犯了旧的传统观念、冲击了校方的陈规戒律而被开除学籍。后来，他在威尼斯共和国帕都瓦大学任教，并于1537年12月6日获得博士学位。
功夫不负有心人，根据他所积累的丰富经验，历经五年，维萨里于1543年发表了划时代的巨著《人体的结构》。在这部书中，他首次正确地描述了静脉和人类心脏的解剖，改正了盖仑关于肝、胆管、子宫和颌骨等解剖上的错误二百余处，给予了人们一个全新的人体解剖知识。从此后，解剖学才得以更加深入的发展，近代医学也在这个基础上逐步形成。
维萨里这本书的发表引起了当时的解剖学家和医生们的震惊，同时也引起了教会和以盖仑的后继者们为代表的守旧派攻击。
在教会的迫害下，维萨里在《人体的结构》一书出版的第二年，愤然离开帕都瓦前往西班牙，并担任了国王查理第五的御医，从此中断了对解剖学的研究。
但维萨里依然没能躲过教会的魔爪。1644年，宗教裁判所以他用活人做解剖为由，判处他死刑。原因是他为一名西班牙贵族做尸体解剖剖开尸体胸膛时，监视官认定“死者”的心脏还在跳动，也就是说“死者”还没有真正的死去。维萨里百口难辩，幸因国王庇护，才免于死罪，改判往耶路撒冷朝圣。在返回途中，因航船遇险，不幸身亡，终年50岁。