同苏格兰教会断绝关系，并组织成立了自由苏格兰教会。
在曾祖父詹姆斯的影响下，默多克的祖父帕特里克·约翰·默多克也成长为一名具有反叛精神的自由苏格兰教会教士。1884年，帕特里克接受澳大利亚墨尔本自由教会的邀请，带着家人来到澳大利亚开始新的生活。
澳大利亚—这块南半球古老的大陆，在欧洲人到来之前几乎一直沉睡着。虽然中国人、马来人、印尼人以及阿拉伯人早就到过澳大利亚北部，但他们都始终没有在那里定居下来。
1770年5月，英国探险家詹姆斯·库克到了澳大利亚东海岸的博塔尼湾。
他在一个小岛上升起一面英国国旗，正式宣布把他所发现的地区统统划为英国领土。此后，澳大利亚一直是英国政府流放罪犯的固定地区，直到1850 年，英国政府才取消了这一做法。到19世纪50年代，澳大利亚整个社会的文化和经济生活都还非常落后，在欧洲人的眼里，那里依然是一块“蛮荒之地”。
澳大利亚的繁荣始于1851年。这年4 月，有人在新南威尔士的山谷里发现了黄金，很快，在维多利亚和昆士兰也发现了黄金。这一消息迅速传遍了整个世界，无数的欧洲人、美洲人蜂拥而至。这股“淘金潮”也波及到了苏格兰，许多苏格兰人带着“发财梦”移民到了澳洲。而刚刚从苏格兰教会分离出来的自由苏格兰教会，也随着这股移民浪潮在澳大利亚落了脚，先后在悉尼和墨尔本建立了分部。
在维多利亚发现黄金以后，墨尔本成了维多利亚的首府并迅速繁荣兴旺起来，从一个小港口变成了一个商业中心。到1880年左右，墨尔本已经拥有约50万人口，不仅成为澳洲大陆上最大的城市，同时也跨入世界大城市的行列。由于教区人口的迅速增多，墨尔本自由教会备感力不从心，要求苏格兰的总部给予支持，派遣最好的牧师前来工作。