园周围。曹云祥搬来不久，近邻就发生了一次“古月堂风波”。