1880年，宋的恩公——艾里克?加布里尔逊上尉被调到北卡罗莱纳州（位于美国东南部）海岸警备队的一艘缉私艇上任艇长。宋耀如请求跟随加布里尔逊上尉，被允准。热心的上尉一直惦记着宋耀如想上大学的事，一到南部，他即令宋耀如脱下军装，告别舰艇，并很快帮他办好了退役手续。在北卡罗莱纳州最大的海运港维尔明顿，宋耀如接受了洗礼，在当地引起轰动。一位名叫南希?爱琳的姑娘成了宋耀如的红粉知己，不幸的是爱琳英年早逝。众所周知，宋耀如三位千金的名字中皆有一个“龄”字。宋耀如的长女“蔼龄”与“爱琳”更是谐音。这都是因为宋耀如的这个美国红粉知己爱琳之故。
1881年，受北卡罗莱纳州监理会的委托，达勒姆最著名的实业家，也是圣三一学院董事会董事朱利叶斯?卡尔将军担任了宋耀如的监护人，他于同年安排宋耀如进入圣三一学院 。在校期间，宋耀如的勇敢给大家留下了深刻的印象。神学院学生步惠廉成了宋耀如的至交。但当时宋耀如得罪了神学院代院长乔治?温顿博士，以及田纳西州监理会主教兼万德毕尔特大学校董事会董事长马克诺耶。1885年宋耀如以优异的成绩结束学业，被授予监理会见习牧师称号。监理会派宋耀如回中国传教，听候美国监理会中国布道区教长林乐知的调遗。
宋耀如本想先回故乡文昌，看望已十几年不见的父母，但马克诺耶主教不许。1886年1月，宋耀如乘海轮抵达上海陆家嘴码头。宋耀如满怀热情地进行传教活动。不过，林乐知博士并不欣赏他。林乐知安排宋在吴淞口布道，月薪不到15美元，还要兼照看教会学校里的孩子。老百姓不认为查理是中国人，林乐知也不认为查理是像美国人一样的人，于是，他命令查理学会上海话，少说英语。不久，林乐知派宋耀如去苏州牧区的昆山当了一名巡回传教士，并责成他在当地建一座教堂，经费须自筹。