国高深之经史哲学；其研究之法，可以利用科学方法，并参加中国考据之法”，“寻出中国之国魂”。
曹云祥提出国学研究是要“寻出中国之魂”，即中国文化的精神，也是当时许多国学研究实体与人物的共同想法。当时的国学人物提出“融会中外，博通古今”的口号，在充分吸收外来学术文化的前提下，重铸学术与教育之魂。从宏观战略的高度上提出了中国传统学术对重建中华文化与中华之魂的意义，足可以为今人所借鉴。国学在当时被充分重视，不是偶然的，而是近代以来中国人经过审慎的文化选择与文化反思才形成的文化自觉意识。
曹云祥出任校长后，对于育人的目标有了更加深刻的理解和清晰的认识。他认为，清华学校的教育目标，是培养造就“中国未来的领袖”。而中国领袖必须有世界眼光。曹云祥于此把耶鲁精神和巴哈伊教结合起来，形成自己办清华的指导思想。
曹云祥在耶鲁大学接受的领袖教育，使他认识到，清华的培养目标也应该是培养中国的领袖人才。他主张，“为领袖者必有领袖之才。以力服人者，非真人才也。惟以德服人者，始可为社团精神之指挥灵，而为真领袖也。真领袖人才必须具备之资格如下：曰态度，曰言语，曰礼仪，曰机变，曰乐观，曰公正，曰纲纪，曰义务，曰团体，曰爱国，曰知人。” 这是把耶鲁精神和中国文化结合起来的一种主张。
而巴哈伊教主张全球一体化，有关国家的观点非常新颖，巴哈欧拉说：“在今天，致力于为全人类服务的人才是真正意义上的人……爱自己的国家并不值得骄傲，爱全世界才真正值得自豪。” 因为“团结之光那么灿烂，它能照亮整个世界”。