青年学生，还纷纷发来电报支持北京青年的非基督教运动。
其实，清华的会议还没有召开的时候，“非基运动”已经先期开始。3月9日，上海学生成立“非基督教学生同盟”组织，通电反对这个年会在中国召开。3月11日，北京学生响应上海的呼吁，成立“反宗教同盟”，蔡元培等人均予支持。3月21日，李石曾、陈独秀、李大钊、汪精卫、朱执信、蔡元培、戴季陶、吴稚晖等77位学者名流，以该同盟的名义联署发表宣言，通电全国，指出：“我们要为人类社会扫除宗教的毒害。我们深恶痛绝宗教之流毒于人类社会十倍于洪水猛兽。有宗教可无人类，有人类便无宗教。宗教与人类，不能两立。” 同天，北京的五位大学教授周作人、钱玄同、沈士远、沈兼士及马裕藻发表《信仰自由宣言》，重申信仰自由的精神，反对攻击基督教。4月4日，李石曾、李大钊、邓中夏、萧子升等12人在《晨报》上发表《非宗教者宣言》。陈独秀、李大钊、罗章龙、萧子升还分别发表文章，批判宗教。4月8日，年会闭幕的当天，北京大学举行非宗教演讲大会，有3000多人参加。会上宣读蔡元培的演说词，要求教会学校的教育与宗教分离。5月10日，北京非宗教同盟在北大第三院正式成立。6月，非宗教同盟编辑出版罗章龙编辑的《非宗教论》一书，该书收集了蔡元培、陈独秀、李大钊、吴虞、李石曾、萧子升、周太玄、朱执信、罗章龙等人写的31篇批判和否定基督教的文章。
“非基运动”的结果，是以后在中国出现了长时间影响思想领域的几种代表性观点：蔡元培的美育代宗教，胡适的科学代宗教，冯友兰的哲学代宗教，梁漱溟的伦理代宗教。