士巨额资助兴建的教堂，后经重建成为该校礼堂兼圣公会教堂，1894年还建了一座以创办人名字命名的中国式教学楼“怀施堂”，1903年用庚子赔款建起了“思颜堂”（以纪念第二任校长颜永京）。
1881年圣约翰书院正式设置英文部以后，学生入学要收费，每月付墨银（墨西哥银洋）8圆。许多富家子弟纷纷前来求学。然而由于各方面的急需，单靠英文部还远远不能满足社会的需要，于是从1884年起圣约翰书院把预科改为半天学英文、半天学中文，并扩大了招生名额。
1899年，圣约翰书院共有大学生27名，全部为男生。其中教徒学生和非教徒学生的比例为1比3，非教徒学生多为富家子弟，要缴学费120圆墨银，教徒学生可享受减免费待遇。曹云祥因为父亲曹子实是基督徒，而且舅舅颜永京又担任过该校校长，所以很可能是减免学费的。
卜舫济作为圣约翰书院的设计师和经营者，曾访问乡村私塾，到葡萄牙都城浏览举行乡试的贡院。中西教育的差异，使他深受刺激。他认为，中国传统教育主要是训练记忆力，使学生耗费巨大的精力专注本国古代经书，对外部世界和自然科学却一无所知。由于科举涉及的知识过于狭窄和专门，完全忽视了数学和科学的研究。考生的聪明才智未能被引入对本人和国家最有价值的渠道。中国在许多世纪中的发明能力处于休眠状态，在很大程度上与延续近千年的科举教育的片面性有关。由于了解中国科举教育的弊端，卜舫济的圣约翰书院就大反其道，不是培养“考生”，而是汇集中外人才，通过科学教育培养学旨专长的人才。在卜舫济主持校政期间，圣约翰书院将英语列为教学的首位，将体育运动引入校园生活，使学生有融合中西的知识素养，以体魄强健为荣的新观念，彻底抛弃旧式文人的隐士形象。在教学中，圣约翰书院注重教导学生观察、实验和独立思考，使学生接受科学思维方法的训练。尽管卜舫济本人不是学理科的，但他在初期花费许多时间亲自讲授化学、物理、天文学、地质学的基础知识，带领学生进入屡屡发生爆炸的实验室。 曹云祥和同学们在这样的学校里得到综合能力的培养和锻炼。