究院的培养目标是训练“以著述为毕生事业的国学研究人才”。学科范围包括中国历史、哲学、文学、语言、文字学以及西方学者对中国文化的研究成果等。
依照导师制的原则，研究院教师与学生之间的主要教学活动，是通过普通演讲（即课堂讲授）和指导学生进行专题研究的方式来进行。比如：王国维的普通演讲有《古史新证》、《古今文字》、《尚书》、《礼记》等，梁启超有《中国通史》、《历史研究法》、《儒家哲学》、《读书示例——〈荀子〉》”等，陈寅恪主讲《西人之东方学之目录学》、《梵文——金刚经之研究》、《〈高僧传〉之研究》、《梵文文法》、《〈唯识十二论〉校读》等，赵元任有《方言学》、《普通语言学》、《中国音韵学》和《韵练习》等；李济主讲《人文学》、《人体测验》和《考古学》。学生可根据已公布的教授指导范围与各教授商谈研究题目。由教授认定后，即可从事研究。若想从事范围以外的研究，须得到教授的特许。
研究院安排的普通演讲，学生均须出席听讲。旧制清华学生，若得到该教授特许，也可前去旁听。王国维先生的《古史新证》、《说文练习》，梁启超先生的《中国通史》，赵元任先生的《方音学》、《普通语言学》，当时讲座的教室一般安排在第一院117号。
教授们所讲授的内容，无不是各自研究的精华，“出其平生治学之心得，就所最专精之科目讲授之”。学生入学后，各教授都用自己的体验向学生进行学习和选定研究题目的指导，以助学生能够根据自己的“志向兴趣学力之所近”，去自主地选定自己的学习方向和研究课题。这种方法启动了学生学习和研究的积极主动精神，是一种行之有效的教学方法。而学员在此短期内，于国学根底及治学方法均能确有收获。