潘季驯治河，除了精心组织堤防建设，精心构筑河工建筑之外，还特别重视堤防修守。他认为，历史上河堤频频决口，主要是由两个基本原因造成的：一是筑堤质量不好，工程技术不过关；二是修守制度不完备，工程管理没跟上。所以，他一方面强调筑堤的技术和质量，从基础到堤身均严格要求；另一方面，花大力气组织和完善堤防修守制度。他在强调建设这个制度的重要性时指出："向来河堤之决，人皆归罪于河之猖獗"，而实际上"河势自无不猖獗者。譬之狂酋悍虏，环城而攻，惟在守城者加之意耳。"①他在分析黄河经历了一段小安之后河患又起的原因时说，自他三任总河，筑遥堤10万余丈，收到了河顺民安的效果。但是"如此者十年，而皆忘其为堤之功，尽弃之为车马蹂躏之场，风雨又从而剥蚀之，而河复四溃矣。"①他又举例说："如近岁范家口之堤，汕刷者十八，管河官置之若弃。人以告者，辄重苔之，能无决乎？"②尖锐指出了堤防决口的人为因素就是制度不备，管理不善。潘季驯在认真总结前人经验的基础上，根据自己的长期实践，提出了一套系统的堤防修守和管理制度。这套制度除对筑堤、塞决、建闸坝、建涵洞、挑浚、扩堤等河工技术分别作了明确规定之外.对堤防的岁修守护，特别是防洪渡汛，也总结出一套行之有效的管理办法来。它们主要包括：① 潘季驯：《河议辩惑》，见《河防一览》卷二。
① 潘季驯：《河防一览自序》。
② 潘季驯：《河议辩惑》。
（一）铺夫制度
铺夫设置，万恭曾定为"每里三铺，每铺三夫。"万恭也强调："有堤无夫，与无堤同；有夫无铺，与无夫同。"③但当时主要是在徐邳河段，为守缕堤而设。潘季驯采纳了这一措施并加以完善，作为制度推广到各处堤防。
他认为："守堤之役，有夫即守城之有兵。兵以御寇，夫以御河，必不可缺者也。"④铺夫的编制，因堤防的重要而区别。万历十六年（1588 年），他提出大名长堤"每五里建铺一座"，"每铺设铺老一名，夫九名。"①而黄河大堤则是每三里设铺一座，每铺设夫三十名，每夫分守堤十八丈。②铺夫制度为黄河的堤防修守制度提供了长期性的专业队伍，是堤防安全的基本保证之一，一直为后代所沿袭。
（二）堤防每岁加固制度
堤防经常受到雨淋风刷，还受到许多人为的破坏，极易圯毁。潘季驯曾说过，徐、邳一带"每岁河决之由河流冲射居十之四，而居民盗决居十之六。"居民盗决河堤多为"贪水利避水害"，其中有一般百姓，也有世豪大族。潘季驯曾经列举了堤防盗决活动的四种主要表现："坡水稍槓，决而泄之一也"；"地土硗薄，决而淤之二也"；"仇家相倾，决而灌之三也"；"至于伏秋水涨，处处危急，邻堤官老，阴伺便处，盗而泄之，诸堤皆易保守四也"。③只要堤防巡守人员稍一怠懈，就有可能被钻了空子。更有甚者，有些地方奸民，买通管河官吏，暗开涵洞以淤田溉水，以至洪水来时酿成大祸。如万历八年（1580 年）有"奸民私嘱管河主薄"在徐、邳黄河南岸遥堤暗开涵洞数座，延至十七年（公元1589 年）伏水从涵洞汹涌而出，"遂成大决"。④这"奸民"当为地方有势力者。另外，盐贩和商人为逃税也经常盗决河堤，如高家堰、柳浦湾二堤"俱属荒僻，人不及见，而盐徒私贩、奸商漏税利高堰之直达扬州，每行盗决。"①万历初，凤阳、泗州商贩也有在清河县一带堤防上"盗挖一渠，取便往来。"②对于这种人为的盗决行为，潘季驯多次援引明律，具文上奏，强烈请求朝廷申饬沿河各州县掌印官对于所属地段严加管束，对决河肇事者要坚决打击。如果管堤官吏知情不举，或受贿纵容，同肇事者一起以充军罪发落。
与此同时，为了减少自然界因素的汕刷破坏，长期保持堤防的巩固，潘季驯又下大力气建立了堤防每岁加固制度。他在二任总河时就已提出对堤防要"定立每岁加筑之法"。③在四任总河之初，他在一份题为《申明修守事宜疏》的报告中再次提出："立法增筑，以固堤防"。规定"将各堤坍塌卑薄者，以原堤丈尺为准，先行加邦取平"，然后"自（万历）十八年为始，每岁??加高五寸，不许夹杂浮沙，苟且塞责。"④这样，基本上就可以补偿一③ 万恭：《治水筌蹄》，见水利电力出版社影印本，1986 年版。
④ 播季驯：《议守大名长堤疏》，