明代治河，保运优先。这其中就包括了对京杭大运河的管理。京杭大运河从明代永乐年间重新开通以后，首起北京大通桥，尾到杭州钱塘江口，沟通长江、黄河、淮河等数条大河，横贯华北、华东的8 个省市，成为明代最重要的南北交通运输线。因此，明朝封建政府视运河如命脉，十分重视运河的管理。
管理运河，最大的问题就是控制水源。大运河南北延袤3500 余里，所经地区地理条件差异很大，运河工程受其影响，形成了三个主要特点：（1）由于大气降水自南向北递减，淮河以北降水偏少，不少河段水源紧张，需要沿河泉源湖塘补充调剂；（2）由于沿河地势起伏不平，各河段地面高度不同。
再加上水量不足，就要求人们沿运河全线修筑许多闸坝来调节运河水量以利通航；（3）在全部运河河道中，从江苏扬州一淮安-徐州-汶上-临清一线的河段，由于受黄河等多泥沙河流的影响，成为明代运河管理中最受关照的一段。
明代的运何工程管理受自然和地理条件的制约，主要体现为水源、闸坝、堤防等三个方面的管理。其中，最重要的就是关于闸坝的管理，它是解决运河沿线地势不平和水源不均问题的最主要工程手段。
运河上的各种闸坝，据万历《明会典》中的统计，共222 座，其中闸175座，坝46 座，堰1 座。运河闸坝可分为拦河修建与侧向修建两大类，都有严格的启闭制度，由朝廷专设的闸官和闸夫负责启闭。当时对于运河闸坝的启闭管理大致有这样几个方面的规定：（1）规定闸门最少积水量，即在备闸"置官立水则，以时启闭"，要积水及则方准开放。①（2）规定各闸开放间隔时间或一次经过船数。如永乐时规定淮安清江等五闸"五日发筹一放"。万历三年（公元1575 年）改为回空漕船经过"每二日启放一次，随放，随闭。"②每次均要"满漕方放"。
（3）建在与江河交会处的闸坝要根据江河汛期按时启闭。如地处淮安至扬州一线的"瓜（州）、仪（真）、天妃各闸，启闭不定期限，惟以江河消长为候"，江、河消则启板以通舟，江、河涨则闭板以障流。特别是淮安天妃闸以及后来改建的通济闸，每年伏秋"黄水盛则闭闸谢绝黄水以杜淤；黄水落又启闸以利官民。"其它如徐州镇口、古洪、内华三闸"每遇黄水爆发即下板以遏浊流之横，而闸内无壅阻之苦；黄水消落则启板以纵泉水之出，而外有洗涤之功。"①（4）上下相邻各闸递互启闭，联合运用。万恭认为，山东运河各闸启闭"若潮信焉，如启上闸，则闭下闸；启下闸，则闭上闸"，此为"节缩之道"，可防止河水消耗过快。②（5）上述闸坝管理制度虽然早在永乐时代就已开始建立，并不断得到完善，但是到了潘季驯治河时，由于连年水患，河堤败坏，再加上前任河官更换频繁，管理不善，已经破坏殆尽，亟需重新修补。
① 《明太宗实录》卷一一六。
② 《明神宗实录》卷四○。
① 万恭：《治水筌蹄》。
② 万恭：《治水筌蹄》。
潘季驯主持治河以后，花费了很大的精力去做运河管理制度的恢复和修补工作。他阅历浩典，遍访耄老，对以往各朝的运河管理经验作了充分的调查研究。在广泛吸取前人经验的基础上，他撰写了一系列奏疏，从自然和人事两个方面对于运河的管理工作提出了自己的新鲜见解。
（一）认真研究水流泥沙运动规律，制定
合理有效的水源管理制度1.制定两河交汇处的闸坝管理制度大运河的水源条件虽然复杂多样，但归纳起来不外借黄济运、借淮济运、借湖济运、借泉济运几大类。所谓"自瓜仪至淮安则资湖，自淮安至徐州镇口闸则资河，自镇口闸至临清板闸地方则资位。"①其中最受潘季驯关注的是黄河、淮河、运河的交汇问题。因为这些河流的交汇之处由于不同径流的水量、流速、含沙量大不相同，水流最为紊乱，泥沙经常迁淤不定，对运河的影响最大。因此他特别强调两河文汇处闸坝的建设和管理，多次明确指出："启闭之法非严不可。"②例如，他十分重视位于徐州之北运河与黄河交汇处的镇口闸的建设，多次上疏阐明其利害关系，指出："此泉河与黄河交会之处，伏秋黄水大发，时多灌入，本口动至淤阻。"但是，只要建了镇口闸、就可以有效地防止这种灾害现象："如遇水发，下板谨闭，伺黄水消落，即启闸纵水外冲，而漕河无淤垫之患。"这实际上是对"蓄清刷浑"技术的一种巧妙运用。
对于淮安清口地区运河闸坝的建设和管理工作也是一样，制定了"启一闭二"、蓄清刷浑的有效管理制度，"如启通济闸，则福、清二闸必不可启；启清江闸则福、通二闸必不可启；启福兴闸，则清、通二闸必不可启。"如此可以有效地防止黄河浊水倒灌运河，使"河水常平，船行自易。"同时，对于运河的启闭时间也作出了严格的规定，"单日放进（船），双日放出（船），满漕方放（船），放后即闭（闸）。"潘季驯非常重视这些管理制度的建设，认为"其于河道关系不小也。"①后来他在《河议辩惑》中还系统总结了类似的经验，明确指出："此凡系清黄相接处皆然，不独茶城也。"只要了解并遵循水流泥沙的运行规律，"黄涨则闭闸以避淤，黄退则启闸以冲刷，"就可以保证运河出口的畅通。他认为这是"极为便利"的运河管理之策，舍此则"本口无遗策矣"。因此他向朝廷大声呼吁："永宜遵守可也。"②2.完善山东闸河的水源管理制度京杭大运河自徐州镇口闸到北方临清一段河道长700 余里，其间地势高亢，不通江河，以济宁南旺为山脊，形成运河沿线最高的隆起带，所赖以济运者，惟籍山东芜莱山区的诸泉水，建闸节制，形成著名的闸河。
山东诸泉水汇入汶水