，一面对叙利亚发动了全面进攻。以色列军队在通往叙利亚的库奈特腊至大马士革公路以北，兵分三路向具有重要战略地位的戈兰高地攻击。叙军英勇顽强，但以军还是以沉重的代价打开了叙军阵地的缺口。激战延续到6月10日，以军占领了戈兰高地的大片土地，包括库奈特腊要地，从而控制了通往大马士革的几条主要公路，夺取了阿拉伯地区最后到达黎巴嫩的输油管。
以色列在三条战线上同人数众多、装备精良的部队作战，以一次罕见的闪电战，获得了“辉煌和决定性的胜利”。战争前后共6天，以色列以少胜多，可以说创造了奇迹。3个阿拉伯国家受到重创，埃及官兵死亡11500人，受伤和被打散3万多人，被俘5500多人；约旦军队死亡和失踪6100人，伤700多人，俘400多人；叙利亚军队死亡2500人，伤5000人，被俘600人。而以色列只死亡809人，伤的也不多。通过这次战争，以色列侵占了约旦河西岸、耶路撒冷城的约旦管辖区、加沙地带、埃及的西奈半岛和叙利亚的戈兰高地，达6500多平方公里的土地。在战争中侵占的土地，相当于以色列原有土地的4倍。
以色列之所以取胜，主要是思想动员得力，战略战术周密；出敌不意，攻敌不备，也是制胜的主要原因。阿拉伯三国，明显存在战略战术上的错误，而三者配合不好也是其失败的主要原因。“六天战争”后，拉宾和达扬成了举国上下的英雄，拉宾在军界声名鹊起，他的训练、组织、计划工作完美无缺。自此，以色列有了安全感。
3. 神秘的爆炸——“自由号”被毁
在“六天战争”期间的6月7日，有几份电文不仅震动了以色列的高层领导人，而且所涉及的事情险些引起美苏之间的一场核冲突。事情的起因是阿里什附近的海面上发生了一起神秘的爆炸。
第一份电文是一条简短的消息：“在阿里什附近的海面上发生了巨大的爆炸。”拉宾看后十分纳闷，阿里什早已拿下，且又向西推进了五六十英里，为什么他们身后又发生爆炸呢？难道埃及人从海上登陆了？想到这，拉宾命令海军和空军联合行动。但就在命令发出后一小时，第二份电文又到了，说是在阿里什海面上发现一艘不明身份的船只，以军多次侦察它的身份，并主动发讯联系，在始终得不到回答的情况下，根据颁布的攻击身份不明船只的命令，以军战机和战舰猛烈地冲击了这艘船。但这艘船究竟是哪国的呢？这时第三份电文又到了，电文让拉宾大惊失色。因为以军攻击的是苏联间谍船。拉宾等人坐立不安，这不是明显的捅马蜂窝吗？一个令人毛骨悚然的问题，像一把达摩克利斯剑一样悬在人们的头顶上。这不是逼着苏联参战吗？战前美、苏均在地中海聚集了重兵，单苏联舰艇就达70多艘。现在埃、约已败，苏联会不会以这个事件为由参战呢？无论如何，以色列是没法抵挡苏联的进攻的，而“挑衅”的责任却在以色列。最后又会不会导致美国的参战呢？人们议论纷纷，越想越害怕。此时，第四份电文又到了，一切均已弄清，原来那船不是苏联的，而是美国的监听船“自由号”。人们总算松了一口气，但却免不了有一丝丝的苦涩和尴尬。原来，开战前数小时，以色列就通知美方，为防止海上袭击，以军将攻击西奈附近海域上的任何船只，为此，要求美方撤走这一海域的舰船，来不及撤的应向以方明确位置，以免误击。美方把这一通告转达给第六舰队，但由于某些官员玩忽职守，“自由号”竟没有得到通知，结果大难临头了。
“自由号”是艘监听船，职守于间谍工作，它的船长也就没有向询问的以军飞行员说明情况，以军又不明身份，于是实施了攻击。从而产生了第一份电文所说的“巨大爆炸”。而更荒唐的是，以军实施攻击时，“自由号”在未弄清攻击者身份时，就惊慌失措地向第六舰队司令部报告并呼救：他们遭到了苏联空、海军的野蛮攻击。半小时后，约翰逊总统就收到苏联人攻击“自由号”的报告。约翰逊在他后来的自传中写道：
“在接到那份报告后的几小时里，我感到了前所未有的精神压力，经历了有生以来最激烈的思想斗争，因为我必须在吃哑巴亏和命令第六舰队进攻苏联地中海分舰队之间作一个历史性的选择，其后果很可能是两个大国间的核战争！”当时，在美国人也明白了真象以后，感觉和以色列人一样：轻松，但又夹杂着令人尴尬的苦涩。值得人们庆幸的是约翰逊总统没有马上发出攻击苏联的命令，否则，第三次世界大战就在所难免了。
4. 不失时机——逼纳赛尔称臣
当时的纳赛尔，是整个阿拉伯世界的精神领袖，怎样使纳赛尔在精神上彻底崩溃，是整个战争的关键。当埃、约败局已定时，叙、伊（伊拉克）军队正在跃跃欲试，埃、约军队也在重新集结。能否早日结束战争，对以色列也是十分重要的。拉宾看准这一点，因此，他主张尽快攻击叙利亚，以达彻底击垮纳赛尔的目的。但是，达扬坚持不予攻击叙利亚，原因是美国人没有保护以色列的承诺，再攻击叙利亚，将使苏联人丢尽面子，致使苏联参战，那是可怕的。倘若一旦成熟了条件，他也会毫不犹豫地攻击的。拉宾也了解他这一点。
6月6日，戈兰高地的叙军炮击以色列边界定居点，以军还只是境内还击。但机会很快就来了。7日晚10点安理会的停火决议生效，9点时纳赛尔便予以拒绝，理由是决议没有要求以军从所占土地上撤走。对此，拉宾和达扬大喜过望，因为纳赛尔又给了他们进攻的宝贵时机。此时进攻，苏联人是没有理由参战的，因为是他的盟友不肯住手。这时，达扬和拉宾忙指挥以军彻底向苏伊士运河岸边挺进；同对，挥军进攻叙利亚。见形势不妙，纳赛尔又于8日晚同意立即停火，但是拉宾和达扬已彻底改变了初衷，进攻仍然进行着。9日，以军全线进攻叙利亚。叙军在以军的攻击面前，打得极为顽强，以军的许多进展则是靠残酷的肉搏战一寸一寸夺来的。直至9日夜间，叙军的抵抗才开始减弱。原因是出在叙军司令部，为保护大马士革，它命令部队撤出库奈特拉城以北。以叙停火协定于10日下午6点30分生效，但11日和12日以军继续抢占地盘，直到控制了赫尔蒙山战略高地，纳赛尔再三敦促安理会督促停火，低下头来首先在停火协议上签字。
这场历时6天的战争结束了，纳赛尔无可奈何地俯首称臣。以色列人颇为这场用6天时间连克数敌的战争感到自豪，于是把第三次中东战争定名为“六天战争”。