总起来讲，潘季驯此次主持治河，主要有以下几个方面的突出贡献：
（一）以修守河防为第一要务
这时，治河活动的重点已从徐淮之间，上移到徐州以北的河南境内。潘季驯上任后，奔走弥月，巡视"两河"，对于各处堤防工程的兴废举坠，己胸有争理。他首先奏上《恭称远地修守当严疏》，称："河南堤工，向已告竣，伏秋即届，防御为先。"说："臣遥制千里之外，虽尝三令五申，外于而道里寥廓，转报为难。时届伏秋，呼吸变态，报而后行，已无及矣。所恃者，管河一道。"因此他请求尽快补齐管河官员，严守自己早年亲自制定的"四防二守"之法，以保河道无虞。①这表明他此次主持治河的基本目标，已从大规模创筑施工为主改为修守已有河防工程设施为主。这是一个战略性的转变。在这个时期内他的许多奏疏和具体的活动都是围绕这个主题进行的。
万历十六年九月，他又奏上《申明修守事宜疏》②，提出了著名的"修守八事"。在奏疏中他首先对自己多年来的治河经验进行了理论的总结，指出："臣窃谓治河之法，别无奇谋秘计，全在束水归槽，归槽非他，即先贤孟轲所谓：水由地中行。而宋臣朱熹释之曰：地中两崖间也。束水之法亦无奇谋秘计，惟在坚筑堤防。??堤固则水不泛滥，而自然归槽，归槽则水不上溢，而自然下刷。沙之所以涤，渠之所以导而入海，皆相因而至矣。"因此他问道："然则固堤非防河之第一义乎？而岁修之工舍固堤其何以乎？"既然堤防有这么积极的治河效益，那么河防修守事宜的第一要义不就是巩固堤防吗？想当年"两河"工程完成之后，连续八年河流畅通，民居乐业。"不意为日既久，人情遂弛，掌印河官视两堤为赘旒矣，岁剥月蚀，残缺颇多。"经过本年六月以来连续三个多月的日夜修防，他才感慨地体会到："立法易而守法难，守法于一时宜而守法于长久难。"于是条上了"修守八事"：（1）"久任部臣，以精练习"。即河官的任期宜长，以便熟悉河防；（2）"责成长令，以一事权"。即各级地方掌印官员要主管河防，以便统一指挥；（3）"禁调官夫，以期专工"。即河工修防队伍要相对稳定，以便熟练掌握堤工技术；（4）"预定工料，以便工作"。即平时要预先筹备储存好修防工料，以便满足应急需要，有备无患；（5）"立法增筑，以固堤防"。即每年要按堤防修守条令规定，按时加高培厚黄河大堤，以便巩固河防，常备不懈；（6）"添设堤官，以免遥制"。即充实堤防官员的队伍，以便分工责成，人员到位；（7）"加帮真土，以保护堤"。即对于堤防修守技术也要作出明确的技术规定，加帮真土（指粘性大的老黄土），剔除浮沙，以便保证河防大堤的工程质量；（8）"接筑旧堤，以防淤浅"。即加紧修筑历史上留下来的旧堤，以防河道旁决，淤浅正槽。
他说，整个"修守八事"的目的，就是通过完善河防修守制度，以"保① 见潘季驯：《总理河漕奏疏》（四任）卷一。
② 见《河防一览》卷九。
前功于不毁，杜后患于将来。"就在潘季驯奔走河壖，组织官夫培新补旧，昼夜施工的时候，万历十六年九月九日，从未跨出过北京皇宫大门的万历皇帝突然决定走出紫禁城，驾幸大峪山，去临阅为他建造的寿宫陵墓。这是他47 年统治生涯中唯一的一次御驾出巡，其实这一年他才25 岁。也正是在这次破天荒的出巡中，这位神宗皇帝突然对治河问题发生了兴趣，并且与臣下进行了一次简短的对话。当时参与对话的内阁首辅申时行在事后撰写的《召对录》中详细记录了这次谈话的过程：万历十六年九月九日神宗驾幸太峪山，临阅寿宫。明日，循西山，逾石景，至浑河。有顷，中官飞骑传诏臣申时行、许国、王锡爵等见于浑河幄次。
时行等磕头毕，神宗起观河流，河流迅急，中流架木为梁。神宗手指河水，顾时行等曰："此河汹涌如是，闻黄河数决为民害，当亦同之。"时行对曰："此滹沱河正流，发源桑干，从塞上入内地数百里，出琉璃桥。或遇水涨，时有冲决。若黄河则其流更远，其势更大。无论前代，即本朝亦屡屡溃决，不惟居民受害，每至漕运梗塞，故国家以治河为第一要务。"神宗听罢，曰："经理河务，须在得人。"时行对曰："今河臣为潘季驯，他在河道，久感皇上拔擢之恩，不敢不尽心任事。"神宗曰："好着他用心。"时行等磕头退，因命三辅臣作歌以记其事。①这虽然不过是一次触景生情的简短对话，但由神宗皇帝本人面对汹涌澎拜的真实河流，主动提出治河问题，并关心治河官员的人选，这却是他一生中仅有的一次。
大约是滹沱浑河的磅礴气势给神宗的印象太深刻，观河之后的第二天他就给吏工二部写去亲笔御旨，内称："朕闻黄河冲决，为患不常，欲一观浑河，以知水势。昨见河流汹涌，因念黄河经行处所，经理防御，倍宜加慎。
河道官员还行文与他，都着用心任事，务一勤永逸，勿劳民伤财，以为故事。
自今推选委用，务在得人。"②神宗的这篇御旨很快就被传达到了河防工地。潘季驯自然是激动万分。
在按照礼仪亲率僚属三呼万岁之后，他立即奏上了《恭诵纶音疏》，概要介绍了自己自万历十六年六月上任以来的基本治河方针。他指出："自入境以来，延袤千余里，周咨荒度，足遍而目击之矣，而卒无可以他图者，然犹谓河南为黄河上流，或可别求长计，顷于九月初七日躬率??北自考城以至武涉，南自荥泽以至虞城，又自河南至大名府所属长东二县，将黄沁二河，延堤踏勘。"①说明他此次治河的一个基本目标，就是完成以前未尽的宏愿，将徐州以北的黄河堤防全面修筑。
当时对于徐北河段的治理有几种不同的观点：一种是主张"自荆龙口经广、大二府地方，出北海者。"这是一条人工改道使河北行的路线。潘季驯认为，这个方案对防洪、漕运都不利，"无论移河南徐淮之患于北直隶诸府，而二洪干涸，运艘难浮，不可也。"① 申时行：《召对录》，见《丛书集成初编》第3965 册。
② 见潘季驯：《恭诵纶音疏》，《河防一览》卷一○。
① 潘季驯：《恭诵纶音疏》，《河防一览》卷一○。
一种是主张"复贾鲁河，自荥泽而达涡河者。"这实际上是主张让黄河分流，东南夺涡河，汇淮河。潘季驯认为，这个方案有两大缺陷：一是妨害漕运，二是威胁凤阳和泗州皇陵。况且淮河河床过于狭窄，"一淮尚且不支，况益之以黄乎？不可也。"第三种观点是主张"分沁河合漳卫二河之水，出临清，可杀水势者"。
即主张把黄河支流沁河水引入漳河，流向临清，单独入海，企图以此来杀减黄河水势。潘季驯认为这个方案也行不通，因为它犯了"以浊济浊"的大忌，"沁河之浊，不减黄河，小滩见苦浅涩，增此一河，必至淤塞，不可也。"这样，经过反复勘查和辨析，再加上"检括故牒，咨询父老"，潘季驯"始信治河之法，惟有修防，必难穿凿。"①同年十二月，潘季驯又奏上《申明河南修守疏》，再次指出：河南黄河上流因非运道所经，往往忽视，以为无虞，而不知上源已决，运道未有不阻者。故修守之法，在河南尤属紧要。②万历十八年夏天，经过两年的施工，千里黄河沿线和淮河、运河的修守工程终于告一段落。该年七月，潘季驯奏上《恭报三省直堤防告成疏》，③对于自万历十六年以来南直隶、山东、河南三省直境内的堤防修守工程完成情况作了全面总结。他说："臣自万历六年奉命治河，即请筑遥堤以防其溃，筑缕堤以束其流。**年间，河流顺轨，故道晏然，业有成效矣。而岁久官更，弊滋法弛，以河防为未务，视堤工为赘疣，一篑莫加，万夫间旷。而车马之蹂躏，风雨之剥蚀，河流之汕刷"，更使得原筑堤防千疮百孔。正是这种局面促使他痛下决心，要将修守堤防作为此次治河的首要任务，"旧有而今圮者则议加帮；旧无而宜有者，则议创筑。"他认为，比起万历六年的大规模施工，这种以修守为主的"防御之法"，同样是"颇称周备，较之已卯告成之功，更为详密，而夏镇河南山东往岁原来未经理者，皆一体增建矣。"最后，他还从理论上指出了坚持长期修守的重要性，并大声呼吁："倘能岁守不失，则河流自无冲决之患。河不冲决，则故道晏然，翕由顺轨，而运艘自无阻滞之虞矣。但畚土成堤，原非铁石，稍不修葺，便至倾颓。岁岁修之，岁岁此河也，世世守之，世世此河也。故岁修钱粮之设，徭编雇募额夫，凡以为河也，而可置之虚糜闲旷之地哉？臣是以谆谆为申明修守之请也。伏望??每岁务将各堤顶加高五寸，两旁汕刷及卑薄处所，一体帮厚五寸。"他认为只有如此，才能保护堤防于长久。
据统计，在两年的时间里，潘季驯指挥各级河官役夫共加邦维修各种堤坝264500 余丈（约合1500 多里），创建新筑堤坝28000 丈（约160 多里）。
这个修守工程的规模实在是不算小了。总之，把主要精力用于修守现有堤防，这是潘季驯第四次主持治河期间所遵循的一个基本原则，它一直被贯彻于这次治河活动的过程始终，而没有动摇。
（二）为治河鞠躬尽瘁，死而后已
潘季驯第四次奉命主持治河的时候，已经是一位68 岁的老人了。尽管他抖擞精神，老当益壮，像前几次治河那样，与夫为伍，以舟为家，餐风宿水，栉风沐雨，把他的全部时间都耗费在河防工地上。但他心里对于自己的身体① 潘季驯：《恭诵纶音疏》，见《河防一览》卷一○。
② 见《河防一览》卷一○。
③ 见《河防一览》卷一二。
状况已经有所惊觉，他已经隐隐感觉到自己的手脚不那么灵巧了，精神状态也大不如以前了。为了解决后顾之忧，他还特意从乌程老家召来了风雨同舟几十年的结发老妻施夫人，以照顾自己的生活。深知丈夫脾性，早已习惯于分离之苦的施夫人自然愿意同丈夫团聚在一块儿，但是乌程老家中的儿孙和田产又时时让她放心不下。再加上水土不服，疾病缠身。在陪伴潘季驯在治河工地上生活了一段时间以后，老夫人不得不在万历十七年五月十六日含泪告别，踏上了回家的小舟。未想到这一离去，竟成了永别。①老妻走后不久，长子潘大复又因入京朝觐，便道省公于济宁任所。大复是季驯最为器重的一个儿子，他于万历十四年考中进士，然后派遣为深阳县令，在任上廉洁奉公，多有政绩，颇受邑人称赞，其状风闻于上，遂有此次引见之召。大复此次顺道拜见父亲，还带来了王世贞老先生的一封亲笔手书，令潘季驯大喜。他和王世贞此时都已是耆耆老者，几十年的交往使他们之间的友情远远超过他人，至今仍以兄弟相称。因此他马上给王世贞写了一封回书，内称："溧阳儿初四过济。再拜手书之赐。中间誉及治河一事，高明如翁，所见既合，弟益可以自信。甚慰，甚慰。"他坦诚地写道："弟齿长于翁五年，而以人间最苦之事，一身肩仔。??弟衰惫已极，自度不能久延于世。"回忆数10年来的官宦生活，他惭愧地责备自己在一心为公的同时，却未能尽到一个孝子的责任，父亲潘夔已经去世35 年了，却未能给他老人家树一块象样的墓碑。如今自己所剩时日也已经不多，如果不能了此心情，岂不是要遗憾终身！
因此他恳请世贞兄能手赐一篇墓志铭，以告慰先人。②后来王世贞果然写成了一篇生动感人的《潘公僦庵墓志铭》，帮助潘季驯还了此项心愿。③就在大复探父的这两天，黄河突然发生了险情。五月二十七日，山陕地区大雨倾盆，上游河水暴涨，汹涌的洪水冲决河南开封附近的一段月堤，漫出并冲垮兰阳与仪封之间的一段新堤。六月初四夜间，徐州上游一带河水大溢，高出堤顶二尺，急泻而下，冲入夏镇运河，毁坏田庐，溺死居民，造成了不小的损失。灾情传来，潘季驯十分震怒。他来不及同儿子叙情，就匆忙上堂办公，下令拘捕了失职的河防官员，同时命令各地河官和夫役严加防范，亲自上堤督率修守。随后潘季驯本人也匆匆赶赴受灾地区，在第一线组织防洪抢险。然而，就在这个紧张的时期，六月十八日.潘季驯突然接到了夫人去世的消息。这个如晴天霹雳一般的消息，使他悲痛万分。尽管他仍然含辛茹苦，负痛奔驰在治河工地上，但是在悲伤和劳累的双重打击下，他的身体已经出现了明显的症状。开始是痰中带血，后来是大吐血块。十月，当黄河决口终于堵住之后，潘季驯也终于支持不住，赶回济宁总河府上，杜门一月，卧床养病。后来他在给王世贞的书牍中回顾这一段的艰苦历程时，动情地写道："去秋浊流暴涨，几于夺河。不佞亲操畚锸者三阅月，而始就绪。且于胼胝之时，复得室人之讣，负痛奔驰，万苦聚集。七十老人岂能堪此？"①鉴于这种情况，潘季驯不得不开始认真考虑引退的问题了。
万历十八年（1590 年），潘季驯的生命历程已经进入了他的第70 个春① 参见《留余堂尺牍》二，《与吴少溪书》。又《总理河漕奏疏》（四任）卷三患病乞休疏》："万历十七年六月十八日，在工得亡妻之讣。"② 《留余堂尺犊》二，《致王世贞书》。
③ 参见王世贞：《弇州山人续稿》卷一一五。
① 《留余堂尺牍》六，《与王凤洲书》。
秋。正月里，整个神州大地一片喜庆的气氛，京师里