在医生告诉她孩子可能没救的情况下，她仍旧不眠不休地照顾藤森，3天之后，藤森终于平安地度过了危险期。
所谓大难不死，必有后福。六田因此更加相信藤森将来必定有大作为。
在别国的土地上讨口饭吃并不容易，藤森一家在秘鲁可谓是受尽了白眼和欺凌。尤其是日本偷袭珍珠港以后，秘鲁政府在美国的压力下对日本人实施了不公平的活动限制，所有的日本小学和初中都被关闭。日本人开办的零售店、工厂和其他商业也都被秘鲁政府控制了。
藤森一家用惊恐的目光注视着这一切，不过好在第二次反日浪潮并没有出现。整个战争期间，藤森一家和所有日裔家庭一样在动荡和恐惧中度过。在美国政府的指令下，秘鲁政府列出了一份著名日裔人士的黑名单，定期提审或拘禁。有一次，直一还被带到了警察局，后来在六田的据理力争下警察才释放了他。在以后的岁月里，母亲的这种倔强的性格对藤森产生了巨大的影响。
藤森就在这种贫穷、鄙视、暴力威胁的不安定中成长着。童年的生活环境和经历造就了藤森坚强果敢的性格，要出人头地的想法也渐渐在他幼小的心灵中扎下了根。
藤森天资聪颖，读书非常刻苦，小学和初中的学习成绩都是全校第一。1955年，他又凭借全校最高分顺利考入秘鲁著名的莫利纳农业大学农业工程系，6年后又以第一名的成绩从该校毕业。此后，他又前往欧美留学，先后就读于法国斯特拉斯堡大学和美国威斯康星大学。学成归国以后，藤森回母校秘鲁农业大学执教。1984年，时年46岁的藤森被提拔为农大科学系主任，同年又当选为该校校长。3年后又被任命为秘鲁全国大学委员会主席。